格莉琴的哥哥——軍人華侖亭，一天晚上回家，正好碰上浮士德再次前來與格莉琴幽會，華侖亭一腔怒火正無處發泄，立刻向浮士德挑戰。浮士德在靡非斯特的唆使和幫助下，拔劍殺了華侖亭。
哥哥繼母親也遭到噩運，格莉琴再次被恐怖壓迫著，終於昏倒在地。這時，浮士德卻逃出法網，無憂無慮，與靡非斯特一道趕赴下流淫蕩的瓦普幾司的晚會去了。
晚會結束後，靡非斯特告訴浮士德，格莉琴已身陷囹圄。這消息喚醒了浮士德憐憫的心，他狂怒地斥罵靡非斯特背信棄義，連狗都不如，接著堅決要求去救格莉琴，即使冒著生命的危險也要去。
他們飛馬連夜趕到監獄，格莉琴已經神經錯亂，把浮士德來看她當作是劊子手來提她到刑場。浮士德看到這般情景，內心悲痛萬分，急切的催格莉琴出獄。但她不願意走，她深知自己藥死母親，又害死了哥哥，是有罪的。天快亮了，死亡就要來臨。任憑浮士德怎樣勸逼，格莉琴都不出獄。靡非斯特衝來，不顧一切把悲痛欲絕的浮士德拖走了……
在阿卑斯山麓，側臥在百花爛漫的草地上的浮士德，疲備不堪，昏昏欲睡，無數精靈圍繞著他唱歌跳舞，給他身上撒著迷魂川的水。浮士德一覺醒來，渾身輕鬆舒暢，沒有一點罪孽感，他感到自己又有了一種堅毅的決心，要向新的生活高峰飛躍。
靡非斯特把他引入一個金鑾寶殿，皇帝正想舉行化裝舞會，尋歡作樂。但國庫空虛，財政發生嚴重困難。憤怒的群眾正抗拒官兵橫征暴斂。浮士德積極為國王獻計獻策，建議發行紙幣，使王朝暫時渡過了財政危機。這時，皇帝又異想天開去見古希臘美人海倫和美男子帕裏斯。浮士德借靡非斯特的魔法，招來了這對美男女。
海倫出現了，男人們個個神魂顛倒，浮士德更是銷魂忘形。海倫俯下身去吻帕裏斯，引起浮士德極大的醋意，便衝上前將魔術的鑰匙觸到帕裏斯身上，引起一場爆炸，海倫化為煙霧消散，他自己昏倒在地。
靡非斯托隻好把浮士德扛回了書齋。浮士德的學生瓦格納已成為博學大師，正在進行“人造人”的實驗，幾百種元素在蒸餾、升騰、姚、逐漸增長，一個透明的小人兒終於創成功。小人兒發現浮士德迷戀著海倫，自願帶他去找海倫，小人在瓶中發光照亮道路，飛往希臘神話的發源地———古希臘。
希臘聯軍剛剛取得特洛伊的偉大勝利，搶回了美女海倫，海倫的丈夫卻意欲殺死變節的婦人以祭奠神靈。靡非斯托變做醜陋的女管家，將海倫救出，送到浮士德正在執政的國家去避難。海倫和浮士德一見鍾情，結成夫妻。浮士德將海倫奉若女王，向她學習奇特優美的韻律、格調。他們很快生了一個兒子歐福良。這是個早熟的天才，熱情澎湃，酷愛高躍和飛翔，不久從空中墜落摔死在父母的身邊。海倫悲痛萬分，抱吻浮士德後消逝了。她留下一件白色衣裳，幻化為一朵雲彩，托著浮士德騰空飛去。
浮士德降落在山頂上，俯視著無際的大海，幾經幻滅，浮士德決心從個人小世界裏走出，成就一番切切實實的大事業。一個龐大的計劃又湧上心頭：移山填海，造福人類。這時，國內發生內戰，他下山幫助了國王，得到一片賜封的海灘，便立刻動手在這裏建造一個平等自由的樂園。但有一對老夫婦不肯搬遷，靡非斯特便派人搗毀了老夫婦的家門，放火燒了他們的小屋、教堂和森林，兩個老人被嚇死。這事引起了浮士德的憂愁。
這時，憂愁妖女乘機對他吹了一口陰氣，使他雙目失明。惡魔召來死靈，為浮士德挖掘墓穴，浮士德聽到鋤頭的聲音，以為這是響應他的號召前來移山填海的民眾，頓時，他覺得大海變良田、人民安居樂業的新生活就要到來了。他滿懷喜悅，情不自禁地喊出：“你真美呀，請停一停！！”隨聲倒地死去。
浮士德終於滿足了。魔鬼生怕他的靈魂逃走，口中念起咒語來。但這時天上的光明聖母卻派來一群天使，魔鬼被天使們的美貌迷住，忘離守護的職責。天使們趁機搶走浮士德的靈魂，飛上天去。高空中，她們高唱著“凡是自強不息者，到頭我輩均能救”，飛回天堂。天堂頓時歡聲四起，眾天使為戰勝魔鬼、獲得浮士德的靈魂而高奏凱歌。