就在過年的時候，發生了一件比較重大的事情，數百名訓練有素的海賊突然之間出現在巢湖上，見人就殺見了東西就搶，不管是官方設立的巢湖巡檢司還是民間自發的船隊都不是他們的對手，一時間損失慘重，巢湖上的貿易減少了七八成，給朝廷也帶來了重大的損失。剛剛建設好徐家營的張雷卻是不驚反喜，他趕緊上書崇禎，以消滅賊寇為由，將海外的所有戰士和裝備全部往回駐紮在巢湖周圍，數萬士兵再加上強大的火力，這數百人簡直就不夠看，隻不過一會兒的功夫就將海賊給消滅了個幹淨。而他們也找借口留了下來，專門在巢湖上麵操練，剛開始崇禎還頗多顧慮，但是一段時間之後巢湖上治安一片大好，也就放鬆了對張雷的控製。
巢縣的軍事力量逐漸形成，張雷為分散崇禎的注意力，讓他不把全部的心思都放在自己擴軍上麵，便花費巨資將徐光啟所留下的手稿中的《幾何原本》的後半部分和《泰西水法》還有王徵之《遠西奇器圖說》等數理著作全部結集出版，引得天下仕林震動，崇禎果然被吸引，聽王承恩說就是他不處理朝政的時候也會隨手翻閱這些書籍。
《泰西水法》是一部介紹西方水利科學的重要著作，《四庫全書總目》對此作了較為詳細的介紹，稱“是書皆記取水蓄水之法。”第一卷為龍尾車，用挈江河之水；第二卷為玉衡車，用挈井泉之水；第三卷為水庫記，用蓄雨雪之水；第四卷為水法附餘，講尋泉作井之法，並附以療病之水；第五卷為水法或問，備言水性；第六卷為諸器之圖式。總目又對傳入中國的西方科學進行了比較，對水利學作了較高的評價。明確指出：“西洋之學，以測量步算為第一，而奇器次之，奇器之中，水法尤切於民用，視他器之徒矜工巧，為耳目之玩者又殊。固講水利者所必資也。”
而《遠西奇器圖說》雖然早在崇禎元年便刊行，但是時值政局交替，流傳不廣，此次張雷重新刊行，采用的是經過他自己修訂的版本和廉價的油墨印刷，隻不過數月時間便在全國成為盡人皆知的奇書。
之所以稱之為奇書，是因為該書是第一部係統地以中文介紹西方機械的專著，與那些儒教經典完全不同。
全書主要分為三個部分：第一部分敘述力學基本知識與原理，包括地心引力、重心、各種幾何圖形重心的求法、重心與穩定性的關係、各種物體的比重、浮力等。第二部分敘述各種簡單機械的原理與計算，包活杠杆、滑輪、螺旋、斜麵等一般知識。第三部分介紹各種實用機械，共54幅圖說，包括起重11圖，引重4圖，轉重2圖，取水9圖，轉磨15圖，解木4圖，解石、轉碓、書架、水日晷、代耕各1圖，水銃4圖。最後一卷為“新製諸器圖說”，共載九器，包括虹吸、自行磨、自行車、代耕、連弩等，這一卷實際是王徽自己的研究，可以說是中國人第一部近代物理學著作。
當然，張雷若是僅僅是出版這些圖書，那恐怕儒林學子便不會買賬，於是他又刊行了諸多儒家經典，那些他認為屬於積極向上的東西全部出版發行。因為成本低並且縮小了體積攜帶方便，使得儒家學說流傳更廣，整個儒教對他也是讚譽有加。整個天下，都在談論著格物院出版的專著和所辦的報紙，看報紙對於一些人來說已經成了習慣。為此，格物院賣書所得的稅收，也讓崇禎大賺了一筆。
這些都是後事，暫且按下不表，先說這崇禎七年二月，徐敏三個月的守孝期滿，徐家營建設完成，張家第一衛隊已經在巢湖上展開了科學係統的訓練，於是便帶著碧瑤返回京城，到鬆江府的時候，恰逢蘇彤也已經將工作安排了妥當，便一同往京城而去。
到了應天府，張雷卻停了下來，這裏是格物院的所在地，近一段時間以來格物院可是風頭正勁，現在徐光啟去世了，這裏就隻有仇崖一個人，不但管理著格物院，並且還要兼顧軍工廠方麵的事情。
剛剛進入到格物院的辦公場所沒多久，三女的都有些暈船，於是便讓她們去休息，剛剛安排妥當，仇崖便找上門來了。
一段時間不見，他整個人變得更加容光煥發了，穿著也講究了起來，頭發打理得一絲不苟。
“看起來精神還不錯嘛，比第一次看到你的時候感覺都年輕多了。”張雷打趣道。
仇崖歎了一口氣，滿臉愁容地說：“張大人快別這麼說，你看我現在都累得跟狗一樣了，天天往格物院和軍工廠兩邊跑，我都這麼大年紀了，估計這樣折騰下去，不出幾年我就得下去伺候先生去了。”
“哈哈，你說的這話就嚴重了，我現在看你的精神就很好啊，正所謂能者多勞，你還是在應天府這一個地方，就不要抱怨拉，我京城應天府鬆江府廬州府到處跑，我都沒說什麼呢。”