公元208年，東漢建安十三年，曹操操縱朝政，自任丞相，總攬東漢王朝軍政大權，曆史開始走向軍閥割據的三國初期。
許昌大牢，深夜，一位慈眉老者正與穿著獄吏服飾的一個中年漢子在枯黃的油燈下細細交談，“丁三，這是我一生心血，便交與你了，此書傳世，可活蒼生。”老者把一本厚厚的書遞給獄吏，叮囑到。“華神醫，您放心，丁三一定不付您所托。”被喚著丁三的獄吏接過老者的書，鄭重的承諾到。“嗯，這樣我也不枉此生了。”老者像是放下了一個沉重的包袱，有些輕鬆、欣慰的說到。“華神醫……”丁三張口想說點什麼，聲音卻有點哽咽，最終隻是呼喚了老者一聲。“生死有命，你也別太難過，之前拜托你的事弄好了嗎？”老者轉移開了話題。“弄好了”丁三說著打開身旁的一個布包，也拿出了一本書，看上去和老者交與丁三的書一模一樣。“嗯，曹丞相惱我，我也怕帶給你麻煩，不得不行這偷梁換柱之法。”老者看了看丁三拿出來的書說到。
老者正是後世史稱“建安三神醫”之一的華佗，自曹操操縱朝政，自任丞相，總攬軍政大權後，便要華佗盡棄旁務，長留府中，專做他的侍醫。這對以醫濟世作為終身抱負的華佗來說，要他隔絕百姓，專門侍奉一個權貴，自然是不願意的。何況，曹操早年為報父仇，討伐徐州的陶謙，坑殺徐州百姓數萬人，屍體壅塞，泗水為之不流，接著又連屠取慮、夏丘諸縣，所過“雞義亦盡，墟邑無複行人”。徐州是華佗行醫和居住過的地方，與百姓休戚與共，內心豈不憤慨！因而決心離開曹操，便托故暫回家鄉，一去不歸。華佗回家後，曹操曾經多次寫信催他回來，還曾命令郡縣官員將華佗遣送回來，但是華佗均以妻病為由而不從。終讓曹操惱羞成怒，遂以驗看為名，派出專使，將華佗押解許昌，嚴刑拷問。麵對曹操的淫威，華佗堅貞不屈，矢誌不移。曹操益怒，欲殺華佗。雖有謀士一再進諫，說明華佗醫術高超，世間少有，天下人命所係重，望能予以寬容，但曹操一意孤行，還是下令在獄中處決華佗，明日便是處決日期。
丁三是許昌牢中的一個小吏，家中妻子犯有氣喘病，有時候夜間犯病，憋得非坐起來喘氣，苦不堪言，也看過很多大夫，一直都沒治愈，有一天丁三知道牢中關押著華佗這位神醫，便抱著試一試的態度向華佗求醫，沒想到，華神醫在詳細詢問丁三妻子的情況後開了一個方子，丁三妻子服用後，明顯好轉，氣喘不在是那麼經常發作了，發作起來，也沒以前那麼難受了，華神仙說了，再服幾副藥就能根治，這讓丁三十分的感激，也總是力所能及的幫幫華神醫，給他牢房中稻草鋪得更厚，也常偷偷帶些吃食給華神醫。前幾日，知道了丞相不顧勸誡，非要殺掉華神醫，丁三十分難過，卻也無可奈何。華佗知道曹操的決定後反而很平靜，隻是拜托丁三幫忙隨便找本書來，丁三也照做了。今日夜裏，丁三當班，來到華佗牢房中，華佗便把這本名為《青囊經》的書交與了丁三，有了上麵的那番對話。
次日午時，獄吏們提華佗行刑，問華佗還有什麼需要交代的，華佗從牢房角落裏拿出一本書，欲交與丁三，丁三佯裝畏罪，不敢接書，華佗便也做出悲憤之狀，裝書投入獄中一火盆內，拂袖跟隨眾獄吏離去，一代神醫便就此仙逝。
丁三回家後，將華佗交與的《青囊經》左三層右三層的用布包好，放入一瓦罐中，用油紙封好口悄悄埋在院中樹下，想過些時日，天下太平些將之取出，再想後事。然而這一等再也沒等到天下太平的一天，直到丁三去世前，把頂替自己繼續做著獄吏的兒子喚到床前細細叮囑了一番，告知了他院中樹下的秘密，並細細吩咐到一定要等天下太平了，取出後再做考慮。就這樣一代傳一代，丁三之後一直都做著獄吏這份職業，瓦罐也挖了出來，一直作為丁三家的傳家寶一代代的傳下去，隨著時代的變遷，丁三之後已不再在許昌城，從許昌到荊州再到開封、洛陽、金陵、成都，做著獄吏這份職業。其間有那麼幾代人在牢人遇到丁三當年類似的事，一些被關押的政客、軍官、江湖術士臨刑前總交與丁家後人一些書本著作，請與妥善保管，或許是老祖宗流傳下來的故事，丁家後人都樂於做著相同的事，就這樣，一代代下去，瓦罐裏從一本書變成了一摞書。
直到近代丁三的第二十代傳人丁安在民國的蓉城監獄做完最後一代的監獄警察，解放戰爭打響後，丁安跑到了川西省中部的一座小城逃避戰爭，解放戰爭結束後，丁安就在這個小城的一個工廠中做了一明普通的工人，一直到十年動亂，為了把老祖宗代代留傳下來的這個瓦罐繼續留下去，這個瓦罐再次被埋入了地下，不久後沒來及向自己兒子交代什麼的丁安就暴病去世，丁安的兒子丁明頂班繼續在那家工廠裏做著一個普通工人，在這個廠子裏認識了妻子王英，就同那個時代的很多人一樣，小倆口的日子還過得去，一直到1995年這個工廠破產，工廠破產之後丁明、王英這小倆口同時下崗，不過好在人年輕，小倆口拿著廠裏給的安置費在這個小城市裏開了一家小餐館，做起了生意，起早摸黑的很是辛苦，一家人卻過得甜甜蜜蜜。然而天有不測風雲，人有旦夕禍福，眼看著小日子過得越來越好，王英在這個時候卻被查出肝癌晚期，雖然知道這個是不治之症，丁明還是決定讓妻子留在醫院裏，一來想到白天要開餐館，孩子也要上學，王英一人在家沒人照看。二來也希望著出現奇跡，或是能讓妻子多活一天算一天吧。