但元江戰役的勝利，並不意味著高枕無憂。吳三桂率軍駐紮石屏，對於元江來說，始終是個威脅。而現在出兵再戰，他發現似乎力有未逮。
軍隊擴充之後，還需要整合訓練；大戰之後，火藥等物資消耗嚴重，急需補充囤積。這最重要的兩點，卻還需要時間，才能夠準備齊全。
既然吳三桂是在以勢威脅，朱永興和眾將商議之後，也作出了以勢相對的計策。其中，又分為明暗兩條線。明的又分兩線，一是派兵重回阿迷州（現開遠），並向西攻掠蒙自，在當地土司的相助下，從東麵遠遠地威脅石屏；二是派兵過江再占老武山、大竹箐，從西麵迫近石屏城，並派出小股部隊，在石屏州土兵的幫助下，對清軍進行襲擾。
暗的也分為東西兩線，目標則是那些在此次元江舉義中態度暖昧，明軍大勝後又前來示忠，或是在朱永興授意下暫且隱忍、待命而動的土司。比如寧州祿昌賢，新興王耀祖，習峨祿益、王揚祖，王弄(文山地)王朔，倘旬葉向陽、葉正昌，路南秦祖根，陸良資洪，彌勒昂複祖，維摩沈應麟、沈兆麟、王承祖、王義、王先任、王先倫等。
朱永興除了溫言撫慰外，又秘密地支援了些武器盔甲，並給各土司派出了明軍教官，以訓練各土司手下的土兵。這些土司在曆史上亦曾參加過以沐神保為號召的抗清起義，隻是形勢的改變，使他們更早地彙聚在朱永興旗下，有可能提前發動一場聲勢更壯闊的反清運動。
這些暗中準備，伺機而動的土司，在朱永興看來，突然暴發的話會讓清軍措手不及，疲於應付。如果得到明軍的相助，並且統一指揮的話，殺傷力會更大。隻是現在，似乎還不是最好的時機。所以，朱永興才把他們作為暗勢，一切的聯絡和準備，都是秘密進行。
作為能夠就近指揮的元江小參部，則更名為滇南戰區指揮部，又增添了敘國公馬惟興作為吳子聖的副手，以及總兵陳盛、許名臣、高應鳳等將領，共轄兵兩萬五千。防區則向上遊擴至腰街，下遊延伸至元陽。
設立戰區，是朱永興根據當時的通訊條件，所對之敵，以及戰情，所作出的軍事調整。目前隻有滇西戰區和滇南戰區兩個，主要是為了就近指揮，快速應變，而不必事事請示，以致殆誤戰機。
遙控指揮是很容易出問題的，隻有身處戰場，才能得出直觀、正確的判斷。朱永興不想犯這樣的錯誤，所以他隻是利用自己的一些先知先覺，在戰略上進行籌劃，給將領們指出大致的行動方向。在滇西，他是這麼做的；在滇南，他還是要遵循這個原則。
朱永興與滇南戰區指揮部的將領們進行了連ri的研討，基本上把各種可能麵對的情況都進行了分析，並且與滇西友軍進行了聯絡溝通，製定出了相應的方案。這時，已經是十二月份了，朱永興這才率領最後一批軍隊，返回安南。
現在滇南的明軍中，漢族士兵約占一半，擺夷族（傣族）超過三分之一，其他的則是彝、苗、僮、瑤等少數民族。在西南，特別是雲南，組成這樣比例的軍隊，並不奇怪。晉王李定國東征時，其所率部隊，便“半為倮、瑤、佬…”。但當時各土司是出兵認餉，而現在則是具有真正軍籍的士兵。
不管是什麼民族，明軍中都實行同樣的待遇，軍屬也都有一樣的優惠政策。這樣做，士兵的積極xing和jing神麵貌自是不同。
至於充當軍餉的土地，朱永興並不發愁。雖然安南鄭氏謹小慎微，並沒有輕舉妄動，但要真的攻打，既然有當強盜的覺悟，那借口便是不缺的。隻不過，朱永興要實施久已謀劃的廣西攻略，便暫時放過了鄭氏。而作為廣西戰事的前奏，並且牽製滇南清軍，明軍已經開始動手，進攻目標便是廣南府（現文山壯族苗族自治州）。
廣南府隸屬滇省，又與廣西接壤，東西橫距五百多裏，南北縱距約四百裏，地域極廣，卻有百分之九十之上的山區、半山區。如果全部占領的話，則北可攻曲靖，威脅昆明；東可入廣西，與將由七溪、諒山進兵廣西的明軍，合攻南寧。
鎮守廣南、羅平的清軍總兵是抒城侯狄三品，是他擒了南明慶陽王馮雙禮向清軍投降，又獲封侯爵。與其他各地的清軍總兵差不多，狄三品兵不過四千，守衛的地區卻過於廣闊。
要知道，當時整個滇省隻有六個分鎮地方的總兵官。除了永昌地處前沿，兵力雄厚外，其他的總兵官兵力都不多。多則五千，少則三千，這樣的兵力，維持地方尚可，要機動作戰，便隻能依靠剿撫四鎮，以及昆明的大軍。
慶陽王劉震，魯國公祁三升，宜川伯高啟隆，各率三千人馬，分三路殺入廣南府，趁守軍分散，攻勢猛烈，十天內連取馬關、西疇、文山、麻栗坡、硯山五縣，與西麵的阿迷州聯成了一片，使明軍在滇南的戰略縱深大大拓展。