在曆史上有些主帥不需要別人出謀畫策，而是自己思考問題，定下決心，周圍的人隻是執行他的意誌而已。但這種巨星百年難得湧現出一個，而主帥因為固執己見、自以為是而招致敗績的例子卻比比皆是。
所以，在絕大多數情況下，軍隊指揮者需要顧問，需要博采眾長，而一支軍隊組建司令部或參謀部自然是十分重要的。就象朱永興組建的總參謀部，目前已經發展為擁有四個處的組織機構，這四個處分別戰略戰術、軍隊內部事務、補給、炮兵和彈藥事務。
當然，朱永興照葫蘆畫瓢搞出的參謀部和總參謀部，總是需要不斷的改進完善，需要一段較長時間的實踐磨合。最主要的障礙便是大批訓練有素的參謀人員不可能在短時間內能夠擁有，而那些沙場老將在目前的戰爭形勢下則更願意在戰場上建功立業。
這便使朱永興直屬下的總參謀部幾乎沒有什麼重量級的將領坐鎮，多是中下級軍官，年齡更是普遍偏小。但朱永興有自己的辦法，他選擇參謀，不是看其軍銜和資曆，而是對其能力和品質的絕對信任，還善於組織和使用。他是著眼於將來，致力於將總參謀部建設成為一個培養軍隊精英和研究戰爭經驗的學校。因此，他經常親自與總參謀部軍官研討戰略、戰術問題，並將大部分軍事工作交給總參去做，他則越來越隻是起到一個領導的作用。
事必躬親，那是下層官員應該做到的，朱永興很早便有這樣的覺悟。所以，他一步步組建起政治、經濟、軍事上的較合理架構，他懂得放權和任用。懂得組織和管理。說白了，他就是車頭，掌握著方向，掌握著行駛的行奏，使南明政府這個大車廂能夠承載著各種負重，沿著他設定的道路前進。
道路已經不同以往。這是很多人都逐漸意識到的，對於朱永興“妄權改製”、“擅改祖製”的議論從開始到現在，便沒有停止過。但在朱永興看來，清代明，並不是清朝的軍力有多強大，製度有多先進；而是明朝病了，病得太重，痼疾不除，一切都是空想。
改製？朱永興覺得並不夠確切。要說改革，還有那麼幾分道理。而他也知道，改革的過程，就是權術和實力較量的過程，它的艱難性曾使得曆史上幾乎所有的改革家都頭破血流、身敗名裂。而往往那時，可憐的人們，要麼冰冷麻木地看著改革的失敗，要麼瘋狂地撲了上來撕扯著失敗者的血肉——所有人都把他們痛苦的根源推倒改革家頭上了。
如此血淋淋的教訓。朱永興不會不知道，但他卻不認為自己會落到那個地步。因為他看清了一個關鍵。那便是不必急於求治，不必追求盡善盡美，隻要使社會各階層、各類身份的人大多數都能獲得實際利益，便能贏得最廣泛的支持。也就是說，痛苦的根源不可能消除，但卻隻能集中在盡可能少的一部分頭上。
說白了。爭取大多數，孤立少數，這便是朱永興最簡單的手段。他要在強權失去控製能力之前必須收到改革的成果，才能取得改革得利者的擁護以加強和繼續自己的事業。所以，有反對。有批評，但掀不起大風浪，幾隻蒼蠅叫，又豈能阻擋朱永興邊改革邊前進的步伐？