以海製陸的設想很早便有，朱永興也一直在做著準備。或是拉攏，或是聯合，或是購買，再逐步打擊敵人、壯大自己，在分別殲滅了廣東、福建的清軍水師後，趁著鄭家內亂的時機，水師的實力終於可以把計劃變成現實了。
三支艦隊分別在福建、浙江、長江展開，或襲擾，或直搗，有效地牽製住了東南各地清軍的力量，使得清廷增兵福建，抵抗明軍的意圖大半落空。
楊彥迪所率艦隊以舟山為基地，不待休整便殺入杭州灣，一戰擊潰了清軍杭州水師，佯攻杭州；隨後又趁夜撤走，淩晨突然在金山登陸，攻破縣城，劫掠官庫後帶著上千自願跟隨的義民鄉勇及家眷揚帆而去；第三天，在舟山安置完民眾後，艦隊又出現在象山灣，登陸攻破寧海縣，又是象金山一般的如法炮製。
明軍水師倏忽來去、攻掠如風的打法使浙江沿海處處告急，遷界築起的土木長壘不堪一擊，負責守衛的清軍既分散且無戰鬥力，哪裏能抵擋三千裝備精良的陸戰隊。而沿海的空白地帶又給明軍登陸帶來了隱蔽性，往往是兵至土壘才為清兵所發覺，多數清兵倉促間點燃狼煙便逃之夭夭，根本不敢與明軍接戰。
而明軍攻破長壘後，隻需稍加宣傳，便有飽受苦難的百姓蜂擁而出，至海邊登船而走。舟山很快便有了五六千百姓，築城建屋，基地更加鞏固。
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陳上川所率的長江水師繼續沿江而上，接連擊敗福山、楊舍、江陰、靖江、孟河、永生的沿江汛兵共兩千餘，進抵瓜洲。
張名振、張煌言的幾次入江作戰，使清廷也意識到了長江防務的脆弱。亡羊補牢，清廷派固山額真石廷柱為鎮海將軍，領八旗兵駐防鎮江京口；又重新設立江南福山、楊舍、江陰、靖江、孟河、永生等各營沿江汛兵，並且把儲藏在江寧庫中的紅衣大炮移至京口。
但在順治十六年。鄭成功率千艘戰船再入長江，將清廷苦心經營的江防工事砸了個稀巴爛。鄭軍連克瓜洲、鎮江，進抵石頭城下。雖然最後因輕敵而失敗，但清軍也損失慘重，在江陰、瓜洲、鎮江布置的火炮悉數被毀或被鄭軍繳獲。
這幾年清軍又重建江防工事，但實力並未恢複到順治十六年的水平。特別是火炮，清廷財政一直緊張。沒有太多的資金鑄造，現在也隻有當年的一半數量。
陳上川所率艦隊以西進為主，並不上岸攻掠，隻打擊江上的清軍，行進速度不謂不快。在瓜洲，長江水師迎來了一場大戰。麵對清軍的江防工事。以及瓜洲與鎮江的清軍水師，長江水師火力全開，奮勇廝殺，戰況至為激烈。
而明軍火器的優越性在江、海水戰中充分發揮，三百餘門大小火炮更遠超清軍。在一天的激戰中，長江水師截斷了清軍用鐵鏈、船隻連結而成的鎖江防線“滾江龍”，摧毀清軍江上浮營（又稱木城）三座。奪得譚家洲大炮數十門，並擊潰了清軍的兩支江上水師。