而明軍的戰鬥力，以及動用的大軍，更是遠超當年鄭成功所發動的長江之役。不算其他戰場予以配合的明軍，東西會師之後，陸軍便有殄朔、蕩朔、破朔三個軍，以及一直擔任朱永興近衛師的靖朔軍第一師，再加上水師陸戰隊，已經超過了十三萬之眾；水師更是有兩千餘艘大小船隻，官兵兩萬餘人。在裝備上，明軍擁有的火槍火炮的數量和威力更不是當年的鄭軍可比。
此時明軍兵抵南京，形勢與鄭成功長江之役時又大不相同。上遊州縣、水路多為明軍所控。不必象當年鄭軍，擔心清軍由這個方向趕來增援；明軍水師更為強大，炮火更猛，清廷想從北方增援，如何渡江。便是一個難以逾越的障礙；而江浙清軍固然能夠回援，卻要麵臨被滅朔軍銜尾追擊的危險，且要盡棄江浙要地。
這個時候便看出之前穩步進取的好處了，周邊無強敵，進抵南京城下的明軍可以說是後顧無憂。當然，清廷在江浙不斷投入兵力。此時南京的清軍數量也要多於長江之役時，有一萬有餘。而在明軍勢如破竹般向南京逼進的時候，為了保衛南京，南京的江南總督郎廷佐不惜以放棄部分州縣為代價，從附近地區調集一切可用的軍隊。同時向清廷發出十萬火急的求援奏疏。
“自海逆於京口得誌後，賊勢大盛，於十三日，已溯江逼近江寧。時因城大兵分，力薄難支，懇請速從京師調遣大兵前來，方可恢複，大江兩岸城池亦不致失守。”
“賊兵水陸二十餘萬、戰船兩千餘艘。猖獗之勢更勝鄭逆。現攻下鎮江、太平、寧國等府，浦口、*、丹塗（當作丹徒）等州，欲攻圍南都。危如壘卵，乞發大兵南下救援撲滅，免致燎原焰天”。
郎廷佐的奏疏或有誇大之嫌，但此次明軍進攻南京的兵力和氣勢確實強大，使其惶恐難安，以致在奏疏中發出窘迫之語。
但些時求援已經晚了。朱永興不會犯鄭成功那樣的錯誤，更知道太平軍是如何攻破武昌和南京的。城牆雖高大堅固。依然難擋爆破之術。
一月十九日，朱永興駕臨南京城下。此時。殄朔軍在獅子山立營，蕩朔軍於雨花台駐紮，破朔軍屯紮西南角，並沒有四麵合圍南京。這是吸取了鄭成功失敗的教訓，十餘萬大軍雖然占據壓倒性優勢，但明代的南京城垣周圍非常廣大，要將南京包圍得水泄不通，是有困難的。且分兵則勢弱，當初鄭軍分營圍城，便是被清軍分頭擊破的。
最多七天破城，能有多少清軍入城增援？朱永興趕至獅子山，立刻召集各軍將領進行了戰役部署，命令各軍工兵集中起來，全力由靜海寺、天後宮開挖地道，突破口即是城北儀鳳門。同時在城南雨花台附近架設炮兵陣地，作為佯攻掩護。又命水師和陸戰隊並陸軍一部進攻江北的江浦、浦口，阻遏江北清軍的增援。
為什麼要急著攻破南京？在朱永興與參謀們的推演中，還有一個方案，便是故意拖延，待江南之敵全聚於南京後再一鼓全殲。但朱永興記得一句話，叫夜長夢多。
如果能盡快攻取南京，不僅是軍事上的勝利，而且在政治意義上有巨大的影響。南京一下，然後分兵四出，仍在觀望之中的清綠營官兵和更多的漢族官紳必然反正來歸，頑固不化者則聚而殲之，明軍即可迅速占領江南，從而形成與清廷一輪新的對峙。
該緩時緩，該急時急。朱永興要在開春前解決江南戰事，不耽誤春季耕種，以備明年大舉北伐。所以，在有利態勢達成之後，立刻兵行如火，展開了雷霆萬鈞，並是蓄謀已久的推進和攻勢。
可以說，到目前為止，明軍各部在接到諭令後的配合是默契的，都在發揮著作用。如果因為要追求過度完美，而喪失了最後的勝利，那朱永興是永遠不會原諒自己的。
軍議已畢，朱永興帶著幾名高級將領和親衛登上獅子山眺望，不禁慨歎道：“虎踞龍盤？莫不是諸葛亮虛言欺騙孫權？看這山，既不高，且山勢多平緩，易攻難守。北麵被視作天險的長江又是江麵開闊，流勢亦不急。若是在此山上架起重炮，轟到城內當無問題吧？”
從軍事角度來說,城外的山、河對保衛南京作用不大。宋朝時擋不住趙匡胤的大軍；在明朝也擋不住清軍的攻取，這在一定程度上也是造成“一片隆幡出石頭”的原因吧！
敘國公馬惟興也仔細觀察了一番，點頭讚同朱永興的品評，“這南京城啊，隻是城牆高且厚。卻無其他可守之處。不過，風景很好，聽說有很多遊玩之處。”
南京可以說是古今文化薈萃之地，自然景觀、人文古跡點綴其中，用“城在園中”一詞形容最為恰當。南京古城中有玄武湖；城東有明孝陵、靈穀寺等；城南有夫子廟、烏衣巷、瞻園等；城西則有清涼山、石頭城、莫愁湖。