既然放棄了畢全功於一役的耗費巨大的兩棲作戰，按照目前物資囤積的狀況，明軍便能開始發動北伐戰役。而從嚴格的意義上講，登陸山東已經是北伐的序幕拉開。
糧草物資的囤積和供應是統籌全局的，這邊省下來，便可以側重另一邊。而在遼東開辟戰場，目前正是清軍在遼東布防空虛的時候，可謂是個好時機。依靠著明軍強大水師，自可以由島入陸，或在朝鮮之助下在滿清的所謂龍興之地插上一刀。
初步計劃很快便被製定出來，先是增兵山東，設立登遼總指揮部，統一指揮山東與遼東的作戰事宜；其次是在山東擴軍，做好以山東兵征戰遼東的準備；最後則是集結蕩朔軍、滅朔軍、征朔軍，將克期於兩淮展開攻勢，沿運河北上，爭取與山東戰場聯為一體。而從初步計劃來看，與太祖朱元璋的北伐路線很相似。
“先取山東，撤其屏蔽；旋師河南，斷其羽翼；拔潼關而守之，據其戶檻。天下形勢，入我掌握，然後進兵元都。”這是朱元璋北伐的路線，先山東，後河南，再轉山東直入京師。
從兵力上看，朱元璋是動員了大軍二十五萬進行北伐，在攻占山東沂州（現臨沂）前幾乎是沒有分過兵。之後攻掠河南、直入京師，可謂是勢如破竹，最後才是乘勝西進，占領了山西和陝西。
而明軍現在的布署是處處壓迫，從甘陝、河南、兩淮，一直到山東，兵力似乎有所分散。但也造成了清軍處處布防的局麵，這與朱元璋北伐時元廷外援已絕是有些相似的。
現在，隻要明軍聚力於一個方向上達成了突破。便有使滿清整個防線產生動搖的可能。比如現在的西南攻勢，即將展開的兩淮攻勢，形成了一個鉗形，不管哪邊取得了成功，在長江中遊與明軍對峙的清軍便有被旋師包圍的危險。
當年的朱元璋北伐是沿運河向北，直接打到天津。現在明軍也可以這麼做。雖然運河被清軍堵塞了多處，但並不是不能夠重新疏通，並使其成為運輸兵員、物資的航路。更有利的一點便是明軍在山東已經有了穩固的基地，兩淮清軍處在可能被截斷退路的危險之中。
顯然，滿清想用兩淮之地換取膠東，也是看到了這一點。隻不過，朱永興早已視還未光複的地區為國土，根本沒有什麼“議和”的誠意。相反，他倒想借著滿清有意放棄兩淮而輕鬆光複這些地區。
“高皇帝光複江南。使蒙元喪失漕糧產地並斷絕了漕運，被切斷生命線的蒙元統治者再無力維持在北方的統治，很快便崩潰了。”朱永興對北伐的信心不僅在於軍力，“現在是同樣的情形，漕糧既是京城滿清皇皇室貴族、王公大臣的口糧來源，又是駐紮在北京一帶八旗軍隊的給養來源。雖然短期內滿清能靠庫存，或者從民間搜刮來維持。但其無力再奪江南的這個事實，卻已經是昭然若揭。也就是說。從稍長期看，滿清敗勢已定。這必將會引起其政權內部文臣武將的離心離德。葉卿，國安部要先行一步，為大軍北伐創造有利條件。”