朱永興激動振奮之餘，再次提出移駕北上，坐鎮京師。但朝堂上卻被多數官員反對，他們引經據典、結合實際情況，終於讓朱永興收回了旨意。
移駕北上是表明一種姿態，並且有與將士們同甘共苦。而不是躲在後方享福的意思。朱永興這樣的地位，當然是不會爭奪什麼功勞的，但群臣們反對的意見也很有道理。
首先是北京還未光複，雖然情況非常樂觀，但也不排除有其他的變數。急於移駕有些草率。如果出現什麼意外的話，再半路折回，豈不是留下笑柄？
其次是春闈在即，作為新皇登基後的頭等大事，同時，朝廷開科取士也是天下讀書人的絕頂大事。既然已經昭告天下將在南京舉行，朱永興移駕北京，顯然是不合適的。而就現在朝廷官員的組成來看，南人占了大多數，他們自然不希望因為移駕而改變地點。
還有一些別的意見，比如北地凋弊，移駕之後人員眾多，無疑會增大物資的運輸壓力；北地尚未安定，皇上的安危自然也不可輕忽等等。
朱永興暫時不能前往京師，但朝廷必須派出官員到北京打前站，工作很繁雜，比如劃分各部的衙門，將皇宮和官員們的宅邸收拾分配好，建起以北京為中心的暢通的驛傳係統等等。在明年春闈大比之後，北京便將取代南京成為新的政治中心，配套設施和工作必須在這之前完成。
別的部門和工作，朱永興可以放手由下麵去做，隻有兵部，或者說是軍事方麵，他一直參與其中，牢牢掌握著軍隊的調動和分派。在新的形勢下，一係列的調整和安排便隨之而來。
設立北京軍區，軍區總司令為魏王馬寶，下轄蕩朔、征朔、滅朔、破朔四軍，還有天津水師，總計十五萬人，主管京師、直隸、山西等地，並為東北軍區提供戰略支援。
設立東北軍區，軍區總司令為黔陽王皮熊，下轄剿朔、除朔（於七所部的山東兵團）兩軍，並騎兵師（由慶陽王劉震率領）和東北水師，共十萬餘人，主管東北地區。
設立濟南軍區，軍區總司令為鄭王劉體純，下轄殄朔、伐朔兩軍，主管山東、河南地區，為北京軍區提供戰略掩護，並作為北京軍區和西安軍區的戰略預備隊使用。
暫設西安軍區，軍區總司令晉王李定國，下轄鎮朔、討朔兩軍，並騎兵師（由昌國公高文貴率領），共十萬餘人，主管甘、陝等西北地區。
暫設西南軍區，軍區總司令為趙王白文選，下轄靖朔軍及各土司土兵，主管雲貴川軍事。
從這些調整和布署可以看出，明軍的重心還是在北麵，主要在西北和東北兩個方向，西南也有顧及，但卻兵力不多。而東南地區則兵力更少，幾乎全靠地方警備部隊。當然，東南地區是最不可能遭到軍事威脅的。
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