昭武二十九年（1690年），大明人口總數突破一億；同年，大明呂宋海軍艦船行至澳洲，開辟航線，使其成為大明新的流放之地。
昭武三十年（1691年），大明帝國將選舉升級到縣、府，並發出通告，將於十年後取消科舉，改為公務員招聘。
昭武三十一年（1692年），噶爾丹其勢正猖，分南北兩路征討喀爾喀蒙古。並揚言所借俄羅斯兵將至。喀爾喀蒙古諸部蒙受空前浩劫，舉部內遷；時土謝圖汗遣其弟西第什哩率近萬人與俄軍對峙於色楞格斯克，身邊兵弱將寡，亦被擊敗南逃。
昭武三十二年（1693年），昭武帝親至多倫諾爾（今內蒙古錫林格勒盟多倫），召集喀爾喀蒙古左右翼、內蒙古四十九旗王公貴族盟會。喀爾喀等蒙古諸部完全降附，成為守禦北疆的堅強力量，阻遏並反擊沙俄沿葉尼塞河的中路侵略。
昭武三十三年（1694年），葛爾丹在沙俄的支持下繼續實施其“東進政策”，進軍青海，理由是和碩特是衛拉特蒙古一部，理應歸他統轄。昭武帝震怒，拜七十三歲高齡的晉王李定國為大將軍王，統率大軍十萬西出陽關。
三十年生聚。明軍已經強大得令人咋舌，高高升於空中的熱氣球觀察監視哨，上千門大小火炮，光那數千騎著高頭大馬的驍騎兵，及數萬盔明甲亮的驃騎兵，便足以震懾四夷。被葛爾丹擊敗竄至青海、甘肅交界的鄂齊爾圖車臣汗、察合台等部眾，皆出兵助戰。
六月初，明軍抵古城（今奇台）。於八日進紮阜康，兩日猛攻。明軍轟坍城牆，突入城內，全殲守軍數千人。翌日晨，明軍以騎兵向烏魯木齊疾進，葛爾丹的盟友回部和卓伊達雅圖勒拉等棄城而逃。爾後，聯軍繼續西進。連克昌吉、呼圖壁,九月底克瑪納斯。時臨冬季，晉王李定國暫停攻勢，囤糧整軍，準備明年進軍南疆。
年底，獲悉葛爾丹得到沙俄軍火支援。且沙俄向葛爾丹承諾將根據形勢，從色楞格斯克、烏丁斯克、涅爾琴斯克以及其他城市發兵進攻的消息後，昭武帝決意再出兵一路，並禦駕親征。
昭武三十四年（1695年）春，昭武帝率集結完畢的大軍六萬，出喜峰口、古北口，召會降附的蒙古各部聯軍三萬，先抵拜察河（高涼河）、吐力埂坷（四道河）、克什克騰旗一帶，兵鋒直指烏蘭布通。
六月三日，明軍與葛爾丹的數萬人馬在烏蘭布通(今內蒙克什克騰旗境內)展開激戰。雙方以大炮火槍互轟開始，激戰半日，終於還是明軍的火力占據優勢，直射炮、曲射炮鋪天蓋地，轟開了葛爾丹所布“駝城”。聯軍隨後發起猛攻，戰至黃昏，準格爾軍潰敗，葛爾丹率千騎北逃竄回科布多（今蒙古吉爾格朗圖）。
六月十三日，昭武帝獲悉葛爾丹仍野心不死，揚言在科布多過冬集兵，明年將借俄羅斯火槍兵六萬，再次大舉內犯後，再度調兵遣將，準備一勞永逸，滅此朝食。
黑龍江將軍於七奉命統騎兵旅、混成旅萬餘人，並降附的科爾沁兵，出興安嶺沿克魯倫河西進，堵住葛爾丹東進道路；西路則由晉王李定國分兵一部，由寧夏（今銀川）北上，切斷敵歸路；昭武帝親統大軍向科布多推進，三路大軍約期合擊，準備一舉殲滅葛爾丹，並擊敗可能前來增援的沙俄之兵。
八月十六，昭武帝率中路軍、昌國公高文貴率西路軍於土喇（今蒙古烏蘭巴托西南）會師，合兵進擊葛爾丹。葛爾丹自恃有大漠這道天然屏障，明軍對他也無可奈何，萬沒想到明軍真的會長途跋涉越過大漠來攻，更沒想到昭武帝會率軍親征，思想和物質上都沒有做好準備，倉促迎戰之下，大敗而逃。數千明軍精騎追殺不停，葛爾丹僅率數騎逃脫，其妻阿奴亦被俘虜。
而就在之前的七月十八，晉王李定國親率主力由烏魯木齊攻達阪城；高得捷、王輔臣分兵出哈密和巴裏坤，會師鹽池後協攻吐魯番。經過連番激戰，到八月初七，達阪城、托克遜、吐魯番皆被攻克。至此，明軍打開了南疆門戶，軍事上已成破竹之勢。
科布多大勝後，昭武帝在科布多居中調度，其餘各軍則在皇子朱崇燁和昌國公統率下繼續北進，過烏蘭巴托，於色楞格斯克（現俄羅斯烏蘭烏德地區）與沙俄侵略擴張的馬前卒哥薩克頓河軍展開連番激戰。
有奶便是娘的哥薩克人沒有國家，沒有政治信仰，甚至算不上一個**的民族。他們既是驍勇的戰士，也是冷血的屠夫。但在這場大戰中，以火力著稱的明軍同樣有驍勇的騎兵，蒙古諸部與哥薩克人更是死敵。聯軍奮勇廝殺。依仗著火力和人數的優勢，付出了很大的代價，終於將這支沙俄利用來侵略並防衛邊界的頓河哥薩克軍打得幾乎全軍盡沒。
隨後便是蒙古諸部對哥薩克平民的血腥屠殺，明軍既不阻止，也不參與，他們已經達到了目的。用鐵與火證明自身的武勇和戰力。蒙古諸部想要繼續抵擋沙俄及其幫凶的侵略，就隻能依靠明軍，依附明廷。得勢不饒人的蒙古諸部聯軍追殺不斷，直入俄境內。
八月，晉王李定國在南疆繼續揮軍前進，連克喀喇沙爾、庫車、阿克蘇、烏什等城，喀什噶爾守將反正，十月底，南疆各城全部收複。明軍開始部署進軍伊犁。在明軍強大的軍事壓力下，準格爾部發生分裂，葛爾丹的侄子策妄阿拉布坦率部眾五千餘人逃往冬營地博爾塔拉，並向明軍請和罷兵。