曾經有一個古老的傳說，在這片浩瀚的大地上，除了生而有慧的人類外，還有許多在天地元氣滋潤下開啟了智慧的生物，人類將其稱為妖魔。相對於脆弱的人類，妖魔有著足以撼動山嶽，震動江海的力量，即便再不濟的妖魔，也有遠遠超出人類極限的速度與力量，在妖魔的逼迫下，人類成為了妖魔的食物和奴隸。直到有一天，一位不知從何處而來的僧侶，用足以引起天地異變的神之術擊殺了無數作孽的妖魔，其中最強大的一隻，被僧侶分離了形神，妖魔的肉身被封印在天空一個巨大的岩球之中，而妖魔的靈魂，則被僧侶以奇妙的神術煉化，分別賜予九隻跟隨多年的寵物。
除掉了大部分作孽的妖魔之後，僧侶自覺殺孽嚴重，將神術傳授給滅妖途中的追隨者後，便安然圓寂。許多年後，早一批的追隨者早已隨著時間的長河消泯無蹤，僧侶的神術在經過一代又一代人類的發展衍化，形成了一股新的理論體係，人們將其稱之為忍術，而使用忍術的修煉者，人們稱其為忍者。
在以往的曆史長河中，忍者僅僅隻是作為一個獨特的力量擁有者存在，並不為眾人所知曉，知道有一天，有兩個傳奇的忍者，摒棄了多年的家族私怨，成立了一個宣稱為忍者家庭的村子，並命名為木葉忍者村。
忍者也好，忍村也罷，隻要是由力量構成的事物，勢必會對周圍的其他勢力構成威脅，或許木葉忍者村最初的目的隻是為了結束家族之間的爭鬥，但殊不知，當數個小家族組成一個村子後，將要麵對的，不再是某一個家族，而是另一個村子。
戰鬥，依舊不會因為木葉忍者村的成立而結束。
戰場，甚至會更廣。
火之國揚炎忍者村，風之國砂隱忍者村，田之國音隱忍者村，水之國霧隱忍者村，雷之國雲隱忍者村，熊之國星隱忍者村，土之國岩隱忍者村，煙之國煙隱忍者村，瀑之國瀧隱忍者村，雨之國雨隱忍者村，草之國草隱忍者村，雪之國雪隱忍者村，匠之國匠隱忍者村，星之國星隱忍者村，菜之國花隱忍者村相繼成立。
忍者，不會隻存在一個國家。
當某一個國家動用了大規模高殺傷力的武器，那麼另一個國家也不會繼續使用小規模無汙染的武器，戰爭，隻會因為力量體係的提高而變得更加的殘酷。
殘酷，在平民中更加的現實。
波風水門，一個火之國小村落的平民孩童，半天前，波風水門還在跟隔壁家的女孩玩著泥巴，玩累了，疲倦的水門與隔壁家的女孩道別後，不小心在回來的路上睡著了。等水門醒過來時，已經是黃昏時刻，腹中饑渴的水門揉了揉惺忪的雙眼，邁著小步向家跑去，算算時間，這會兒媽媽肯定已經準備好了晚餐，水門對時間一直有很敏銳的計算能力，特別是吃晚飯的時間。
但是當水門跑回村莊時，卻發現，以往家家戶戶燈火通明，炊煙嫋嫋的小村莊竟然連一絲聲響都沒有，空氣中彌漫著一絲絲的腥味，水門有些害怕，腳步更加的急切，路上還遇見了最喜歡跟水門這幫小孩子玩的釣魚老頭，隻不過釣魚老頭睡在地上一動不動，水門喊了許久都不見釣魚老頭醒來，遂賭氣不理，繼續往家跑，但是令水門恐懼的是，村子裏的爺爺奶奶叔叔阿姨，還有鄰家的女孩都睡在地上一動不動，有的身上還留著血。