第一卷今古魔道
開篇，武俠小說作者今天子（張有忌）在老白讀者方明哲的幫助下回到伏羲時代，成為伏羲的助手，木神句芒，他領悟到樹的奧義，自創大虛空神樹，魂魄融合於盤古元靈，這就是煉神還虛，人族三聖，伏羲，女媧，句芒，今天子是其中之一。
神玄之戰，女媧和句芒都因為各自的原因支持鴻鈞，土木係決裂，伏羲獨抗鴻鈞，結果失敗。今天子也得鴻鈞玄門真傳，紫霄宮旁聽，並最終得成混元道果，這就是煉虛合道。今天子和通天教主結下深厚情誼。
神玄之戰後一千五百年，封神之戰，今天子和通天教主力抗四聖，打成平手，結果鴻鈞親自出手，通天教主被打落萬劫輪回，而今天子則被驅出過去三千界。
重回現代的今天子，化名古逍遙，組建今古魔道，並且發現了羽族的陰謀，當世神玄俱沒，今古魔道和羽族之間綿延萬年的戰爭，開始了。
第二卷天人俱樂部
今天子參加了方明哲的天人俱樂部，初次活動，就有西昆侖十二仙首中的小墨（李亦墨）向方明哲祈求，原來異能者是基因誘導的產物，和立誌複興古神榮耀的今天子不同，他們的壽命有限，結果小墨被方明哲送回了過去三千界，身化墨麒麟。
小墨回到的時代，是妖族稱霸大地的時代，後土立下的日月星鬥，已經破碎，九頭氏立下混元河洛大陣，小墨成為麒麟族長，妖族會攻混元河洛大陣，墨麒麟被九頭氏斬首，小墨被救回，並得到了麒麟操縱大地的能力。
仙佛神巫妖的曆史，初次出現在今天子麵前。他又一次對方明哲感到深不可測，那是麵對鴻鈞的感覺，到底方明哲和鴻鈞是什麼關係，為什麼他能夠將人送入過去三千界，過去三千界是真實存在嗎？
今天子開始卷入異能者的世界，異能者是什麼，是古神血脈嗎，為了弘揚古神榮耀，今天子決定借助現代科技的威力，成立神玄研究所。
第三卷聯邦黨人
神玄研究所開發出了七十二神武技和三十六導引術，在異能者的世界裏掀起了軒然大波，今天子組建了神木生物製藥公司，推銷神玄研究所的產品，九轉金丹，配合古文明研究所的天神之血，能夠提高基因誘導的成功率，中國背後支持的古文明研究所和美國背後支持的超級科技研究所，開始關注到神玄研究所和古逍遙。
聯邦黨三巨頭的凱撒、王也向古逍遙拋出了橄欖枝。在方明哲等人的介紹下，今天子加入了聯邦黨，成為聯邦黨人。今天子成為聯邦議會議員，開始出入上流社會。權力的大門向今天子打開了。
今天子開始以今古魔道為根本，在政，經，科研等各個領域擴張勢力，一切為了古神的榮耀，一切隻為了神玄大興，他已經漸漸發現，這個世界，和過去三千界的不同。有惘然，但是不影響今天子的堅定，要讓那個經曆三千年的文明，重現這個世上。
這時，同樣來自過去三千界的燕郊遊出現了，他和今天子一樣，也曾經穿越到過去三千界，但和今天子不同，他到的是一個高武的大唐世界，並且穿越為唐玄宗，他好權好色，但擁有強大的力量，來到現在的燕郊遊組建了大明宮，他也是方明哲天人俱樂部的成員，世界又添變數。
第四卷超光戰艦
羽族是來自外星的文明，是降臨者，他們掌握著跨越星際的工具超光戰艦。一個波瀾壯闊的宇宙大航海大開發時代即將開啟。
凱撒、王，終於露出真實麵目，原來他是黑袍巫師，也是歐洲暗黑理事會的理事長，聯邦議會的議長，為了對抗羽族，今古魔道和暗黑理事會結盟了，還有美洲的幽靈騎士團，這個騎士團，是美洲對抗羽族的最主要地下勢力。
世界上到處都是原始宗教和原始信仰，和羽族卻要破滅萬教，放牧眾生，這激起了地球土著的反抗，直到人文啟蒙和科學興起，人類才掌握初步對抗羽族的力量，但信仰層麵仍然被羽族掌握，地球上絕大多數人還是信仰著羽族神。
聯邦黨三巨頭的鄭上航，聯邦理事會常務理事，接見了今天子，原來亞洲曆來是儒家和無神論係統，受羽族的影響比較小，但也感受了威脅，並且古文明研究所開始和神玄研究所深入合作。鄭上航表示，將出動掌握在各國手中的超級戰士。聯邦黨三巨頭的理查德，聯邦執委會當值主席，美國總統，也表示將派出美國的超級戰士。一個牢固的利益聯盟形成了，一切的目標，是奪取羽族掌握的超光戰艦和超光飛船技術。
第五卷遺跡戰爭
人類最強大的戰士團結起來了，方明哲也參加了，他的力量是念動力，但今天子覺得方明哲的力量遠遠不止於此，在模擬作戰中，兩人相遇，但方明哲避而不戰，今天子的疑惑更多了，方明哲到底是什麼人呢。
在地球上的羽族戰士一共六人，米迦勒，加百列，拉斐爾，烏列爾，今天子發現，幽靈騎士團的幕後老大竟然是路西法，但他已經放棄了羽族形體，成為人族，他也參加了這次戰爭。暗黑理事會的幕後老大，則是撒旦，這一切都是為了爭奪信仰，他現在也是人族。
在遺跡戰爭中，熾天使們失敗了，他們都被封印。但超光戰艦已經被毀壞，根本不能使用，這也是羽族戰士滯留地球的原因，撒旦和路西法欺騙了人類。人族的星辰大海之旅，終於邁出了堅定的一步，更重要的是，他們得到了神秘的亞特蘭蒂斯遺跡，在羽族科技和亞特蘭蒂斯科技的推動下，地球人開始研發出自己獨有的科技。