三人奏章的內容很快傳到了秦王的耳中，從此對陳明更加的恭敬。
五日後秦王遣將軍龐玉先陣於淺水原南以誘之，賊將宗羅並軍來拒，玉軍幾敗。既而秦王親禦大軍，奄自原北，出其不意。羅望見，複回師相拒。
秦王將驍騎數十入賊陣，於是王師表裏齊奮，羅大潰，斬首數千級，投澗穀而死者不可勝計。秦王率左右二十餘騎追奔，直趣折墌以乘之。
仁杲大懼，嬰城自守。將夕，大軍繼至，四麵合圍。詰朝，仁杲請降，俘其精兵萬餘人、男女五萬口。
齊王及高海回京報於太子，太子深惡陳明，而高士廉二惡矣。是年太子與高士廉強占長安東天威府良田千頃，百姓告官無門，紛紛投靠附近的土匪，擾亂地方治安。
高祖令秦王帶兵平之，秦王帶兵平服大部後，隻有一夥最大不臣，首領是個虎精名叫王羿，手下五員猛將，為首的叫張蟠，力大無窮且有些計謀，二一個是位夜叉，來曆不明，名喚冰刀，三為熊精叫兆天，四為樹怪叫墨青，五為晁艾。
其時，秦王已知道是太子與高士廉激化的民變，但自己與太子有利益關係不能據上報，宇文士及獻計請陳明上奏，秦王欣然。
宇文士及於是到陳府告知陳明，然宇文士及隻提高士廉，於太子之事卻隻字未提，陳明次日上奏，滿朝嘩然，高祖下令徹查此事，期間秦王手下冒名傳、方化及、李天袖、陳成分別被張蟠、冰刀、兆天、晁艾所殺，秦王又急調尉遲敬德助戰，還是尉遲公了得，設計斬殺兆天、晁艾二將，又力敵張蟠，將其生擒活拿，王羿逐降。事後高士廉被降級留用，太子被迫退回田地，朝中大臣見無論如何太子也不是秦王對手，多數投靠了秦王。
高士廉最為無恥，將太子以前的不當之失，全部告知了秦王，賣好求乖以避禍。高祖知太子有失德之舉後，本欲廢之，陳明卻以曆代立嗣之典說高祖不要輕言廢立，此時的陳明知道提出廢太子之人是高士廉一夥，便勸高祖不要中了小人的奸計，不想卻得罪了秦王。
秦王與長孫無忌計，要鋤陳明必高士廉不可，於是長孫無忌星夜趕赴高府。
高士廉：“長孫大人星夜到訪，所為何事？”
長孫無忌道：“無忌來此是為了大人的前程。”
高士廉：“秦王有何差遣？”
長孫無忌笑道：“大人果然明白事理，不過今日我來確實是為了大人將來計，你我同殿為臣十幾年，你道當今聖上最信者為誰？”
高士廉想了想道：“聖上最近越來越多疑，老的臣子中，聖上多認為是秦王一黨。如今好像隻有陳明最得聖上信任。”
長孫無忌道：“陳明一群新科之人得聖上寵信本無可厚非，但陳明卻幾次陷大人於不義.......”
高士廉搶道：“陳明之才，當世罕見，將來出相入閣，乃天下百姓之福，此人雖幾次與我作對，但仍不失為一正人君子，大人不可與大賢為難呀。”
長孫無忌笑道：“大人雅量，陳明之才，的確當世罕見，不過我隻提醒大人，此人有字曰光蕊，燭光之光，火蕊之蕊。”高士廉啊的一聲，呆在那裏。
武德二年八月十五夜，陳明攜夫人殷氏到丈人殷開山府上賞月，此時殷氏有孕八個月了，陳明小心的扶著夫人到了殷府，老夫人見女兒回來十分的高興，準備了好酒好菜。
一家人正在酒酣之時，突然外麵衝進了數十名官兵，為首一人乃毛墩，有人取過聖旨，毛墩宣讀：“封天呈運，皇帝召曰：查文淵殿大學士陳明陳光蕊，與叛臣盧弧華私通密謀，著即押往長安府候審，欽此。”
殷開山上前道：“毛大人，我的女婿私通叛逆可有真憑實據？”
陳明在地上大叫冤枉，毛墩冷笑道：“有沒有憑據問長安府，冤不冤你問閻王吧。”
說著，一聲令下，十幾個人將陳明五花大綁帶了出去。一個月後，查陳明私通叛臣盧弧華並無實據，但有十八條不臣之罪，包括貪汙、瀆職等，判發往洪州充軍。時夫人殷氏早產一子，毛墩等卻緊追不放，華白億令整個長安城收捕其子以鋤後患，而夫人殷氏隻好將此子藏匿於化生寺中以待他日以雪奇冤。
富貴功名，前緣分定，為人切莫欺心。正大光明，忠良善果彌深。些些狂妄天加譴，眼前不遇待時臨。問東君因甚，如今禍害相侵。隻為心高圖罔極，不分上下亂規箴。
自古長安多富貴，自古長安多浮雲。有的時候，對很多人來說，長安是夢想實現的地方，但對大多數到長安的人來說，長安是夢想破碎的的地方。
今天，長安的陳明府門前來了一個老者，他看到門被封了，一副很著急的樣子，突然，從巷子口衝出十幾個人，將老者拿下，老者不斷高呼救命，那幾個人卻拳腳相加，打的老者滿地亂爬，圍了不少的路人，這時突然一道青光閃過，那十幾個人都倒地不起。