時間：2046年10月3日
事件：外星來客（文明消防員）
地點：紅霧區（後轉移至人類幸存者基地）
在第二次紅霧事件過去一年後，此時紅霧已經蔓延至全球90%的地區，人類文明岌岌可危。正在這時一艘外星飛船飛臨地球上空，人類開始向這艘飛船發出求救信號，但並沒有得到回應。三天後也就是10月6日，這是飛船派出一個小隊降落到地球，但他們並沒有飛往人類基地，而是落到了紅霧區。
這支小隊一共13人，他們帶著極為先進的武器裝備，紅霧之中隱藏的病毒無法進入他們的身體，而且變異後的怪物向他們發起攻擊時也被一一擊殺。他們最先來到紅霧爆發的地區-福島，他們的飛船檢測到這一地區強大的能量波動，因此派遣他們來這裏調查。
調查員來到福島後發現了一個巨大的血瘤，他們試圖與這個肉瘤進行交流，利用電磁波向它發出信號，但並沒有得到回應，不但如此，肉瘤中還跑出來大量變異怪獸，向調查員發起攻擊。調查員雖然掌握著先進的武器裝備，但在如潮水湧來的變異怪獸麵前，也隻能狼狽撤退，調查員一邊還擊一邊南下，利用小型飛船回到了母艦上。
回去後調查員向艦長報告了調查情況，現場召集全艦人員開會，會議討論是否對地球進行改造。
會議上調查員向可以船上的眾人展現了對地球紅霧區的調查結果，他們認為飛船應該派出軍隊對紅霧區進行清掃，現在紅霧區幾乎占領了整個地球，這個星球已經變成了受到重度汙染的行星，這一觀點遭到了艦船上大部分人的反對。他們認為飛船上沒有足夠的軍隊用來清掃紅霧，且作為文明消防員的責任，應當是幫助星球文明來消滅災難，最終是要依靠文明本身，直接介入星球文明事務，違反了文明消防員法則。最終，在艦長的建議下，飛船派出了12個小隊降臨人類文明幸存者基地。
第一小隊來到了華國，這是目前為止人口最多的幸存者基地。第一小隊受到了華國主席的接見，雙方進行了會談。
在會談中華國主席介紹了現在華國現狀，現在的華國依靠著機器人軍隊勉強阻擋著紅霧的侵襲，盡管紅霧在經過一年多的蔓延後速度已經大大放緩，但現在華國的處境依舊很危險。人口已不足原來的1\/10，領土麵積也大大縮水，大量工業城市被摧毀，幸存的人類，蝸居在三北地區，經過幾十年的建設，三北地區的生態環境大大改善，但依舊難以維係人類的生存。現階段主要軍隊集中在南方長城以及3三北林區一線，戰線過長，消耗過大，已經難以為繼。第一小隊代表表示可以幫助華國抵禦紅霧侵襲，但他希望能夠更加了解華國的軍備情況，主席答應了他的要求。
在南方長城一線，第一小隊代表看到了華國人民子弟兵全副武裝在與變異怪獸激戰，大量的機器人在輔助作戰，盡管變異怪獸人多勢眾，但在子弟兵和機器人的強力火力以及長城高聳的城牆下被多次擊退，同時三北林區抵擋住了紅霧的蔓延，是人類的感染率大幅度下降。盡管如此，華國所麵臨的形勢依舊嚴峻，照此形勢，華國極有可能在三年之敗亡。因此，第一小隊代表在做出會援助華國的承諾後，回去向母艦請求支援去了。盡管疑慮重重華國主席依舊選擇相信這些外星人，因為華國已經到了滅亡的邊緣。
在回到飛船後，第一小隊代表向艦長彙報了華國的情況，之後其他小隊也回到了飛船彙報了其餘地區的情況。這12個人類幸存區的情況不一，華國是情況最好的，這與三北林區的建設密不可分。而其他地區的情況就沒有這麼好了，尤其是距離源頭，最近的櫻花國，國土幾乎全部淪陷，隻剩下防禦嚴密的京都地區，每一天都有可能陷落。
意識到問題的嚴重性後，艦長開始組織作戰實驗室研究如何援助人類增強人類實力，而現在飛船上的裝備並不適合人類使用。
在結合地球現況以及人類基因序列組的情況下，作戰實驗室推出了外骨骼裝甲覺醒方案。這一方主要是利用基因藥劑覺醒人類自身潛能，便其達到防核防病毒以及高戰鬥力的作用，這一方案預計可以幫助人類在200年內保持文明火種，在十年後飛船燃料達到臨界點時，人類可以繼續抵抗變異怪獸。最終這一方全得到全體船員的通過，同時基於華國抵禦紅霧的經驗，作戰實驗室又推出了要塞計劃以及林區計劃，這兩個計劃是指導人類，快速構築要塞以及林區，達到長期防禦以及持久戰的效果。最終全飛船集中力量，製造了26台外骨骼裝甲覺醒儀器，由特戰小隊分批投往人類幸存區，同時大量要塞構築和林區建設方案圖紙，也被送往人類幸存區。
在之後的十年間人類構築了大量要塞，種植了大量防護林，外骨骼裝甲士兵也在戰爭中發揮了巨大的作用，但紅霧區也誕生的智慧生物，人類的命運依舊無法預測，但文明消防員的飛船燃料已經達到臨界值，他們隻能飛往母星去補充燃料。
在文明消防員離開後，建立了地球防禦聯合理事會，將全球分為12大戰區，抵禦紅霧入侵。