大明王朝真的已經到了風雨飄搖的地步。
李自成在潼關南原全軍覆沒，僅率十八人突圍，收拾殘部後，轉移到陝西南部的商洛山中，休養生息。這年年底，他為了重整旗鼓，帶了幾十名隨從，趕往穀城去會見張獻忠。這兩位同鄉戰友目前處境迥異，友情尚存。
張獻忠設宴款待。酒過三巡，他拍拍李自成的背，戲言道：“李兄，何不隨我而降，還仆仆奔走幹嘛？”
李自成仰麵大笑，連說：“不可，不可。”
此時此地兩人心照不宣，李自成知道張獻忠在穀城不過是權宜之計，並非真降，否則決不會冒失前來自投羅網；張獻忠明知李自成決不會隨他而降，開個玩笑而已。隨後就接濟他一批武器馬匹，讓他重整旗鼓，日後也好遙相聲援。
當時穀城縣的士紳親眼目睹李自成會見張獻忠後從容離去，埋怨熊文燦無能，沒有命令張獻忠生擒李自成將功贖罪。這種埋怨，都是不明底細的空話。熊文燦徒喚奈何，不可能“調度得宜”；張獻忠並非真降，不可能“縛闖自效”。
張獻忠任用秀才潘獨鼇、徐以顯為謀士，要他們講解孫吳兵法，打造三眼槍、狼牙棒、埋伏連弩，操練團營方陣、左右營法，日夜策劃有朝一日重舉義旗。穀城知縣阮之鈿目睹這一切，心中焦急，又無力幹預，隻好苦口婆心從旁勸說，要他走劉國能的道路，真心歸降，他可以擔保張獻忠不死，何必自蹈不義！遭到張獻忠一頓痛罵，阮之鈿從此憂憤成疾，料定將來不免一死——不是死於張獻忠之手，便是死於熊文燦之手，在穀城縣衙牆壁上題詩一首：
“讀盡聖賢書籍，成此浩然心性。勉哉殺身成仁，無負賢良方正。”
穀邑小臣阮之鈿拜闕恭辭從此就蝸居家中，不理政事。
湖廣巡撫餘應桂身臨其境，看得一清二楚，極力反對熊文燦的做法，寫信給熊文燦，提醒他：張獻忠必反，要他先下手為強。不料他的信使被張獻忠巡邏士兵俘虜，張獻忠馬上據此向鄖陽巡撫戴東旻告發：巡撫要殺我。熊文燦得知後，上疏彈劾餘應桂“破壞撫局”。楊嗣昌本來就對餘應桂先前曾經彈劾楊鶴心懷不滿，慫恿皇帝逮捕餘應桂。餘應桂被逮捕後，列舉許多證據，向朝廷說明張獻忠必反的種種跡象。朝廷不予理睬，把他充軍邊疆了事。
總兵左良玉也看出張獻忠“反跡大露”，多次催促熊文燦發兵襲擊。熊文燦搪塞說：他雖懷貳心，但尚未開釁；你雖敢戰鬥，但部眾未集。貿然出擊，其他受撫各部必然作出反應，得不償失。
等到熊文燦自己意識到形勢不妙——“張獻忠將複叛”，請求朝廷調集四川、陝西軍隊圍剿時，為時已晚。
崇禎十二年，張獻忠在穀城再度起義，摧毀城牆，搶劫倉庫，釋放囚犯。他在過去委曲求全，受到各級官僚敲詐勒索，起兵後，在通衢大道上張貼布告，公布索取賄賂的官員姓名、數量、日期，向當地人民宣布：自己的起兵是熊文燦逼出來的，指責總理熊文燦欲壑難填，勒索賄賂數以萬計。這一招，令熊文燦以及那些貪官汙吏們羞愧得無地自容。
熊文燦自知縱虎歸山，罪不容誅，連忙向朝廷推卸責任。兵科都給事中張縉彥向皇帝揭發：張獻忠包藏禍心，無論愚者賢者人盡皆知，熊文燦受他愚弄，不斷為他請官開賞，為他掩飾殺人越貨痕跡，有揭露其陰謀者，立即封口；不斷向朝廷謊報軍情，把明顯的反叛跡象說成是“反形未露”，欺蒙太甚。
崇禎恍然大悟，悔不當初，下令革去熊文燦所有官職，要他立功自贖。
草包熊文燦聽說左良玉要發兵追擊，故意走漏消息，並且強留左良玉為之餞行，拖延時間，使得張獻忠得以從容地把武器糧食運往房縣山中。接到皇帝命他“立功自贖”的聖旨後，知道自身難保，強令左良玉出兵。氣得左良玉大發雷霆：總理先是縱虎歸山，再命我擒拿，如不遵命，必定把逗留縱敵之罪強加於我。不得不貿然進攻，終於在房縣西八十裏的羅睺山遭到埋伏，全軍覆沒，軍符印信丟失殆盡，隻有幾百人突出重圍。一向驕橫跋扈的左良玉當然不願代熊文燦受過，向皇帝報告：熊文燦在張獻忠反跡已露時阻撓他出擊，縱虎歸山後又強令他冒險出擊，種種劣跡，和盤托出。崇禎下旨：逮捕熊文燦，左良玉戴罪自贖。