“宣諸臣近前來，聽朕麵諭。”
文武百官聽了宣召，無聲地走到欄杆前邊。勳戚、內閣輔臣和六部尚書靠近欄杆立定，其餘百官依次而立，班次不免稍亂。
禦史和鴻臚官股栗屏息，忘記糾儀。全體朝臣除寬大朝服的聲和極其輕微的靴底擦地聲，沒有任何別的聲音。崇禎向大家的低垂著的臉孔上看了看，沒有馬上說話。
剛才他的眼睛裏憤怒得好像要冒出火來，現在雖然怒氣未消，但多了些痛苦和憂鬱神色。他心中明白，之前他把反對自己定下國策的黃道周和葉廷秀行了廷杖，把另一個同樣反對自己製定國策劉宗周交刑部議罪，盡管他也看得出如今恭立在他麵前的文武百官大部分嚇得臉色灰白，連大氣兒也不敢出，但是他知道自己的雷霆之威並沒有懾服黃道周等三個人，也沒有贏得百官的誠心畏服。他從大家的神色上感覺到自己是孤立的，似乎多數文武還不能真明白他的苦衷。在平日上朝時他說話往往口氣威嚴，現在他忽然一反往常，用一種很少有的軟弱和自責的口氣說：
“自朕登極以來，內外交訌，兵連禍結，水旱臻，災異迭見。朕夙夜自思：皆朕不才，不能感發諸臣公忠為國之心；不智，不能明辨是非邪正，忠奸賢愚；不武，不能早日削平叛亂，登吾民於衽席。此皆朕之德薄能寡，處事不明，上負神明，下愧百姓，故‘皇天現異，以戒朕躬’！”
百官很少聽到皇上在上朝時說過責備自己的話，很多人都心中感動。但是大家也都明白他此刻如此，另一個時候就會完全變個樣兒，所以隻有一個朝臣向崇禎說幾句阿諛解勸的話，別人都不做聲。
崇禎喝了一口茶，又說道：“人心關係國運，故有時人心比天心更為可怕。有一等人，機詐存心，不能替君父分憂，專好黨同伐異，假公濟私。朝廷不得已才行一新政，他們全不替國家困難著想，百般阻撓，百般詆毀。像這等人，若論祖宗之法，當如何處？看來這賊寇卻是易治，衣冠之盜甚是難除。以後再有這等的，立置重典。諸臣各宜洗滌肺腸，消除異見，共修職掌，讚朕中興，同享太平之福。”
全體文武跪奏：“謹遵欽諭！”
崇禎叫大家起來，又戒諭他們不要受黃道周和劉宗周二人劫持，同他們一樣目無君父，誹謗朝廷，阻撓加征練餉，致幹重譴。最後，他問道：
“你們諸臣還有什麼話說？”
幾位閣臣趁機會跪下去為劉宗周求情，說他多年住在紹興蕺山蕺山——在紹興北郊，上有蕺山書院，為劉宗周講學地方。講學，隻是書生氣重，與黃道周原非一黨，請皇上對他寬宥。崇禎說：
“自從萬曆以來，士大夫多有利用講學以樹立黨羽與朝廷對抗，形成風氣，殊為可恨。這劉宗周多年在蕺山講學，是否也有結黨情形？”
一位閣臣奏道：“劉宗周雖在蕺山講學多年，天下學者尊為蕺山先生，尚未聞有結黨情形。”
崇禎想了想，說：“念他老耄昏聵，姑從諸先生之請，暫緩議罪。他身居都憲，對君父如此無禮，頓忘平生所學。著他好生回話。如仍不知罪，定要加重議處，決不寬容！”
他還要對葉廷秀的事說幾句話，但是剛剛開口，一陣狂風夾著稀疏的大雨點和冰雹，突然來到。五鳳樓上，雷電交加。一個炸雷將皇極門的鴟吻擊落，震得門窗亂動。那個叫做金台的禦座猛烈一晃，同時狂風將擎在禦座上的黃羅傘向後吹倒。崇禎的臉色一變，趕快站起，在太監們的簇擁中乘輦跑回乾清宮。群臣亂了班次，慌張地奔出午門。那威嚴肅穆的儀仗隊也在風、雨、冰雹、雷電中一哄跑散。
回到乾清宮以後，崇禎對於剛才雷震皇極門，動搖禦座，以及狂風吹倒黃羅傘這些偶然現象，都看做大不吉利。他的心情十分灰暗，沉重，隻好去奉先殿向祖宗的神靈祈禱。
劉宗周僥幸沒有交刑部議罪，回到家中。朝中的同僚、門生和故舊有不少怕事的，不敢前來探看；有的隻派家人拿拜帖來問問情況，表示關懷。但是親自來看他的人還是很多。這些人，一部分是激於義憤，對劉宗周懷著無限的景仰和同情，由義憤產生膽量；一部分是平日關係較密，打算來勸勸劉宗周，不要再觸動上怒，設法使這件事化凶為吉。劉宗周深知皇上多疑，耳目密伺甚嚴，對所有來看他的人一概不見，所有的拜帖一概退回，表示自己是戴罪之身，閉門省愆。