郭靖不知道怎樣尋找黃蓉。此後便與周伯通相伴，得他傳授絕技，背誦《九陰真經》秘笈。
一個月後，郭靖忽然收到黃蓉的飛鴿傳書，得知她被關在家中，而西毒即日就要為侄兒歐陽克前來下聘求婚。正當他一籌莫展之時，洪七公也來到桃花島替他做主。
黃藥師不想得罪兩個人，遂決定通過樂聲、輕功和背誦《九陰真經》三場比試來為女擇婚。
郭靖二比一贏得比賽。原本萬事大吉，老頑童卻不小心說出郭靖早已修習過《九陰真經》，黃藥師因為夫人之死耿耿於懷，對會九陰真經的人一定要斬盡殺絕，於是將眾人趕出桃花島。
哪知郭靖幾人坐的船在半路忽然進水，幾人被西毒歐陽鋒救起。
誰知，歐陽鋒暗算洪七公，逼老頑童跳海，要挾郭靖交出《九陰真經》。
郭靖在洪七公授意之下，將改寫的九陰經文交給歐陽鋒，大船在半路上失火，郭靖與歐陽鋒等人先後流落荒島，在島上遇到了從桃花島偷跑出的黃蓉。
歐陽克因為作惡被黃蓉用計壓在大石之下，致使雙腿殘廢。黃蓉在危急之時習得打狗棒，接替丐幫幫主之位。幾人先後離開荒島。
郭、黃離開荒島後，為了給洪七公尋找美食，來到皇宮，遇上來偷盜《武穆遺書》的歐陽鋒和金國衛士。
郭靖為保護《武穆遺書》的秘密，被歐陽鋒打成重傷，躲到曲靈風孤女傻姑處療傷。
在密室裏偷窺到黃藥師受歐陽鋒陷害，與全真七子結仇，梅超風為此喪命；楊康將意圖侮辱穆念慈的歐陽克打死，走時撿走了黃蓉遺落在此地的打狗棒。
郭靖傷好後，奉七公之命，和黃蓉一同趕往洞庭君山參加丐幫大會，不料卻遇楊康持打狗棒假冒幫主，兩人揭穿楊康詭計後往鐵掌幫尋找《武穆遺書》。
黃蓉被裘幹仞打成重傷，幸得已入佛門的“南帝”一燈大師救助才免一死，並化解了劉瑛姑、南帝和周伯通的一段孽緣。
兩人回到中原，卻從柯鎮惡口中得知朱聰等五人被東邪殺害，郭、黃兩人反目成仇。
八月十五煙雨樓之約到來，眾人被金國軍馬衝散，黃蓉用計套出了楊康與歐陽鋒殺害五怪、嫁禍黃藥師的陰謀，楊康欲殺黃蓉而誤中毒致死。
黃蓉為保護柯鎮惡，甘願為歐陽鋒抓走。
得知真相，郭靖四處尋訪黃蓉不得，卻遇鐵木真討伐花剌子模，遂請命出征，尋完顏洪烈報仇。
黃蓉從歐陽鋒手中逃脫，暗中指點郭靖攻城破敵，生擒完顏洪烈，終報殺父之仇。
歐陽鋒一路跟蹤到此，黃蓉始現身相見，通過帳中掘坑、水灌陷阱、冰峰孤立等妙計誘騙歐陽鋒，實現郭靖為保護黃蓉而立下的饒他三次不死的諾言。
後黃蓉因華箏產生誤會，再次出走時遇大漠風沙，郭靖追去時誤以為她已死。
鐵木真野心漸盛，遂生攻打南宋之心，郭靖不願領命，母子欲連夜逃離，卻因華箏泄密而被抓。
李萍自殺以成全兒子忠義。郭靖慘遭變逃離大漠，幸得丘處機啟發，去往華山參加論劍，在華山與大難不死的黃蓉重逢。
歐陽鋒因修煉錯寫的《九陰真經》神誌不清，卻奪得了第一。
黃蓉用計逼走歐陽鋒，華山論劍結束。
郭靖、黃蓉兩人拜別臨死的鐵木真，攜手而去。
《射雕英雄傳》至此完結。