六月，曼殊遷往小石川區久堅町《天義報》社，與劉師培、何震夫婦同住。先後發表其繪畫《女媧像》、《孤山圖》、《鄧太妙自治州秋思圖》、《江幹蕭寺圖》、《清秋弦月圖》等幅於《天義報》附刊。
此時，女弟子何震輯《曼殊畫譜》，河合氏為其題序，章太炎為其題跋，原擬與《梵文典》同時付印，未果。
曼殊在《天義報》還先後發表所撰《海哥美爾氏名畫讚》、《秋瑾遺詩序》、《畫譜自序》、《露伊斯美索爾遺像讚》等文。
九月，歸國，至上海，與陳去病同寓於愛而近路之“國學保存會”藏書樓。以童年時攝影贈陳去病，陳為題七絕一首：“正朔南天奉盛明，孤忠唯有鄭延平。百年更見田中嫗，一樣寧馨裹錦繃。”
十二月十日（陰曆十一月初六），複東渡，訪舊友張文渭於東京神田區之某下宿屋中。
是年出版《文學因緣》，由東渡博文館印刷，齊民社發行。
一九〇八年（光緒三十四年，戊申） 二十五歲
二月，寓橫濱神田區猿樂町清壽館；因患肝跳症，旋入橫濱醫院靜養。為高天梅繪就《萬梅圖》。寄贈相片與柳亞子。
三月，欲進真宗大學修習梵文，未果。每日讀拜倫詩以消遣。
五月，因章太炎、劉師培交惡，劉師培夫婦遷怒於曼殊，曼殊移居另一友人處。撰《嶺海幽光錄》於《民報》第二十號。
祖母林氏病卒於瀝溪鄉。
六月，譯成《娑羅海濱遁跡記》，發表於七八月《民報》第二十二、二十三號。
九月，回國，上海，寓虹口西華德路田中旅舘。中旬至杭州，寓西湖雷峰塔下白雲庵。旋寓韜光庵，夜深聞鵑聲，作《聽鵑圖》並詩一首寄劉三。詩雲：“劉三舊是多情種，浪跡煙波又一年，近日詩腸饒幾許，何妨伴我聽啼鵑。”月底，返上海。
十月七日（陰曆九月十三日），應楊仁山居士之約，至南京，任教於楊仁山為培養僧侶、研習佛學而開辦的“垣精舍”，主講梵文。主講佛經者為楊仁山，主講漢文者為李曉暾。“垣精舍”向鎮江、揚州諸大刹招收僧侶，教以梵文，學習二、三年後，再派往日本、印度留學，進一步研習梵章。曼殊對楊仁山是舉至為欽佩，認為：“今日謹保我佛餘光，如崦嵫落日者，惟仁老一人而已。”（戊申九月十七日《與劉三書》）印度法護等者達摩波羅致楊仁山書二通，受托翻譯為華文。
其間，白零大學教授法蘭居士來訪，談翻譯之事，並囑購《法苑珠林》，以版久蠧蝕，無以應求。（見曼殊《拜倫詩選自序》。但文末誤記為“光緒三十二年”，此時尚未開辦“垣精舍”。）
十一月，往返於上海南京之間。適劉師培夫婦返國至上海，仍與交往。
十二月十日（陰曆十一月十七日），病臥於“垣精舍”，楊仁山居士為說秦淮馬湘蘭證果事。
一九〇九年（宣統元年，己酉） 二十六歲
元月二日（陰曆戊申年十二月十一日），東渡日本，至東京，與張卓身、沈兼士、羅黑芷同寓小石川，顏所居之門曰“智度寺”，以譯拜倫詩為樂事。
四月，繪《文姬圖》，托章太炎轉寄劉三。
五月，任日本梵學會譯師。患腦病，仍每日午前赴梵學會為印度婆羅門僧傳譯二時半。與印度梵文師彌君交遊，原有共同翻譯印度詩聖迦梨達奢之長篇敘事詩《雲使》之擬，因腦病擱置。
譯拜倫詩脫稿，並得陳獨秀校正。
六月，侍義母河合仙居逗子海濱。
九月，回國，抵上海，晤蔡哲夫，識英領事佛萊蔗。佛萊蔗為曼殊題畫冊。旋赴杭州西湖視劉三，再寓白雲庵。適劉師培變節，革命黨人有疑曼殊囿於感情而合汙者，投函警告。曼殊立即離杭州赴滬，以示清白。劉三作詩慰之：“幹卿緣底事，翻笑黠成癡。”