而同時的新幹線上，柯南還在四處找炸彈，當然，炸彈已經被琴酒處理了，但是柯南又不知道，所以，他又幹出來好幾件熊孩子才會做的事。
柯南，步美，光彥和元太一起亂動別人的箱子，害得毛利蘭跟在他們幾個身後滿臉通紅的道歉，藤原清江和琴酒看見了。
藤原清江靠在琴酒肩膀上，說“這個女孩是不是有些太好欺負了。我記得她母親是那個有名的律師妃英理吧。”
琴酒冷漠的說，“蠢貨一個。”
毛利蘭道完歉後，正在訓斥柯南幾個人的時候，但是柯南的心思並不在這裏，而是繼續想著炸彈。突然，他想明白了。
在七號車二樓是靠海的，看不到富士山，能看到富士山的地方隻有餐車，那個剛才告訴柯南自己在車廂裏看見富士山的女士是在為隱瞞自己的交易說謊，她去過餐車，並且她箱子裏裝的就是炸彈。
筆記本電腦和隨身聽要按下特定的鍵或按鈕是不可能的，如果是號碼，指定號碼或時間是可能的。
柯南立刻跑過去，絲毫不理會毛利蘭在身後的呼叫，他跑到那個女士身邊，利用阿笠博士送給他的超能鞋子，一腳將手提箱踢出了新幹線，將新幹線踢了一個大洞。
新幹線上的幾個工作人員跑過來，驚訝又生氣的看著柯南。
柯南隻好說“那個手提箱裏是炸彈。”
其中一個工作人員生氣的質問，“小朋友，你怎麼知道那個箱子裏麵是炸彈，我們並沒有聽到爆炸聲，反而是你，將新幹線踢了這麼一個大洞出來，你的家長呢！”
毛利蘭這個時候跑了過來，氣喘籲籲的向著新幹線上的工作人員道歉，“真是抱歉，是這個孩子無禮了。”
工作人員看著毛利蘭，緩了一下，說“這位小姐，看你的樣子還沒有成年吧，你的家長呢，我們需要談一下賠償的問題。”
這時，毛利小五郎走了過來，“這位先生，你好，我是毛利小五郎。”
工作人員轉身看著毛利小五郎，“你是毛利偵探？不過不管你是誰，現在我們需要談一下賠償的問題。
這個小朋友將新幹線踢了這麼大一個洞，至少需要賠償我們新幹線一億日元。準確的賠償金你們需要與藤原財團去談了。”
原來新幹線的主要投資人就是藤原財團。
毛利小五郎十分驚訝的看著工作人員，就在這個時候，那個手提箱的擁有者的那位女士氣勢洶洶的走過來，“你是這個小鬼家長嗎！賠錢，那個箱子裏是我花了一億日元買到的關於黃金的東西。”
毛利小五郎驚訝的嘴都要收不住了，黑著臉錘了柯南一拳，因為現在最少要賠償兩億日元了，而且現在新幹線破損，隻能被迫停下，車上這麼多人的賠償又是一筆大開銷。
柯南堅持箱子裏是炸彈，要求報警。目暮警官到來後，什麼都沒有檢查出來，就連柯南看見的那兩個黑衣男子都沒有找到蹤跡，當然找不到了，因為那兩個黑衣人現在在黑櫻桃的研究室裏當實驗體。
而藤原清江和琴酒早在新幹線停下之前就已經下車離開了。
——一天後——
藤原清江接到藤原財團副總的電話，詢問新幹線的賠償金。
“兩億元，一分都不能少。”藤原清江對著電話那頭冷漠的說。
整個新幹線事件，柯南一共被要求賠償四億日元，兩億的新幹線，一億的那位女士，一億是因為他的行為被耽誤了時間和行程的新幹線上的乘客們。
最後的結果就是，柯南隻能拜托阿笠博士給自己遠在美國父母工藤優作和工藤有希子打電話。
整個賠償下來，工藤夫婦將自己這麼多年的錢都幾乎全部賠了出去，隻剩下東京米花鎮的工藤宅和美國的一個小公寓。
並且毛利蘭也被妃英理接走了，原因就是妃英理對著毛利小五郎說“小蘭才16歲，就像個老媽子一樣照顧你，現在還要照顧這個小鬼，絕對不可以，我要將小蘭接走生活。”
毛利小五郎被迫學著自己照顧自己，好幾次下廚將自己吃進了醫院，最後毛利蘭還是搬回了毛利偵探事務所照顧毛利小五郎。