初五日，淩晨，天聰汗皇太極從錦州撤軍。後金兵在這次寧錦大戰中損失三千多人，皇太極麵對父汗努爾哈赤在《清太祖武皇帝實錄》中的遺訓：“至於攻城，當觀其勢，勢可下，則令兵攻之，否則勿攻。倘攻之不拔而回，反辱名矣！”痛定思痛，皇太極發誓要扳回一局。在失敗中，皇太極得出兩個結論：
1、要建立自己的炮兵部隊，高科技是部隊強大的基礎，雖然人還是決定一場戰爭勝負的主要因素，但先進的軍事裝備和軍事科學技術同樣不能忽視，寧遠、寧錦戰役的失利，和明軍的火器強大有很大的關係。
2、是要除掉袁崇煥，這個小白臉是麻煩，無論用什麼辦法，必須幹掉他。對！還有那個討厭的毛文龍。
初六日，遼東巡撫袁崇煥上《錦州報捷疏》：寧錦大捷。既然是大捷，肯定要大賞，寧錦之戰後，當時朝廷論功行賞，受賞者數百人，此戰功勞最大當然是－－－－魏忠賢。什麼？我們我沒聽錯吧！沒錯寧錦大捷全靠魏千歲調度有方，其中魏忠賢的義子亦因此封侯，然而袁崇煥隻升一級。不公平！不公平！是不公平？但袁崇煥同誌你想一想真是寧錦大捷嗎？皇太極率軍遊走於錦州、寧遠兩城200多裏的地區，將兩城之間所有能搬走的東西全部搬走，說攻就攻，說撤就撤，將戰場的主動權，牢牢地掌握在自己手中。此次戰役，後金攻下遼西二十座堡壘中的十七座（除了錦州堡、寧遠堡、大福堡），搶割了明軍數千頃軍屯糧食，把二萬多關寧軍抓回去做了包衣（僅大淩河一城就有四千關寧軍不戰而降）。六月五日，後金撤軍，還留下包衣奴才在寧遠城外收割明軍的秋糧，而袁崇煥還嚴令關寧軍不得出城一步，總兵滿桂違抗袁令出城斬首二百具。袁崇煥竟然自稱寧錦大捷。戰後袁崇煥與滿桂爭軍功，導致兩人發生矛盾。後滿桂入京麵見明熹宗皇帝稟明寧錦戰役實情，得知真相的眾臣也紛紛彈劾袁崇煥。袁崇煥於七月一日不得不上“乞休疏”，以有病為由申請辭官回籍調理，明熹宗允之。任命王之臣代為督師兼遼東巡撫，滿桂鎮守寧遠。
有病的不是袁崇煥，而是朱由校，這位在位7年皇帝，一次在宮中西苑乘船遊玩時，不小心跌入水中，雖被人救起，但落下了病根，多方醫治無效，尚書霍維華進獻一種“仙藥”，名叫靈露飲，說服後能立竿見影，健身長壽。熹宗一喝果然清甜可口，便日日服用。誰知飲用幾個月後，竟得了臌脹病，渾身水腫，臥床不起了，在袁崇煥辭職後回家養病的一個月後，他就駕鶴西去了，終年隻有23歲。死了也好，熹宗整日沉浸在木工活之中，重用魏閹，而魏閹當權，殘酷地排除異己，民不聊生，政治極度黑暗，這時，國內爆發了明末農民大起義，山海關外，後金政權步步進逼，明王朝現在已是山雨欲來風滿樓。朱由校沒有兒子，也不是沒有，隻是都夭折了，能繼承皇位的隻有他的親弟弟朱由檢了，其他兄弟也都夭亡了，臨死前，天啟帝還把朱由檢叫來，說了他的遺言，主要有兩件事，第一件事是要他弟弟做一位堯舜之君，而第二件事就是希望他能善待皇後、繼續重用魏忠賢。很可笑？不，一點也不可笑，當時魏閹就在天啟帝床邊跪著，痛哭流涕。當朱由校死後，魏閹先不忙發喪，他先和手下商量，要不要造反？他的手下崔呈秀雖然對他是忠心耿耿，但這種天打雷劈的事，崔呈秀是絕對做不出來的，不管怎麼說他也是受孔孟之道教育出來的知識分子。他就跟魏閹說，恐怕時機未到。魏閹不明白啊！崔呈秀接著說，恐怕外麵有義兵。於是魏閹明白了，自己沒民心、沒軍隊啊！造反是行不通的。