我們來看看袁督師給毛文龍定下12條死罪，
1.惟汝之鎮主毛文龍不良，曆年所為俱幹國法。如兵戎重任，祖製非五府官不領兵，即專征於外，必請文臣為監。文龍夜郎自雄，專製一方，九年以來，兵馬錢糧不受經、撫管核，專恣孰甚，一當斬。關於這問題我想說,沒有文職監管，不關毛文龍的事，沒有文職是朝廷人事安排的事，再說東江根據地是毛文龍帶兩百個家丁開創出來，深入敵後戰鬥，朝不保夕。專製一方是事實，軍馬錢糧不受核不是事實，朝廷先後數次查核毛文龍的兵馬，就在崇禎元年才核查過一次，隻是毛文龍部打的是遊擊戰，人員分的比較散，人數核了幾次，也沒搞清毛文龍到底有多少人馬，毛文龍自稱擁兵二千餘萬，也有冒領軍餉之嫌，但天啟帝和崇禎都曾有過旨意，對毛文龍糧餉從寬，崇禎皇帝就群臣批評毛文龍虛冒軍餉一事批示道：“遼東人民到海島避難，拿起鋤頭就是民，穿上盜甲就是兵，與內地的情況有所不同，毛文龍隻管好好幹，幹出成績，誰還能拿冒餉說事！”另外，前麵我們講過，賜楊鎬尚方劍時是總兵以下的官你看著辦。就是說即便擁有尚方寶劍但要殺三品以上大員也必須上報朝廷，毛文龍官居一品拜左都督、總兵、而且他是手中也有尚方寶劍的節將，別說是殺，要節製都需要中央協調，而節將殺節將更是明朝幾百年來從未有過的事情。崇禎讓袁崇煥主政遼東是分別收回了王之臣和滿桂的尚方寶劍，但卻沒有收回毛文龍的。換句話說這就是不讓袁崇煥幹預東江鎮的事情。
2.人臣最莫大於說誑欺君。文龍自開鎮來，一切奏報，有一事一語核實否？捕零夷、殺降夷、殺難民，全無征戰，卻報首功。劉興祚忠順奔來，止二十餘人，而曰率數百眾當陣捉降，欺誑疏甚，二當斬；
應該說毛文龍卻有冒功的行為，但在戰場冒領戰功的是多如牛毛，數不勝數，而且很多時候，根本不知道這個戰功是不是冒領，但是有一點的是肯定的：毛文龍的戰功大多是袁大人清點的，兵部核準才確認，若毛文龍“盡欺罔”而冒功，那袁大人也難脫其咎！至少是要負領導責任。
3.人臣不宜犯無將之戒，文龍剛腹撒潑，無人臣禮。前後章疏，具在禦前。近且有“牧馬登州、取南京如反掌”等語。據登萊道申報，豈堪聽聞？大臣不道，三當斬；
這是事實，毛文龍自視很高，有點唯我獨尊的味道，但是這也當斬，那嶽飛同誌死的一點不怨。因為嶽飛32歲當上節度使時，一高興說了句：太祖也是32歲當節度使的。自比為太祖，大逆不道，當斬！說說而已，沒必要當真的，像毛文龍這種粗人，嘴上沒有把門的，也就是圖個嘴快活。
4.每歲餉銀數十萬，不以給兵，月止散米三鬥又半，侵盜軍糧，四當斬；
這條就比較好笑了，袁崇煥出關以後請求崇禎東江的軍餉由他來發，崇禎同意了。可袁崇煥一上台就扣了東江八個月的糧餉，餓得東江鎮將士前胸貼後背，最後袁崇煥隻按照二萬八千人給毛文龍糧餉，這個數字還不及前幾次朝廷查核毛文龍兵力時一個島的數字，等袁大人殺了毛帥以後自己清點發現確實遠不止“二萬八”，於是袁大人接管東江以後軍餉不降反增
5.擅開馬市於皮島，私通外番，五當斬；
這個也是事實，毛帥有水師海船，也作海上貿易，因為就朝廷那點軍餉根本不夠，毛文龍從天啟元年（1621年）到敵後開創東江鎮，在天啟五年（1625年）前總共才領了內帑銀子5萬兩作軍餉，而袁崇煥一出關就有480萬遼餉、米180萬，另發內帑120萬、鎧甲40萬具，紅夷大炮10門，其他弓箭軍械無數，但是不否認的是由於毛文龍擅開馬市，使得後金的經濟度過難關。