得知戰敗的消息，崇禎帝十分震驚，派遣禮部侍郎徐光啟前去致祭，追贈滿桂為少師，世襲錦衣僉事，世襲官職升三級，予以厚葬，命人給他建立祠堂。
皇太極打敗滿桂以後，其手下紛紛要求趁勝追擊攻打京師。皇太極笑著說：“城中癡兒，取之若反掌耳。但其疆圉(域)尚強，非旦夕可潰者，得之易，守之難，不若簡兵練旅，以待天命可也。”gTmUK
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4e(9@OLP皇太極這時選擇了撤兵，很多人很奇怪，皇太極已知袁崇煥下獄、滿桂戰死、祖大壽退兵，為什麼不一鼓作氣打下北京城？理由其實很簡單：
1、雖然取得勝利，但後金軍也死傷慘重。
2、與皇太極交戰的都是外地來的各路援軍，北京城裏的6萬大軍還沒動。
3、全國各地的勤王之師正在源源不斷地開來。
4、皇太極自己也沒有準備好，打下北京，怎麼辦？按伐大樹的理論，應該是先伐枝葉的，現在枝葉未動，先伐主杆了，就算皇太極將主杆伐倒了，他有能力統治這塊土地嗎？占領北京的條件還不成熟。
5、皇太極此戰的戰略目的已經達到，千裏偷襲,兵臨北京城，給了明朝極大的震撼和動搖，牽動了明朝的全部防線，極大消耗了明朝的國力，動搖了明朝的統治基礎，民心也變得惶惶不安起來。
6、皇太極心裏還有一個想法，從山海關裏麵拿下山海關，粉碎關寧防線，打通遼西走廊。
就當是一次軍演吧！皇太極撤了。當然撤之前，皇太極還是要狠狠撈一把的，難得來一趟，不容易，皇太極洗劫了京畿、京東地區，沿途又將永平、遵化、灤州、遷安攬入囊中，留下阿巴泰駐守，皇太極千叮嚀萬囑咐，一定要守住這四城，這是我們以後進攻明朝的基地，1630年二月皇太極率後金主力回到遼陽。
北京保衛戰勝利了，由於袁崇煥在獄中候審，1629年十二月崇禎任命孫承宗赴山海關督理軍務。老將出馬，一個頂倆，孫承宗上來就收複了建昌營，打通了與朝廷和西路軍馬世龍部的聯係。三月祖大壽又獲“雙望之捷”。崇禎三年（1630年）五月，孫承宗趁後金二貝勒阿敏、貝勒碩托領兵5000餘入關與駐灤州、水平、遷安、遵化四城的阿巴泰換防之機，率祖大壽、馬世龍統兵圍攻灤州。阿敏在永平得知灤州被圍，立即派大將巴都禮領兵數百赴援。明軍將巴都禮所率援軍殲滅後，用紅夷大炮轟擊灤州城，後金守將納穆泰（揚古利的弟弟）堅守了四天四夜後，於十二日夜棄城奔赴永平，途中又遭明軍馬世龍截擊，損失將士400餘人。阿敏連續受挫，被迫全線撤退，返回盛京。明軍收複灤州等四城。在遼東將領中，祖大壽是營救袁崇煥最力一個，他甚至請求削職為民，以自己的官階贈蔭換取袁督師性命。有朋似祖大壽，袁崇煥你這一生也值了!
袁崇煥被逮捕後，朝廷上下，京城內外，圍繞袁崇煥案一場大政治鬥爭開始了。有兩位禦史高捷、史褷率先跳了出來，借袁崇煥之事攻擊閣臣錢龍錫。這兩位禦史，本是閹黨，在被起用時，錢龍錫曾竭力反對。他們說袁崇煥斬殺毛文龍，與後金議和都是錢龍錫幕後指使的，祖大壽退兵也是被錢龍錫所激，要求皇帝治其罪。最後滿腹委屈的錢龍錫稱病辭職不幹了。
由於錢龍錫辭職，崇禎帝便命禮部右侍郎周延儒任禮部尚書兼東閣大學士，入直文淵閣。不久再命何如寵、錢象坤並為禮部尚書兼東閣大學士，入直文淵閣。到崇禎三年(1630)正月，中書舍人原抱奇又跳出來攻擊首輔韓鑛，說韓鑛是無能之輩，又是袁崇煥的座主。韓鑛的門生左庶子丁進和、工部主事李逢申也反戈一擊，攻擊韓鑛。韓鑛心灰意冷，也辭職不幹了。二月，都察院左都禦史曹於汴，被迫辭職。三月，首輔李標即任不到兩個月，也辭職了。這之後，崇禎帝過了段清靜的日子。逾期一月的“春講”於三月十二日在文華殿開講了。這活動一直進行了近三個月，至六月初才結束。
這期間周延儒逐步開始把持朝政。六月，溫體仁與吳宗達一起被任命為禮部尚書兼東閣大學士。周延儒是個大奸臣，溫體仁比他更奸更壞，是小人中的小人，《明史》也將其列入奸臣。