莽古濟、額駙瑣諾木、屯布祿、愛巴禮以及莽古爾泰王府、德格類王府所有家人全部捕獲，押入大牢。最後的處理結果是，莽古濟公主淩遲處決，莽古爾泰長子額必倫處死，其餘五子黜為庶人，給其他王爺為奴使喚。屯布祿、愛巴禮兩人及其所有親支兄弟、子侄全部被淩遲。額駙瑣諾木，因為事先向皇太極暗示，所以免罪恩養。
冷僧機舉報有功，將屯布祿、愛巴禮兩家家產全部給他，作為獎勵。並給了他一個三等甲喇章京的世職，世襲罔替，與此同時還免去了他的各種貢賦。皇太極為杜絕後患將正藍旗建製取消，屬員分別編入正、鑲兩黃旗，“八旗”一時成了“七旗”。但時隔不久，皇太極又將正藍旗恢複。史料記載，此案共處決涉案人員一千餘人。
行刑前，皇太極還特地派人前往福陵，向**哈赤靈位報告此事，又到九門附近的“先汗宮”向先汗的兩位遺妃報告。
大淩河的失守，又引起了明廷內部的內亂，孫承宗是連疏引疾求退。崇禎帝為平息朝議，準其歸籍，孫承宗第二次被排擠下台。孫承宗的下台，東林黨在朝廷最後一點力量也已經消失殆盡。孫承宗回家之後，開始埋頭創作《督師全書》、《古今中官誌》、《高陽集》等，閑暇與鹿善繼、孫奇逢等人切磋學問，同時教育子孫，幫助村民脫貧致富，過起了寄情山水的休閑生活。
皇太極並不是窮兵黷武的人，從他屢次與明議和可以看出，他此時是滿足四足鼎立的局麵的，天聰五年以後，皇太極把主要精力放在經濟建設上，皇太極提出：“田疇廬舍，民生攸賴，勸農講武，國之大經”，前麵我們說過皇太極在後金是個有文化的人，他對知識分子政策我總結了三句話“吸引人才、培養人才、重用人才”。
吸引人才，祖大壽、張春就是例子。
培養人才，天聰三年皇太極提出“以武功戡亂，以文教佐太平”，並在當年進行考試，選取了滿、漢、蒙古生員二百人。之後又舉行了三次，後金政權下在野的知識份子，幾乎全部被皇太極拉到統治階層中來。他規定從天聰六年起，凡貝勒大臣子弟年十五以下，八歲以上，全部要去讀書。**哈赤時代創造的滿文無圈點，極易弄錯，皇太極命巴克什達海酌加圈點，大大方便了學習。
天聰三年(1629年)，清太宗皇太極設立了文館，分為二個部，一部由達海及剛林、蘇明、顧爾馬琿、托布戚翻譯漢文書籍；另一部由庫爾纏、吳巴升、查素喀、胡球、詹霸記注國家政要，達海就是文館的總領袖，在己巳之變之後，皇太極撤離北京前修書兩封，表達與明朝議和的意願和對袁崇煥的仇恨，一封放置德勝門外，一封放置安定門外，就是出自達海之筆。由於皇太極非常重視吸收漢族的先進文化，達海也是如魚得水，至天聰六年七月達海逝世時，經他手已翻譯成帙的漢籍有《刑部會典》、《素書》、《三略》、《萬寶全書》，及正在翻譯中的《資治通鑒》、《六韜》、《孟子》、《三國誌》等。
後來皇太極命達海之子繼續學習漢書。天聰九年後金的文館諸臣翻譯了遼金宋元四代史書。皇太極先知卓見地認識到文化作為一種精神力量，能夠在人們認識世界、改造世界的過程中轉化為物質力量，對社會發展產生深刻的影響，這種影響不僅表現在個人的成長過程中，而且表現在民族和國家的曆史中。明朝雖然在軍事上被後金打敗了，但明朝的文化內涵在皇太極看來就是巨人的肩膀，站上去就會海闊天空。
重用人才。天聰九年（1635年），皇太極麵向全國下達了不拘一格網羅天下英才的《薦賢詔》：“朕惟圖治以人才為本，人臣以薦賢為要。爾滿、漢、蒙古各官果有深知灼見之人，即當悉行舉薦。所舉之人，無論舊歸新附，及己仕未仕，但有居心公正、克服任使者，即呈送吏部；有通曉文藝，居心公正、足備任使者，即呈送禮部。該部貝勒奏聞，朕將量才錄用。天下才全德備之人，實不易得。但能公忠任事者，其速行舉薦。”
在皇太極的眼裏，人才的標準就是“賢”，出身、民族都是不問題，隻要是德才兼備、忠君愛國重的都委以重任。這裏最典型的例子就是他對範文程的使用。範文程文韜武略，有蕭何張良之才。皇太極對範文程是特別器重和信任，任命他為內秘書院太學士、進世職二等甲喇章京，凡事都注意充分發揮他的聰明才幹：官員議政方案，征求他的意見；議政不決，和他商量；範文程參與議決的事情一律簽署批準；範文程生病，不能來上班了怎麼辦？那就等！重大問題等待他裁決；範文程起草的重要文書後來他幹脆不看了，他對範文程說，你不會有什麼差錯的，我絕對放心。
在當時的曆史背景條件下皇太極重視人才，重用人才，敢於大膽使用漢人，其勇氣、膽識、胸襟、魄力、氣度令人歎為觀止。曹操有一首著名的詩《短歌行》，其中有兩句：山不厭高，海不厭深。周公吐輔、天下歸心。意思是說，山不會滿足它現有的高度，海也不會滿足它現有的深廣，正像我一樣，我也不會滿足於現狀，我要像周公那樣，一飯而三吐哺，尊重人才，愛惜人才，將更多的人才吸收到我的身邊來。這方麵皇太極可以說是曹操的衣缽傳人。