元朝統治者對漢人、南人在政治上實行多方麵的防範和控製。中央或地方官吏，其長則蒙古人為之，而漢人、南人貳焉（《元史》卷85《百官誌》一）。掌樞密院實權的知樞密院事及同知樞密院事，終元之世，無一漢人擔任。禦史大夫(禦史台的最高官員)這一權力也從未落入漢族地主官僚之手，所謂台端非國姓不授。至正六年拜為禦史大夫的漢人賀惟一也是在賜予蒙古姓而改其名後，才擔任此職的。聖大二年(1309年)，朝廷重申：諸王分地內的各州縣，凡改換蒙古姓名的漢人、契丹人、女真人，就能當達魯花赤的做法，今後一律禁止。達魯花赤必須由蒙古人擔任，若蒙古人中無此種人才，可從色目人中選用。路、府、州、縣執掌實際權力的達魯花赤，唯蒙古人、色目人才能擔任。至元二年規定，以蒙古人充各路達魯花赤，漢人充總管，回回人充同知，永為定製（《元史》卷6《世祖紀》三）。延佑三年(1316年)，朝廷再次規定：凡漢人當了達魯花赤一職者，一經發現，追回任命書，此人永不敘用（《元典章》卷9《吏部?投下》《有姓達魯花赤追奪不敘》）。而條件艱苦，氣候惡劣，蒙古人不願去和不敢去赴任達魯花赤一職時，才讓漢人去充當。如至元二十五年十月，湖廣省的左、右江口溪澗蠻僚，置四總管府，統州、縣、洞百六十，而所調官畏憚瘴癘，多不敢赴，請以漢人為達魯花赤，軍官為民職，雜土人用之‘（《元史o世祖紀》）。蒙古統治者則予以首肯。
元朝統一中國後，罷廢科舉，基本堵塞了漢族地主知識分子入仕之途，直到仁宗皇慶二年(1313年)，科舉才開始恢複。但蒙古統治者在考選人才上又製造了種種民族不平等：考試科目中，蒙古、色目人僅考兩場，漢人、南人則需考三場；錄取名額，四種人的錄取名額雖然數目相同，但從人口比例上差距相當懸殊。以致有人歎曰：如何窮巷士，埋首書卷間；年年去射箭，臨老猶儒冠！（陳高《感興詩》）
元朝統治者的軍事震懾更是明顯。早在元朝建立之前，蒙古統治者於諸要衝之地，設兵鎮戍。全國統一後，忽必烈命宗王將兵鎮守邊徼襟喉之地。河洛、山東一帶為天下腹心之地，以蒙古、探馬赤軍列大府以屯駐之。江、淮以南，直到南海之地的名藩列郡，以漢軍及新附軍戍守（《元史》卷99《兵誌》二）。至於那些在統治者心目中認為特別重要的地方，更是派重兵駐守，如江南自歸州(今湖北秭歸南)、江陰至三海口(長江口)一線，至元十九年(1282年)二月分兵戍守，置28所之多（《元史》卷12《世祖紀》九）。揚州、建康、鎮江，跨據大江，人民繁會，至元二十七年(1290年)置七萬戶府。杭州為行省諸司府庫所在地，置四萬戶府。瀕海沿江的要害地區都駐有水軍，原設10所，後增為22所。錢塘江口原來停泊戰艦20艘，後增為100艘；並加海船20艘（《元史?兵誌》）。為了維持鎮戍軍的給養，元朝在全國範圍內實行屯田，以資軍餉，因此形成了天下無不可屯之兵，無不可耕之地（《元史》卷100《兵誌?屯田》三）的局麵。和林便是當時著名的邊遠地區屯田中心之一，中原和江南更為甚之。
尤其在大元末期，為防止各族人民的反抗，元朝統治者大肆搜刮民間兵器。禁止漢人持有兵器；漢人、南人民戶所有的鐵尺、鐵骨朵、帶刀子的鐵柱杖，概皆沒收（《元史》卷105《刑法誌》四；《元典章》卷35《禁遞鋪鐵尺手杖》）；民間各廟宇中供神用的鞭、筒、槍、刀、弓箭、鑼鼓、斧、鉞等物，也均在被禁用之列（《通製條格》卷27《供神軍器》）；就連農家生產上用的鐵禾叉也嚴以禁用（《禁約軍器》）。至元五年規定：私藏全副鎧甲者處死；不成副的鎧甲，私藏者杖五十七；私藏槍或刀弩者夠十件之數的處死；私藏弓箭十副者處死(每副弓一張，箭三十隻)。至元二十二年(1285年)五月，將漢地及江南所拘弓箭兵器分為三等，下等的銷毀，中等的賜近居蒙古人，上等的貯於庫，歸當地行省、行院、行台執掌。如無上述機構設置的地方，則歸達魯花赤、畏吾兒、回回居職的執掌。漢人、新附人雖居職者無有所予（（《達魯花赤提調軍器庫》）。對色目人的軍器，有時亦加以拘禁。