道濟用伸腿瞪眼丸救活住持等人，而這時來了一大批官差。原來，金兵已經和南宋開戰，南宋為了擴大兵數，下令讓臨安內的所有寺廟裏的和尚全都還俗充軍，年紀大的住持也在劫難逃。道濟擔心眾人的安危，讓白雪暗中保護他們。
道濟在靈隱寺中，打暈了趙斌後，帶著靈禪子趕奔龍虎山。少了兩位仙童的幫助，二人又要打乾坤洞主以及大鵬鳥自然支持不住。就在這千鈞一發的時刻，伏虎等17羅漢趕到。乾坤洞主被降龍一掌擊中要害，打成原形（原來乾坤洞主是幾千年前被降龍一掌打成重傷的昆侖石怪）。就在乾坤洞主被打敗的時候，大鵬鳥見機不妙就逃了。綠姬也要逃，但是被靈禪子發現，將其打掉了根基。
而此時的陳亮已經成了一個陰靈，如來佛祖趕到，將陳亮與已經被打的不成樣的遺體結合，使陳亮複活。他並對降龍說，大鵬鳥如今還沒抓到，說明降龍在人間的使命還沒完成，要繼續留在人間，化解糾紛，懲惡揚善。
最後，南宋敗給金兵，並向金稱臣,靈隱寺的眾人也再次回到靈隱寺。
女媧補天所提煉的五彩神石共三萬六千五百塊，流落到世間的有兩塊，一塊落在傲來國花果山，另一塊則落在中原昆侖山。大家都知道，花果山上的那塊經過風吹日曬終於裂開了，蹦出來了一個石猴，就是以後大鬧天宮的齊天大聖。那麼，另外的一塊呢？原來，在昆侖山上有一個得道高僧，法號一真。一真和尚心術不正，從不吃齋念佛，隻是一昧的研究邪門歪道的法術，而這時，一真和尚正在山上練功，用法力打周圍的石頭。他在不經意間打到了，這塊石頭，把石頭打裂了，從裏麵出來了一個怪人。這個怪人長的就好比是一塊一塊的石頭拚接而成的，他自稱“昆侖石怪”。“昆侖石怪”打死一真後，就在昆侖山修煉，到後來禍害人間，被佛祖坐下的降龍羅漢一掌打死後，靈魂跑到乾坤洞繼續修煉邪功，還寫下了一本《乾坤大法》。身受重傷的大鵬鳥在《乾坤大法》的幫助下，身體逐漸恢複。
依靠《乾坤大法》恢複體力的大鵬鳥已經康複，並且向道濟下戰書，要與道濟在黑龍嶺一決雌雄。
道濟、趙斌、陳亮、必清、廣亮、必安、白靈、白雪等都一同前往黑龍嶺。
降龍、靈禪子、胖瘦仙童、白靈、白雪、合力打大鵬鳥，隨後十七羅漢趕到，眾人（除去陳亮和必安），也拿不住大鵬鳥。相反，大鵬鳥也拿不了眾人。
就在此時“胭脂”（假的，是大鵬鳥的障眼法。由陳紫函客串演出）趕到，降龍注意力分散。結果，被大鵬鳥打落在地，口吐鮮血。導致法力全失。
大鵬鳥見自己也不占優勢，便離眾人而去。
後來，十七羅漢回去求佛祖救道濟，佛祖說，道濟還沒有完全脫離感情，想恢複法力的話，必須到峨眉山經過重重難關，拿到降魔劍，這樣，才能恢複法力，並且脫離情海。
後來，道濟去闖關，順利通過後，經過峨眉仙翁的指點，才拿到降魔劍。（小沈陽客串峨眉仙翁）
道濟拿著降魔劍再次與大鵬鳥決鬥，結果，大鵬鳥被道濟收服。
白雪被封為地仙，白靈與陳亮隱居山林……
而在電視劇最後的一刻，卻聽見了“乾坤洞主”的笑聲並說：“降龍，我兩次命栽你手，這次，我要回家吃飯。”
可以說，《活佛3》更加精彩，至於想看，隻能等明年暑假了。
這天早晨，也就是看完《活佛濟公2》的第二天，葉天如往常一樣起床洗漱，然後就開電腦，未擦幹淨還濕漉漉的手觸碰到電插頭，渾身顫栗的失去知覺。