洪武三十一年閏五月，皇宮內人心惶惶，酷熱的天氣讓人憋不過來氣，每個人臉上都是一副緊張的樣子，因為太祖朱元璋病危了，京城九門已經限製出入了，當然這些掌管宮廷內外九門的人都是朱允炆安排的人，越是在這關鍵時刻越是容易出問題。
乾清宮內，太祖躺在床上，他的臉色蒼白如紙，眼神中充滿了無盡的痛苦和無奈，仿佛在默默地告別這個世界，殿下跪著朱允炆，朱文奎，以及朱允炆的其他兄弟姐妹，包括太祖的嬪妃們，每個人都在小聲的哭泣，她們擔心太祖駕崩，他們沒了依靠，再者明朝有殉葬製度，太祖生前喜歡的妃子，無所出著，或者身份證低賤著，均有陪同太祖一起到地下陪著太祖，甚至有的嬪妃們開始瑟瑟發抖了。
太祖朱元璋用他那形容枯樹的手，招了招皇太孫朱允炆，朱允炆起身小跑跪在窗前，拚盡全力，從喉嚨裏蹦出幾個字：“不到萬不得已，不要傷害你的叔叔們。”，還沒等朱允炆回話，太祖的手就咣，掉下去了，隨著王總管一聲高亢的聲音“皇上駕崩了。” 洪武三十一年閏五月初十，朱元璋駕崩於應天皇宮，也就是現在的南京故宮，並留下遺詔：“朕膺天命三十有一年，憂危積心，日勤不怠，務有益於民。奈起自寒微，無古人之博知，好善惡惡，不及遠矣。今得萬物自然之理，其奚哀念之有。皇太孫允炆仁明孝友，天下歸心，宜登大位。內外文武臣僚同心輔政，以安吾民。... ...諸不在令中者，推此令從事。”
黃子澄，齊泰等輩，還來不及抹眼淚，直接跪在朱允炆跟前說道：“太祖駕崩，請殿下按遺詔，繼皇帝位，以安天下人。”’ 朱允炆：“皇爺爺剛駕崩，我怎可登皇帝位，此乃陷我大不孝，等把皇爺爺身後事辦完以後在討論此事，切勿再議”
太祖朱元璋遺體與洪武洪武三十一年閏五月十六，葬於南京紫金山明孝陵，從駕崩到入土中間僅僅相隔了不到七天的時間，在曆史上也實屬罕見，可見朱允炆對於朝局的不穩還是深有體會的。燕王包括其他藩王還未能進京吊喪，太祖已經入土為安了，諸王多為不滿，尤為燕王，寧王，周王等。燕王感歎：“父親過世，竟然不讓兒子吊喪，實乃亙古未見。”仇恨的種子也許在此時已經種下了。
洪武三十一年閏五月十七，朱允炆，即皇帝位，以次年為建文元年。冊封嫡長子朱文奎皇太子，馬氏為皇後。即位之初，一改洪武之苛政，勤賢好學，於典章製度銳意複古。大赦天下，重農桑，興學校，考察官吏，更定內外大小官製。旌表節孝，賑濟災民。
此時，方孝孺，黃子澄，齊泰等人，意氣風發，風光無兩，朱允炆登基為皇帝，他們內心的石頭總算落地了，他們也是從龍之臣，往後入閣拜相，指日可待。跟他們心思一樣的人，當然還有曹小二，他看了看身邊的皇太子朱文奎，這個隻有兩歲的孩子，心裏說不來的激動，有朝一日，他曹小二也能成為內宮一哥，掌握十萬內廷生死大權。