鐮倉時代
鐮倉時代，隨著武家勢力的急速上升和朝廷勢力的衰落，許多原來為朝廷貴族工作的陰陽師開始流入民間，並且很快的與其他宗教結合，形成麵向大眾的新陰陽道，這種“平民化的陰陽道”一直流傳到今日，現在的一些日本民俗仍保持著古時陰陽道的一些儀式或做法。[2]
戰國時代
日本戰國時代，皇權沒落，武士階級治世，陰陽師逐漸從曆史舞台消失。不過，各地大名身邊軍師的前身大部分仍是陰陽師。戰國大名們都很在意占卦，武將手中的軍扇，就是咒術的一種。軍扇兩麵各畫有日、月，萬一碰到不得不出戰的凶日，便在白天把軍扇的月亮麵顯現在表麵，讓日夜顛倒，以便將凶日化為吉日。陰陽師們雖然官階並不高，但卻多受權臣貴族的仰仗，其地位遠遠淩駕於一般官員和武士之上。[2]
江戶時代
德川家康開設江戶幕府的時候，五行興替的思想再次被搬出來。陰陽道才再次走近政治的中心。安倍家直係後裔土禦門家再次興旺，嗣子斷絕的賀茂家也憑借的支流幸德井家再興。但是兩家競爭日益白熱化，到了江戶時代中期，土禦門神道終於徹底擊敗了幸德井家取得了全日本陰陽師的支配權。[2]
明治時代
明治維新後，出於政治的需要，陰陽道被冠以“淫祠邪教”被明治政府廢止，部分內容被以民間信仰的名義殘存下來，神道教正式與陰陽道決裂。
陰陽寮
陰陽寮構成：寮頭一人、寮助一人、允官一人、大屬職一人、小屬職一人、陰陽師六人、陰陽博士二人、陰陽生十人、陰陽士一人、皇曆博士一人、皇曆生十人、天文博士一人、天文生十人、漏刻博士二人、守辰丁二十人、使部二十人、值丁二人。
工作內容主要包括：
陰陽道：判斷土地凶吉的相地堪輿與占筮。
曆道：製定日曆，決定日子凶吉。
天文道：觀測天體，卜筮，思考慧星側隱。
漏刻：掌管控製時間。
操縱式神
式神者，式也。
星占裏的三式，即式占。
最早的原義是栻盤。一種用來模擬天地運行的木盤。引申出 式 的概念
陰陽師操控式神是陰陽術師的主要法力技能。有通過封印函定下契約書的，有通過結印方法降服的，有以朋友關係自願遞交，可以剪紙而成形，隻要念出約定的咒語，隨時控製召喚出來，連人的魂魄都可以使用，也有以活的生物為憑借做為式神。
《大鏡》中記載，晴明將式神當作仆人一樣使用，經常吩咐式神倒茶開門。
《宇治拾遺物語》中記載，有一次，晴明因事前往宮中參謁天皇，碰到了藏人少將。這時，一隻鳥飛過少將頭頂，遺下一灘鳥糞。見此情形，晴明立刻意識到那隻鳥是式神，少將被人施了殺死咒。於是立刻將少將帶回自己家中，一整晚都為少將做護身之法。到了黎明時分，有一人來向晴明坦白，說他找了其他陰陽師，企圖咒殺少將，而那位陰陽師施法的式神由於晴明的護身法而不能將少將殺死，反而將自己的主人殺死。
《宇治拾遺物語》中也有關於晴明將紙變成式神的記載。藤原道長前往法成寺參拜時，隨行的一隻白狗緊緊咬住他的衣據不讓他進門，於是道長請來晴明。晴明判斷有詛咒道長的東西，埋在大門下而。挖開地下五尺有兩個素陶杯，用結成十宇形狀的黃色紙撚捆紮著，杯底有一個朱砂紅宇。晴明推測施咒的是磨國的道摩法師。於是晴明從懷中掏出一張白紙，把它折成飛鳥的形狀，讓它嘴邊銜著一隻酒杯，再拋向空中，白紙頃刻間變成了一隻白鷺飛向南方。白鷺落在一座古宅裏，院內坐著一位蓬頭垢麵、衣冠不整的老法師——道滿。道滿坦白是受藤原顯光所托施行咒術的。在近代淨琉璃中，道滿常作為晴明的對手出現。預測地下埋藏物及用紙鳥尋找施咒人都是用來對付施咒術的。[3]