最後的江東死忠程普也戰死沙場，蒯越將軍沒有為難他們。將戰死的將士們都好生安葬，死者為大。荊州四萬水軍傷亡不多，隻是李術將軍的一萬廬江軍傷亡殆盡。沒有辦法，蒯越一部沒有步軍隻能以李術將軍所領步軍為主力。
劉琦聞之李術將軍戰死，亦是傷感不已，下令讓人好生安葬，並且重賞其家人，使其衣食無憂。程普戰死，江東最後一股反對劉琦的勢力也消滅了。隨著孫權的卸任，劉琦正式統領江東。
江東新占，人心未附。劉琦這時還不能走，留著繼續處理政務。處理當地事物，還是當地人出麵最好，為了避免孫氏的影響和北麵抗擊曹操，劉琦詢問諸葛亮之後，把揚州治所遷至建業城。
劉琦自領揚州牧，在建業另開一府。同時在其征南大將軍府上，實施三省六部製。至於在揚州這裏實行，因為揚州新占。士人都不敢反對，生怕被劉琦當做孫氏死忠處理。荊州士族根基縱橫，怕是不易實施。
這樣在江東有了良好的條件，劉琦稍稍把漢朝的製度一修改就變成了三省六部製。在這裏沒有父親劉表的掣肘，也沒有了士族大家的反對，和一些愚忠官員的喋喋不休的勸諫。
揚州六郡都已落到劉琦手中，是時候該分蛋糕了。一方麵劉琦任用孫氏舊臣，同時提拔江東當地士人，再加上劉琦帶來的荊州一部分官員構成了江東的體係。
李嚴領廬江太守，官至橫江將軍，同時領兵一萬，同副將呂岱、朱桓，北抗曹操；徐庶領丹陽太守駐紮建業虎視徐州，領兵一萬，副將徐盛，黃敘；朱治為豫章太守，呂範為會稽太守，嚴峻為廬陵太守，顧雍為吳郡太守。同時任賀齊為討越將軍，留讚為校尉，領兵一萬征討山越宗賊。擇其精壯充軍，女子小孩，為屯田民。文聘為虎威將軍，領一萬水軍防守長江下遊；甘寧為虎翼將軍，防守長江上遊，領水軍一萬。
有李嚴徐庶把守揚州關隘城池，即使曹操來犯也不懼他。況且長江天險，和兩萬荊州水軍精銳，縱使曹操二十大軍也不能踏入江東一步。
管理好江東政務軍事，劉琦就開始了三省六部製度的改革。三省六部製是中國古代封建社會一套組織嚴密的中央官製。現在許都隻有尚書台，中書省和門下省隻是初具規模並沒有形成。
現在劉琦隻能以征南大將軍府的名義開府，下轄三省，三省督六部。六部管理各州、各郡、各縣。
劉琦自領征南大將軍，都督荊、揚、交、廣四州軍事政務。父親劉表被劉琦上書封為楚公，隻等曹操的回複。尚書省尚書令蒯良中書省中書令劉先，門下省侍中蒯越。六部分別為吏部尚書蔣琬、侍郎伊籍；兵部尚書賈詡、侍郎陸遜；戶部尚書趙累、禮部尚書嚴峻、刑部尚書張昭工部尚書張紘。
劉琦廢除州牧製，改為刺史製度。於此同時加強了刺史的職權有行政、司法等權力，廢除了其軍事、立法權，可以任命包括太守之下的官員。