對於皇位，呂纂要謙讓給呂弘，呂弘哪敢接受，於是呂纂即位。可是兄弟二人如今的處境，類似於當時的呂紹與呂纂，呂纂做皇帝，呂弘功高，兩人難免互相猜忌。
隆安四年（公元400年），呂弘因為受到呂纂的猜忌，索性帶著東苑軍隊叛亂，進攻呂纂。呂纂派他的部將焦辨回擊，呂弘的部隊潰敗，呂弘逃走被抓，在獄中被打死。（呂光死後，兄弟相殘的情況與郭黁的預測一致。）
國內的隱患除掉之後，呂纂開始進攻南涼。
南涼王禿發利鹿孤，曾在郭黁之亂時接納了後涼的叛將楊軌，後涼攻擊北涼段業時，又是南涼出兵相救。所以呂纂準備討伐南涼，中書令楊穎勸阻，但呂纂不聽。禿發利鹿孤派他的弟弟禿發傉檀阻擊後涼軍隊，大敗後涼軍，斬首二千餘人。
既然攻擊南涼受挫，呂纂便準備進攻北涼（北涼政權始於後涼政權），尚書薑紀勸阻說：“現在正是盛夏農忙之際，外出作戰，如果南涼趁虛進攻京師，怎麼辦呢？”呂纂不聽，帶領部隊包圍張掖，向西挺進建康（甘肅省高台縣）。
南涼大將軍禿發傉檀聽說後，率領騎兵一萬人襲擊後涼都城姑臧（甘肅省威武市）。呂纂的弟弟隴西公呂緯，據守北城，禿發傉檀則在姑臧（甘肅省威武市）朱明門（南城門）上擺酒擊鼓，犒賞將士，在青陽門（東城門）檢閱軍隊，炫耀兵力，擄走了八千多戶人家，呂纂聽說後隻得帶兵回來。
外戰不勝，內亂卻來。
隆安五年（公元401年），番禾太守呂超，擅自攻擊鮮卑部落的首領思盤，思盤派他的弟弟乞珍向呂纂告狀，呂纂詔令呂超和思盤來到姑臧。呂超很害怕，到了姑臧（甘肅省威武市）之後，努力結交殿中監杜尚。呂纂召見呂超後，斥責他說：“你們兄弟一夥，竟敢欺侮到我的頭上，我應當殺了你，天下才能安定。”呂超磕頭認罪。呂纂隻是想恐嚇一下他，並沒有殺害他的意思。所以，把呂超、思盤，以及大臣們全部帶到內殿一起赴宴，想用一場酒化解矛盾。
宴會上，呂超的哥哥中領軍呂隆，不斷地向呂纂敬酒，呂纂喝得酩酊大醉，醉酒之後，呂纂帶著呂超等人乘車在皇宮中遊玩。到了琨華堂東閣，因為門檻，輦車不能過去，呂纂的親信將領竇川、駱騰便把佩劍取下，倚靠在牆上，把車推過去。呂超突然拿起劍刺殺呂纂，呂纂胸口被刺了一劍。竇川、駱騰空手與呂超格鬥，被殺掉。呂纂的皇後楊氏聞訊後趕出，命令禁軍攻擊呂超，但是已經被呂超收買的殿中監杜尚，出麵阻止，所以，士兵們都扔下武器。
呂超兄弟，政變成功。呂超讓位給兄長呂隆，呂隆即位，實行大赦。呂纂的皇後楊氏自殺，楊氏的父親楊桓投奔南涼，並將後涼內亂之事相告，禿發利鹿孤趁機討伐後涼，大敗呂隆，擄走二千多戶百姓。
因為是篡權上位，呂隆非常心虛，就采用殺戮豪門大族的方式樹立威信。因此，朝廷內外議論紛紛，人人自危。後秦隴西公姚碩德率步、騎兵六萬人，進攻後涼。後秦軍隊到達姑臧（甘肅省威武市），呂隆派呂超、呂邈等迎戰，後秦活捉了呂邈，俘虜殺戮了後涼數萬名士兵，呂隆繞城固守。
這時，涼州其他政權全看清了形勢，西涼王李暠、南涼王禿發利鹿孤、北涼王沮渠蒙遜，紛紛去向後秦納貢。
姚碩德圍困姑臧（甘肅省威武市）幾個月，呂隆派使者向後秦投降。後秦任命呂隆為鎮西大將軍、涼州刺史、建康公，呂隆派子弟以及文武大臣慕容築、楊穎等五十多家，到長安去做人質，危機暫時解除。
元興元年（公元402年），姑臧（甘肅省威武市）發生了嚴重的饑荒，一鬥米價值五千錢，更是出現了人吃人的現象，被餓死的人多達到了十萬（中國曆史自從進入十六國時期，凡是出現人吃人現象的國家，就意味著行將滅亡）。城門白天緊關，出城砍柴的道路被截斷，每天都有幾百名百姓，請求出城做胡人的奴隸、婢女，呂隆認為他們擾亂人心，所以活埋了這些人，屍體堆積如山。
元興二年（公元403年），南涼禿發傉檀及北涼沮渠蒙遜，輪流出兵進攻後涼，呂隆心急如焚。後秦內部認為涼州地勢險要，土地肥沃，所以應該趁機占據涼州，姚興於是征呂超入朝。呂隆自知無法堅守，便讓呂超請降於後秦。後秦遣尚書左仆射齊難、鎮西將軍姚詰、左王乞伏乾歸、鎮遠將軍趙曜，率領步騎兵四萬迎接呂隆。南涼畏懼後秦，所以撤兵。後秦任王尚為涼州刺史，並將呂隆宗族、僚屬及一萬戶百姓遷徙到長安。
至此，後涼滅亡，涼州還剩下西涼、北涼、南涼。
當初，後涼的郭黁通過占卜得出：“代呂者王”，所以起兵造反，先推仆射王詳，後推胡人部落酋長王乞基，等到呂隆去了長安，王尚接管了姑臧。郭黁投奔西秦之後，西秦被後秦所滅，所以他來到了後秦，可是他認為滅後秦的是東晉，所以立即逃往東晉，不過被後秦追兵所殺。
南涼（公元397年-公元414年）
禿發鮮卑，屬於河西鮮卑，和北魏的拓跋鮮卑同一個祖先。後涼呂光派使節任命鮮卑部落的首領禿發烏孤為冠軍大將軍、河西鮮卑大都統。禿發烏孤鑒於後涼強大，出於自保，接受了呂光的加封。後涼，呂光又派使者授禿發烏孤為征南大將軍、益州牧，封為左賢王。禿發烏孤留下了使節所帶來的樂隊和儀仗，拒絕了呂光的加封。這時禿發部落的實力已經強大起來，他開始尋求擺脫呂光的控製。
隆安元年（公元397年），禿發烏孤自稱為大都督、大將軍、大單於、西平王，實行大赦，改年號為太初，史稱南涼。南涼建立之後，就經常與後涼發生戰爭。
後來，後涼發生郭黁之亂，呂纂擊退郭黁，郭黁向南涼求救，禿發烏孤派他的弟弟驃騎將軍禿發利鹿孤，率領五千騎兵趕去救援。郭黁的同夥楊軌、王乞基率幾千戶百姓，歸附了南涼。
隆安三年（公元399年），當時後涼呂氏、西秦乞伏氏、北涼段氏三家勢力強大，禿發烏孤製定了先行攻擊後涼的策略，可是他本人卻死了。禿發烏孤一次醉酒騎馬，速度過快，墜馬受傷不久死去（既蘇峻、劉曜之後，又一名因為醉酒駕駛出事的人物）。他的弟弟禿發利鹿孤即位後，沿用哥哥的戰略。可是沒過幾年，禿發利鹿孤也病重去世了，禿發利鹿孤的弟弟禿發傉檀即位。
由於南涼是涼州小國，為了在亂世能在大國夾縫中生存，需要小心翼翼。當時後秦強大，涼州各國紛紛前來納貢。後涼滅亡後，禿發傉檀計劃攻取姑臧（甘肅省威武市），可是畏懼後秦的強大，所以禿發傉檀去除年號，向後秦稱臣，試圖麻痹對方。
義熙二年（公元406年），南涼禿發傉檀把三千匹馬、三萬隻羊獻給後秦。後涼滅亡後，姑臧便屬於後秦。後秦這些年受到了北魏的威脅，姚興覺得涼州姑臧（甘肅省威武市）位於偏遠西北，又要常年派人戍守，有些力不從心，所以有意從涼州撤出。剛好禿發傉檀送上了馬、羊之類的禮品，姚興認為他很忠誠，一糊塗，便任命禿發傉檀為都督河右諸軍事、車騎大將軍、涼州刺史，鎮守姑臧（甘肅省威武市），征調涼州刺史王尚回長安。
禿發傉檀僅僅用了幾萬頭牛羊便換得了一座城，這筆交易劃算至極。南涼軍隊進入姑臧（甘肅省威武市），禿發傉檀在宣德堂設宴招待大臣們，仰頭觀望，歎息說：“古人說，‘蓋房的人，自己不住；住房的人，自己不蓋。’太對了。”武威人孟禕（yī）說：“從前，前涼張文王開始建築這座大堂，到今天已將近一百年了（涼文王張駿公元324年-公元346年在位），經曆的主人也有十二個了，隻有講誠信和順民心的人才能長久。”禿發傉檀非常認同。
“蓋房的人，自己不住；住房的人，自己不蓋。”讓人想到社會中的普通勞苦大眾，他們辛勤的勞動，卻被貴族們無情的剝削，在古代社會中，這種現象一直沒有得到改變。
北宋有兩位詩人，梅堯臣、張俞，他們的詩不約而同地揭示著社會的現實。《陶者》：陶盡門前土，屋上無片瓦。十指不沾泥，鱗鱗居大廈。《蠶婦》：昨日入城市，歸來淚滿巾。遍身羅綺者，不是養蠶人。
義熙四年（公元408年），南涼因為沒有答應夏國赫連勃勃的聯姻請求，被赫連勃勃打敗。後秦趁機攻擊南涼，但是被擊退。逼退了後秦，南涼打起了北涼的主意，可是南涼不是北涼的對手。
七年前，北涼實力較弱，所以北涼的沮渠蒙遜，把兒子沮渠奚念送到南涼做人質。禿發利鹿孤覺得沮渠奚念年紀太小，不同意此事。沮渠蒙遜再次派使節陳述自己的難處，禿發利鹿孤被激怒，派兵襲擊北涼，抓獲了沮渠蒙遜的堂弟沮渠鄯善苟子，並擄走了北涼六千多戶百姓。沮渠蒙遜的堂叔沮渠孔遮，代表北涼朝見禿發利鹿孤，答應把沮渠拏送來做人質，禿發利鹿孤這才把搶回來的人口全部送還。
正是此事讓北涼很不滿，為以後的爭執埋下了隱患。後涼被滅後，南涼和北涼由從前的合作夥伴變成了競爭關係，所以兩國常發生摩擦。同年，南涼擄掠了北涼的一千多戶居民，北涼同樣擄走了南涼幾千戶居民。
義熙六年（公元410年），南涼再次討伐北涼，卻被打得大敗而歸。於是，禿發傉檀親征北涼，結果，南涼再次大敗。沮渠蒙遜乘勝進軍，包圍了姑臧（甘肅省威武市）。姑臧人害怕再像王鍾（兩年前，後秦趁虛攻擊南涼，王鍾作為後秦內應，事情泄露，南涼坑殺姑臧城中五千餘人）那樣的被牽連，驚恐萬分，有一萬多戶百姓向北涼投降。禿發傉檀大為驚恐，派司隸校尉敬歸和他的兒子敬佗，到北涼做人質，請求和解，沮渠蒙遜答應了他。敬歸趁機逃了回來，敬佗卻又被追兵抓了回去。沮渠蒙遜把當地的八千多戶百姓全部擄走。