本節概述：司馬元顯為了組織自己的軍隊，征發浙東客戶之人，浙東百姓的憤怒情緒被孫恩利用，成為朝廷的巨大威脅，朝廷派劉牢之迎戰，孫恩逃走。桓玄吞並殷仲堪和楊佺期，擁有了東晉三分之二的疆土。司馬元顯自不量力，舉兵攻打桓玄，沒料到劉牢之第二次反叛，桓玄進入建康城，誅殺司馬元顯等人。桓玄掌權後欲處理劉牢之，劉牢之欲第三次反叛，但是部下紛紛離去，劉牢之在新洲自縊。孫恩戰敗自殺，妹夫盧循成為首領。東晉連年戰亂，百姓生活悲慘至極。
場景：連年征戰，三吳地區發生了饑荒，人口少了一半左右。其中，會稽（浙江省紹興市）郡的少了十分之三四，臨海（浙江省臨海縣）、永嘉（浙江省溫州市）兩地的人幾乎絕跡。
然而，“朱門酒肉臭，路有凍死骨。”富貴人家，還是穿著綾羅綢緞，吃著大魚大肉，懷裏抱著金銀珠寶，他們關起門來，從門縫中看著尋常百姓，活活餓死在街頭。孫恩作亂加上桓玄造反，太久沒有經曆過戰爭滋味的江南百姓，體會到了北方百姓的苦衷。
隆安三年（公元399年），因為司馬道子身體患病並且嗜酒成性，每日暈暈乎乎，不理世事。司馬元顯趁機免了父親司馬道子的司徒、揚州刺史職務，由自己出任。司馬道子酒醒之後得知了兒子的操作，忍不住暴跳如雷，但也無可奈何。司馬元顯把廬江太守張法順，作為自己的謀士，朝中人人畏懼。
司馬元顯是個生性刻薄、剛愎自用的人，他對別人的生死，完全看自己的心情處理，所以他任性的頒布了一些不合適的政策。當初，北府兵隻是作為抵禦北方強敵使用，後來逐步壯大，所以，司馬元顯也想建立一支這樣的軍隊。他下令征召東方各郡中的客戶（奴戶：有罪之人，官府判他們為官府的奴隸。客戶：官員及皇室所包庇的奴戶），全部遷移到京城去。他們被稱為樂屬，美其名曰是樂於從屬朝廷。
司馬元顯萬萬沒想到，這條政策一石激起千層浪，引發了浙東人民起義。浙東人民本來生活就十分艱難，被征召入伍後，人民的情緒就像一桶桶炸藥，隨時都有引爆的可能。而五鬥米道的孫恩，就是一把點燃的火焰，司馬元顯和他老爹司馬道子，親自將這把火焰扔進了炸藥堆裏。
琅琊（山東省臨沂市）人孫泰，蠱惑人民群眾信奉五鬥米道（道教的一派別），左仆射王珣把孫泰流放到廣州。廣州刺史王雅卻對孫泰非常賞識，把孫泰推薦給了孝武帝，稱：孫泰知道修身養性和長生不老的秘方。於是，孝武帝把孫泰從廣州征召回京，任他為新安太守。孫泰計算到晉朝的氣數將盡，他假稱討伐王恭，大量征兵，斂財無數，三吳地區的百姓，大多依附於他。因為孫泰和司馬元顯關係密切，所以沒有人敢揭發。會稽（浙江省紹興市）內史謝輶，舉報了孫泰，司馬道子命司馬元顯誘殺了他，同時殺了他的六個兒子。孫泰的侄子孫恩，逃入東海，躲藏在小島上，愚昧的百姓堅信孫泰沒有死，認為他隻是像蟬一樣“蟬蛻”，因此仍然為孫恩供應物資。孫恩聚合了一百多名亡命之徒，謀劃複仇。
狹義的三吳地區，即吳郡（江蘇省蘇州市）、吳興（浙江省湖州市）和會稽（浙江省紹興市）三郡。廣義的三吳地區，除了三郡還有浙東一帶的其他郡。永嘉之亂後，北方人口南遷，他們淪為了奴隸或者租客，浙東也成了南北士族的私人田園集中地，世族大家的剝削最為嚴重，政府將絕大部分賦役加於此地，百姓負擔格外沉重。當時百姓的生存狀況，可以用朝廷官員的一段話來描述。中書侍郎範寧，被司馬道子團夥逐出朝廷時，曾對孝武帝說：“百姓一年中頻繁遭受搔擾，幾乎過不了三天安穩日子，百姓家生下了男孩不敢撫養，單身男子和寡婦，不敢成親、再嫁。”
孫恩利用司馬元顯政策造成的百姓騷動，從海島出發，殺死了上虞縣令，對會稽（浙江省紹興市）發起了猛攻。會稽（浙江省紹興市）內史王凝之（王羲之的兒子），信奉道教，他既不出兵也不設防，隻是每天去道堂上磕頭念咒。官員請求出戰，王凝之說：“我已請來了得道大仙，借來了鬼兵把守關卡，每個地方都有幾萬鬼兵，盜賊之事不必擔憂。”等到孫恩逼近，王凝之才發兵抵禦，可是孫恩的大軍已經到了城下。
沒多久，孫恩攻克了會稽（浙江省紹興市）城，王凝之逃走時被殺，同時還殺了他的幾個兒子。王凝之的妻子謝道蘊，聽說亂民來到，舉動如常，從容不迫，她拔出佩刀殺死了幾個亂民，可還是被生擒。
吳國內史桓謙、臨海太守新蔡王司馬崇、義興太守魏隱等人都棄城而逃。一時之間，會稽（浙江省紹興市）、吳郡（江蘇省蘇州市）、吳興（浙江省湖州市）、義興（江蘇省宜興縣）、臨海（浙江省臨海縣）、永嘉（浙江省溫州市）以及東陽（浙江省金華市）、新安（浙江省淳安縣）共八個郡的百姓揭竿而起，殺掉地方官響應孫恩。十天之內，聚集了幾十萬變民。吳興（浙江省湖州市）太守謝邈、永嘉（浙江省溫州市）太守司馬逸、嘉興公顧胤、南康公謝明慧、黃門郎謝衝、張琨、中書郎孔道等人都被孫恩的部隊殺死。謝邈、謝衝都是謝安的侄子。這時，三吳地區太平已久，百姓不知道戰爭的滋味，所以郡縣的守兵都望風而逃。
雖然趕走了壓迫百姓的晉軍，可是孫恩這群人還不如晉軍。凡是有不跟隨他的，連嬰兒一起殺掉，百姓有十分之七八被亂民殺死。孫恩把縣令剁成肉醬，讓他們妻子兒女吃下去，如果拒絕，便把她們分屍。亂民路過一個地方，便搶掠財物，燒毀房屋倉庫，砍伐樹木，堵塞水井。亂民前往會稽（浙江省紹興市）集合，有的婦女帶著嬰兒不能遠行，便把嬰兒扔進水井中淹死，說：“恭喜你先入天堂，我隨後就來。”孫恩這群團體已經不是五鬥米道，完全就是個邪教組織。
孝武帝被張貴人一床被子悶死以後，傻皇帝安帝即位，朝廷內外是險象叢生，石頭城以南的地區被荊州刺史殷仲堪、江州刺史桓玄占據，以西的地區都歸豫州刺史司馬尚之管轄，京口（江蘇省鎮江市）地區以及長江以北，都是劉牢之和女婿高雅之的北府軍地盤，朝廷政令所能達到的地方，隻有三吳這一小片地域。孫恩作亂之後，三吳的八個郡全都淪陷，京城幾個縣，盜賊四起，孫恩的黨羽也潛伏在建康城中，所以人人恐慌，百姓經常擔心會發生變亂，朝廷隻好宣布全國戒嚴。
安帝加授司馬道子黃鉞，任命司馬元顯為中軍將軍，徐州刺史謝琰兼督吳興（浙江省湖州市）、義興（江蘇省宜興縣）等郡軍事，來討伐孫恩，劉牢之也出動軍隊征討孫恩。
就在這時，一位日後響徹大江南北的人物，在討伐孫恩的戰爭中登場了，他就是東晉後期的主角：劉裕。
劉裕，彭城（江蘇省徐州市）人，出生後母親便去世了，他的父親劉翹，客居京口（江蘇省鎮江市），因為家境貧寒，劉翹想把孩子扔掉。劉裕的姨母把劉裕抱了回來，當時劉裕的表哥劉懷敬不到一歲，姨母為了養活劉裕，斷了劉懷敬的奶。劉裕長大後，勇武健壯，心懷大誌。可是因為家貧，沒上過學，識字不多，他靠販賣草鞋為生，喜歡賭博，同村人大多看不起他。後來，劉裕加入了北府兵。
劉牢之任命劉裕為參軍事，帶幾十個人去探聽軍情。不巧，遇上一支數千人的變民軍隊，劉裕迎戰，其餘幾十個人全部被殺死，隻剩劉裕活著，他跌進河岸下。亂民來到岸邊，劉裕揮舞長刀，砍死了幾個人上岸，他大聲吼叫，敵人全部逃走。劉敬宣奇怪劉裕這麼久沒有回來，帶著兵出去尋找，隻見他一個人在砍殺幾千名的敵兵，大家同聲感歎。於是上前一起作戰，斬殺俘虜一千多人。（以一敵十，尚有可能；以一敵千，有吹噓之嫌。）