雍州刺史魯宗之，率幾千人由襄陽前去支援江陵（湖北省荊州市），但是有人說魯宗之的立場有問題，劉道規卻單人前去相迎，魯宗之既感動又高興。劉道規請魯宗之留守江陵（湖北省荊州市），對他推心置腹，自己統帥軍隊進攻桓謙，桓謙大敗，坐船投奔苟林，劉道規追上把他殺了。繼續出發到達湧口，擊退了苟林，劉道規派諮議參軍劉遵，在巴陵斬殺了苟林。
當初，桓謙抵達枝江時，江陵很多百姓，給桓謙寫信，告訴他城內的情況，打算在桓謙攻城時做內應。到這時，晉軍在桓謙的大營搜到了那些信，劉道規卻命令人把信燒毀，一封也不看，江陵從此人心安定。
十月，徐道覆率領三萬部眾，直指江陵（湖北省荊州市），突然在破塚（江陵東南）出現。因為桓謙與苟林已經敗走，所以魯宗之回到了襄陽，劉道規派人去召他回來已經來不及了，江陵城內再次人心恐慌。有人說盧循已經奪取建康，派徐道覆來做刺史。但是江漢（湖北省）地區的百姓，感激劉道規焚燒書信，不計前嫌，所以不再起二心。
劉道規派劉遵出城遊擊，自己在豫章口（江陵東南）抵抗徐道覆，雖然前鋒部隊失利，可是劉遵的遊擊軍隊突然從外圍攻擊亂民，徐道覆軍大敗，被殺一萬多人，加上跳水被淹死的，敵軍幾乎死光，徐道覆乘船逃回湓口（江西省九江市長江入口）。當初，劉道規派劉遵去做遊擊軍，眾人認為大敵當前，應該集中兵力，不應該分散。等到打敗徐道覆之後，全靠這支遊擊軍，大家深為佩服。
盧循、徐道覆敗退之後，還有駐守在南陵的亂軍首領範崇民。廣川僑郡劉鍾與王仲德一起進攻範崇民，範崇民逃跑。這時已經到了十一月，劉裕安排的海上部隊抵達了廣州，鎮守廣州的亂民，根本沒有想到晉軍會從海上前來，孫處等人趕來之時，正好趕上大霧迷漫，於是他們包圍廣州，一天就攻克了。孫處安撫當地居民，殺死了盧循的黨羽，他派沈田子等人帶兵進攻其他各郡。
此時，荊州已平，建康已解圍，廣州也被收複。
亂民集結在長江口，打算與朝廷軍決一死戰。十二月，劉裕帶兵進軍到大雷（雷池西部），盧循、徐道覆統帥幾萬將士湧入長江，亂軍戰艦從頭看不到尾。朝廷軍出動了所有輕型戰船，幾路大軍奮力進攻。
劉裕早早就安排了一隊人馬駐紮在長江西岸，準備好縱火工具。劉裕下令用弩箭射擊，借著風勢和水流把盧循的戰船逼停在西岸。這時，岸上埋伏的晉軍紛紛把火把投向敵船，頓時濃煙四起，火焰衝天，亂民大敗，隻好逃回尋陽（江西省九江市），準備趕到豫章（江西省南昌市），於是在左裏（江西省都昌縣），設置柵欄阻止晉軍追擊。
晉軍大部隊抵達左裏後被攔住，劉裕揮旗指揮戰鬥，突然旗杆折斷，指揮旗落入水中，大家認為不詳。劉裕笑著說：“當年，在覆舟山（擊敗桓謙）之戰，我的指揮旗竿也斷了，現在又是那樣，敵人一定失敗！”晉軍突破柵欄路障，向前進軍。亂民雖然拚命阻攔，但是無濟於事。盧循坐船逃走，亂民死亡一萬多人。晉軍收降了亂軍，並寬釋了那些被迫參與的人。
劉裕派劉藩、孟懷玉繼續追擊，盧循收攏逃散的幾千士兵直接回番禺（廣東省廣州市）。徐道覆則逃回始興（廣東省韶關市），劉裕派建威將軍褚裕之，代理廣州刺史。
義熙七年（公元411年），孟懷玉攻克始興（廣東省韶關市），殺死徐道覆。盧循收拾殘兵包圍了番禺（廣東省廣州市），孫處抵抗堅守了二十多天。沈田子帶兵前去支援，亂民大敗，被殺死一萬多人。盧循逃跑，沈田子與孫處前去追擊，分別在蒼梧（廣西省梧州市）、鬱林（廣西省桂平縣西南）、寧浦（廣西省橫縣）等地多次打敗盧循。正巧此時孫處病倒，大軍不能繼續前進，盧循乘機投奔交州（越南河內市）。
交州刺史杜慧度大敗盧循，亂民潰散。盧循自知難免一死，就先毒死妻子，又把那些不願自殺的全部殺掉，隨後自己跳水自殺。杜慧度把他的屍體澇上來，割下人頭，送往建康。
源起浙東的人民起義，曆經十一年之久，終於被平複。這十一年裏，東晉大地生靈塗炭，而正是這十一年的光景，時人見證了劉裕的興起，他從一個小小的北府兵，成為了真正遙控東晉朝廷的人。消滅桓玄光複晉室、北伐南燕誅殺慕容、擊敗盧循平定起義，可謂一代英雄。可是東晉朝廷裏，偏偏有人不服氣，妄想取而代之。所以，新一輪的內戰又要開始了。
早在三年前，劉毅等人就不希望劉裕入朝輔政，因而提議任命中領軍謝混（劉毅的黨羽）為揚州刺史（王謐去世，職位空缺），或者讓劉裕留在丹徒，兼揚州刺史，而把朝中政務交給孟昶（因為與劉裕意見不同而自殺）負責。朝廷特派尚書右丞皮沈，帶著這兩個方案，前去征求劉裕的意見。皮沈首先拜見了劉穆之，把朝廷討論的情形簡單彙報。劉穆之假裝上廁所，秘密地寫了字條給劉裕，說：“皮沈說的話，千萬不要同意。”劉裕召見皮沈後，暫時先讓他休息，然後把劉穆之叫進去。
劉穆之說：“晉室衰弱已久，如今天命轉移。您複興皇室，功高德勳，地位尊貴。如今的形式，怎麼可以去駐守藩鎮呢？劉毅、孟昶幾個人，與您都是白手起家，共同起義謀富貴。舉事的時候，有先有後，所以暫時推舉您做了盟主，可是他們並非真心服從。所以，當大家實力相差無幾，地位接近時候，終究會發生互相吞並。正因如此，揚州是根本之所在，決不可以拱手讓人。上一次您把它交給王謐（勤王大軍攻入建康，趕走桓玄之時），不過是權宜之計，如果再次讓於他人，就要受人製約了。權力一旦喪失，就沒有機會再拿到了，如此以來後果不堪設想。現在朝廷這樣商議，您應該表明一下態度。但是如果說隻有自己合適，未免難於啟齒。所以，應該這樣對他們說：‘中央是乃國家之根本，是宰相一級的官員，地位非常重要。選定這樣的官員茲事體大，決不可在外地議論確定，最近我抽時間前往京都，當麵交換意見。’當您到了都城，他們一定不敢把這官職交給別人了，其中道理不言自明。”劉裕聽從了他的話。朝廷於是征召劉裕任侍中、車騎將軍、開府儀同三司、揚州刺史、錄尚書事，他原來的徐、兗二州刺史的職務仍然兼任（劉穆之不愧為劉裕的左膀右臂，雖然帶軍作戰不是他的強項，可是如何進行政治鬥爭，他非常在行）。
義熙八年（公元412年），朝廷任命劉毅為衛將軍，都督荊、寧、秦、雍四州諸軍事，兼荊州刺史（原荊州刺史劉道規患病，回京修養，不久後離世）。劉毅對左衛將軍劉敬宣（劉牢之之子）說：“我駐守西方，打算委屈你當個南蠻長史，助我一臂之力，不知可否？”劉敬宣很害怕，告訴了劉裕，劉裕笑著說：“我會保你安全，不用擔心。”
劉毅性情剛愎，自以為在勤王的功勞與劉裕相等，頗為自負，因此，雖然他表明聽從劉裕，可是心裏卻並不服氣。等到坐鎮一方之後，他仍然悶悶不樂，覺得沒有實現自己的遠大理想。劉裕對他越寬容，劉毅越發狂傲，他曾說：“真遺憾沒有遇到劉邦、項羽，跟他們爭奪中原！”後來，在桑洛（被盧循擊敗）一戰中慘敗，他自知大勢已去，便更加煩惱。劉裕沒讀過書，劉毅卻是個讀書人，所以朝中有很多名望高的官員，都與他來往密切。他與尚書仆射謝混、丹陽尹郗僧施關係極好，感情最深，互相結交。
劉毅占據荊州之後，暗中有了取代劉裕的想法，他請求兼管交、廣二州的軍事，劉裕答應了他。劉毅又奏請任命丹陽尹郗僧施，為南蠻校尉兼後軍司馬，任命毛修之為南郡太守，劉裕也答應了他，並改派劉穆之代替郗僧施為丹陽尹（都城建康郡長，地位關鍵，管理丹陽郡下十餘縣）。劉毅上表請求到京口祭祖辭行，劉裕與他相會。寧遠將軍胡藩，建議除掉劉毅，劉裕說：“我與劉毅都有功勞，他的罪行還沒有表露，不可自相殘殺。”
九月，劉毅抵達江陵（湖北省荊州市），上任荊州刺史一職。他對地方官員進行大幅度的變動，擅自抽調豫州、江州的一萬多人跟隨自己到荊州。這時，劉毅正巧病重，郗僧施等人擔心劉毅死掉後，他們一黨受到清理，於是勸說劉毅派他的堂弟、兗州刺史劉藩，做自己的副手，劉裕假裝答應。劉藩從廣陵（江蘇省揚州市）前往建康朝見皇帝時，朝廷下詔公布劉毅的罪狀，指控他謝混等人陰謀叛亂，朝廷派人命劉藩和謝混自殺。
京口辭行之時，劉裕以劉毅有功為借口沒有除掉他，並不是真的不想殺他，而是忌憚劉毅的堂弟劉藩在廣陵、郗僧施在建康分別起事。劉毅的政治頭腦明顯不如劉裕，他隻想著集中力量“揮拳頭”，卻不知留個棋子在劉裕腹地做牽製才是上策。
接著，朝廷任命司馬休之都督荊、雍、梁、秦、寧、益六州諸軍事，兼荊州刺史；任命北徐州刺史劉道憐（劉裕異母弟）為兗、青二州刺史，鎮守京口；命豫州刺史諸葛長民，監太尉留府事。劉裕擔心諸葛長民難以勝任，就加封劉穆之為建武將軍，設置輔佐官員，配備軍隊，防備意外。
劉裕親率大軍從建康出發，參軍王鎮惡請求交給他一百條軍艦擔任先鋒。大軍抵達姑孰（安徽省當塗縣）後，劉裕任命王鎮惡為振武將軍，與龍驤將軍蒯恩，帶領一百條軍艦提前出發，劉裕吩咐他們說：“如果敵人可以戰勝，便進攻；如果不能取勝，便把他們的船艦燒毀，停在岸邊等我。”於是，王鎮惡不分晝夜的加速前進，並對外聲稱他們是劉藩一行人，趕往荊州上任。
十月，王鎮惡抵達豫章口（江陵東南），距離江陵城隻有二十裏。他們下船改為步行進軍。蒯恩在前，王鎮惡在後。每條船上隻留一兩個人，岸上豎立起六、七麵旗幟，旗下放置戰鼓，對留下的人說：“你們預計我快要到江陵城時，就不停地擂起戰鼓，裝作好像還有大部隊的樣子。”又分別派人去焚燒劉毅軍隊停留在江津的船艦。