路西法專案組的遭遇了巨大的失敗，7位日本警察付出了生命的代價，被抓捕的嫌疑人死亡，一棟大樓被毀，而幕後的凶手人間蒸發，被秘密保護的汙點證人也在被送入醫院後不治身亡。
這樣慘烈的結果出乎了所有人的意料，也將事態進一步拖入了難以控製的漩渦。
日本首相在第一時間秘密指定了6位日本政壇高官成立專門委員會，接替專案組，處理善後事宜。委員會極力隱瞞事件的真相，將大樓的爆炸解釋為煤氣管道泄露。警方在接到報案後前往排查事故，卻不料遭遇爆炸。也許是因為此次行動保密級別較高，內情並未泄露。除了警察家屬的抗議之外，民眾沒有更多過激反應，多少讓人鬆了口氣。
第一個被問責的是專案組組長，日本警視廳的白馬警視總監。委員會對他在此次行動中的表現非常不滿，認定他沒有做好風險預估，且明明安排了包圍搜索圈，卻沒有抓住任何嫌犯的錯誤不可原諒。甚至有官員提出應該將白馬總監從警察隊伍中開除，不過最後大多數官員還是念在他曾經的功績上，否決了這個建議。於是，在事件發生的第二天下午的新聞發布會上，白馬任三宣布辭去總監一職，表達對7位警員犧牲的愧疚。警察犧牲也是常有的事情，警界最高長官為此辭職也算是有個還算鄭重的交待，多少平息了輿論質疑。服部平臧雖然也被認為負有重大責任，但依舊保留了原來的職務。一來，兩位警界高官被同時處理容易引起外界猜疑。再者，他在現場的表現被認為沒有明顯可被指責之處。不過，服部平臧被剝奪了路西法專案組負責人的身份，並且清除出專案組。服部對此表示相當不滿，明確提出寧可降為普通探員，也要留在專案組繼續調查。可是這個提案遭到了駁回。不僅如此，服部平次和江戶川柯南兩位偵探，雖然辦案能力出色，但是沒有警員的身份而參加如此重要的專案組是違規行為。委員會一致認定將二人剔除出專案組，並且禁止專案組將相關情報透露給二人。小田切敏郎副總監，原本是路西法專案組的副組長，但由於要處理日本警方其他日常工作而沒有參與此次行動，被委員會認為不需要承擔相應責任。在白馬和服部被迫離開路西法專案組後，小田切敏郎被任命為專案組組長。與此同時，在委員會的要求下，日本警察廳長官伊藤茂被任命為案件督查，專案組所有調查進展必須向其彙報，再由他向委員會彙報。除此之外，委員會還認為FBI對於關鍵證人阪本建三的死亡負有不可推卸的責任，於是日本政府通過外交途徑向美國提出了要求，希望FBI退出此次專案組。不過這個要去遭到了美國方麵的拒絕，經過多輪協商之後，雙方各退一步。FBI探員可以以個人身份留在專案組，但是人數不得超過3人。唯一沒有受到影響的是國際刑警，尤其是他們的負責人凱恩斯的表現得到了讚賞，被希望繼續和日本警方展開合作。但出人意料的是，凱恩斯拒絕了這個提議，他和其他國際刑警選擇了脫離路西法專案組，自行對案件展開調查。
如此大的人員變動，引起了路西法專案組探員們極大不滿。兩位組長在警界都是頗具能力和人望的長官，在此次抓捕過程中的各項部署也是合情合理。雖然最終行動失敗，但正確的做法也應該是讓他們戴罪立功。兩位偵探更是案件最初的發現者，完全沒有理由在這個時候禁止他們參與。現在委員會的處理決定無異於直接削弱了專案組的力量，這種親者痛仇者快的做法，簡直不可理喻。很快，一種傳聞在專案組的探員之中悄悄傳開。委員會的官員如此作為完全是為了自保。一個可以隨意殺人，卻連警方都奈何不了的犯罪組織讓政客們非常恐懼，深怕擺出對這個犯罪組織堅決打擊的態度，會讓使得自己遭遇危險，所以幹脆做個縮頭烏龜。通過對組長副組長的處理，來保證自己的安全。更有傳聞說，這個犯罪組織其實和日本政府有所勾結，政府借這個機會鏟除好事者。這樣不知真假的傳聞，讓探員們非常心寒。