科龍公司原有組織結構層的一個特點是層次多，部門、功能重疊，效率低。從最底層傳送一個信息到決策層，有心人做過統計，要經過七個層次。
針對這種狀況，顧雛軍的管理層以提高效率、體現職責為原則，對公司的組織機構與流程進行了重新設計與再造，同時，對幹部製度進行了一次全麵徹底的改革。
首先，實行了集權式的財務管理，統一資金管理。公司收回了小家電公司、營銷係統等產生現金流量較大的部門的財務管理職能，實行集團統一管理，一方麵使公司的資金使用效率得到了提高，另一方麵也精簡了部分財務人員，將財務係統由原來的80多人精簡到60多人。
其次，為加強對投資方向和投資項目把握的準確性，以保證投資項目的回報率，在將原計劃發展部和信息管理部合並的基礎上，強化了投資職能，成立了投資管理科，對公司的資產和投資進行統一的管理和運作。
第三，對原營銷係統行政部的職能進行了分拆，將紀律檢查職能放到了集團審計部，人力資源管理職能放到了人力資源中心，行政管理職能放到了總裁辦。
第四，撤銷了一些臨時機構和駐外部門。在改革前，集團有醫用冰箱項目籌備組、生產準備組兩個臨時性部門。在改革後，這兩個臨時性部門都劃歸冰箱公司相關部門進行對口管理。另外，還關閉了北京辦事處。北京辦事處是原科龍公司為便於公關和接待而專門設置的，由一個副總監分管。2002年4月，該辦事處撤銷，職能與資產移交給北京冰箱銷售公司負責，費用沒有增加，其公關作用卻更加明顯，每年還能節約辦公與接待費用近100萬元。
第五，各專業公司根據重心下移、責權下放、精簡高效的原則，也進行了全麵的機構改革創新，使機構更精簡、效率更快捷。
在進行機構調整的同時，顧雛軍又著手改革幹部任用製度。
在原科龍，科有正副科長，部有正副總監，廠有正副廠長三四個，官多、扯皮多是原科龍的一個明顯特點。由於官員的待遇大大超過了技術、管理人員的收入，一些有技術專長的專業人員對此非常不滿。顧雛軍發動的機構改革，一個重點就是精減高層和中層領導部門的職位。科室一律不設副科長，部門原則上實行總監負責製，根據需要，個別部門設置一到兩個副職。各分廠廠長一般設置一正一副兩個職位。另一方麵，打破論資排輩觀念，對在專業領域有特殊才能的人給予重用。同時，提高技術、管理人員待遇，技術、管理骨幹可以享受原副科級以上工資待遇。幹部製度的調整，由於觸犯了不少既得利益者的權益，一時間流言四起。有的說，顧董事長真是個不折不扣的資本家，要把科龍的創業者都趕出科龍，真夠狠的。也有些人直接去找顧雛軍、劉從夢談話，情緒非常激動。一時間，整個公司上下人心惶惶。
進入科龍不久，顧雛軍向員工公布了自己的手機號碼，不想居然收到了員工的責罵短信，質問他為何取消年終獎。對於新出台的降低成本的政策，很多員工拒不執行。顧雛軍斷然宣布:“成本控製不住，公司就要做結構上的調整，凡是沒有實現年初製定目標的部門，管理者下課。”
可以說，顧雛軍的人事改革是強行推進的。
不久，外界風傳科龍出現巨大人事變動，有上百人要集體辭職，而顧本人及人事部沒有收到一份辭職報告。“媒體風傳的消息最多的時候，就是這個公司鬥爭最激烈的時候。”事隔數月，顧雛軍的言辭依然有些激動:“要辭職就辭職，為什麼把公司內部的事捅到新聞界，沒有道理!其實很多人並不想辭職，隻是在試探我，給我施壓，看我有沒有決心走下去。如果我像很多以前的領導一樣妥協了，那改革就夭折了。”2002年6月30日，科龍召開了副科級以上幹部大會，顧雛軍做了三個多小時的發言。他說:“想辭職的人可以走，一概不留……來科龍後的前半年是我在跳舞，你們在看;今後我要看你們能不能跳舞，不願意跳的可以繼續觀望，但如果跟不上我的步伐就要離開……”