邵力子是周恩來的老熟人，私交不錯，但事關兩黨，周恩來對事不對人。但王若飛有點坐不住了，血一下子湧到腦門，滿臉通紅。周恩來注意到王若飛表情的變化，示意他要克製。周恩來堅決表示：“我方120萬軍隊，若要裁減為12個師，實不可能。”
“但兄等所提軍隊數目問題與中央規定相距如此之遠，照此下去，實在無法再談。”張群輕易不肯退讓，在緩緩的敘述中反詰著：“又如解放區問題，我不是不了解兄等意見，然中央之主張已不能再有變更，故此兩者均未獲得協議。還有一點我要重申，我們與你們會商，是奉蔣主席之指派，蔣主席的政令、軍令統一，是此次談判的基礎。要貫徹政令之統一，即不能完全承認兄等所謂既成事實。就中央政府立場而言，凡國境之內不容有兩套相反之法令製度同時並行。”
王若飛發言：“凡解決問題，必須承認事實。我以為，政府之法令製度並非一成不變，為承認和容納事實，有時且有變更之必要。如果不變更，曆史就無法發展，不發展，豈不是倒退？”
周恩來接過話茬：“我黨對於國民黨已作了重大讓步，如承認蔣先生之領導地位，承認政府之統治地位，讓出8個人民解放區等，我黨之所以有如此大的讓步，這是因為毛澤東同誌在此，我等隨時可以請示讓步辦法，所以會談容易進行。”
張群透過金絲眼鏡，注視著周恩來，眉頭皺成一球，歎息道：“而今，兄等提出仍要48個師，與政府規定12個師之數目相距實在太遠。故此談判實難繼續。”
對於這種拉鋸式的拖延談判，極有耐性的周恩來也忍不住了，21日，他終於憤怒了，兩手撐著桌麵，目光冷峻起來：
“今日我等之商談，係出於平等之態度，然而國民黨之觀念是自大的，是不以平等待中共的。故國民黨及其政府皆視我黨為被統治者，自西安事變以來即一貫如此。”
國民黨代表注意聽著。
周恩來：“現在政府尚在國民黨黨治時期，我們何能將軍隊、政府交與一黨政府。因此政府今日欲求達到統一全國軍政之理想，必須采取民主之方式，循一定之步驟，而非可一步登天，一蹴而就。”他的目光在每一個國民黨代表臉上停留一兩秒鍾。那目光是灼人的：“過去在抗戰期間，兩方商談可以拖延，問題可以僵持。現在和平建國時期，問題之解決，必須從速，雙方商談不能拖延，亦不容僵持！”
同一天，赫爾利找毛澤東談話，要求中國共產黨交出解放區，要麼承認，要麼破裂。毛澤東一手抽著煙，一手將腿搬上膝蓋，不緊不慢地說：不承認，也不破裂，問題複雜，還要討論。
談判被迫於9月22日至26日又一次休會。
休會期間，周恩來向各黨派、國民黨內的民主派和文化界、新聞界、產業界、婦女界等代表廣泛解釋了中國共產黨的主張，說明導致談判陷入僵局的真相。
國民黨方麵，尤其是參加談判的代表也著急。因為這次談判已為舉世所矚目，如果談判破裂或無結果而散，他們如何向國內外作出交代？談判中斷剛三天，張群就在參政會舉行宴會，將周恩來、王若飛及一些中間力量的代表人物請來，表示軍隊問題基本上已有結論，現在商量政治問題和解放區問題。
27日重開談判後，進展比前一階段就順利多了。
到10月10日，雙方終於在曾家岩桂園客廳裏簽訂了《國民政府與中共代表會談紀要》，這個《紀要》是周恩來整理的，它不僅把雙方已一致同意的內容在文字上確定下來，對沒有取得一致的問題也分別作了各自的說明。這種形式，在27年之後的中美《上海公報》中再次得以運用，被參加談判的中外人士稱為周恩來的傑作，神來之筆。
在《會談紀要》上簽字的有中共代表周恩來、王若飛和國民黨代表王世傑、張治中、邵力子。以後被稱作“和平老人”的邵力子，在簽字儀式後說：“此次商談得以初步完成，多有賴於毛先生之不辭辛勞。”毛澤東從樓上走下來，同在場者一一握手，表示祝賀。當夜，毛澤東又在周恩來、王若飛陪同下，到山洞林園同蔣介石長談了一個晚上和一個早晨。毛澤東告訴蔣介石，他回延安後，周恩來、王若飛仍留在重慶同國民黨代表進行商談，使《紀要》還沒有解決的問題能在召開政治會議以前得到解決。
談判期間，每天晚上，毛澤東從桂園回來後，周恩來都要來到毛澤東的房間，和王若飛、胡喬木一起研究當天談判的情況，揣摩國民黨代表的心理，把握談判的動態，製定有關的政策。他們研究得很深很細，不放過任何一個細節，一談就是大半夜。研究完談判之事後，周恩來回到自己的屋子裏，起草電報或文稿，安排毛澤東第二天的活動，處理一些要事。毛澤東則在自己的房間裏思考下步的工作。