二、海軍的分裂
民國二年，二次革命後，海軍雖然還維持統一的局麵，但反袁力量在海軍中滋長。四年十二月，停泊在上海附近黃埔江上的練習艦隊之肇和艦，在中華革命黨人的策動下起義反袁，雖然失敗，但海軍因政治立場不同導致的分裂，則成為不可避免的事實。
肇和艦起義失敗後，袁世凱為了加強對海軍的控製，於民國五年二月，將海軍總司令處裁撤，海軍總司令李鼎新及練習艦隊司令徐振鵬裁撤查辦，各艦隊改歸海軍總長直接指揮，另設海軍總輪機處，管理各艦輪機事務。同時派海軍南下，鎮壓反對其稱帝的護國運動。民國五年六月六日，袁世凱逝世，副總統黎元洪繼任總統。但是黎氏繼任總統，在段祺瑞以國務院名義發布的通電，係依據民國三年通過的新約法，代行大總統職權。而護國軍軍務院、中華革命黨及國會議員，則認為應依據民國元年三月公布的臨時約法，繼任大總統，因而與段祺瑞之間引起了約法之爭。六月二十五日，李鼎新以海軍總司令的名義與第一艦隊司令林葆懌、練習艦隊司令曾兆麟暨各艦艦長聯合發表宣言，宣布加入護國軍，要求恢複約法及召開國會，並不接受北京海軍部的命令。這項舉動雖然隻有部分海軍參與，但第一艦隊是海軍的主力，因此對段祺瑞形成極大的壓力，不得不退讓。六月二十九日，黎元洪頒令仍然遵行民國元年的臨時約法，並訂於八月一日召開國會。三十日，新內閣成立，以程璧光為海軍總長。因護國運動的目的已經達到，護國軍停止軍事行動。七月十五日，李鼎新、林葆懌等宣布取消海軍獨立，率艦回軍，歸還建製。
民國六年六月，因黎元洪免除段祺瑞國務總理職，引發督軍團叛變，進而導致國會被解散，使北京政府陷入不安的情勢。時海軍總長程璧光見事機危迫，欲護衛黎元洪南下，號召義旅，殲除橫逆。黎元洪猶疑不決，程氏再三敦促，黎終無南下之意，但命程先行出京，集中艦隊，相機行事。程璧光乃赴滬，與孫中山先生等商議，決以討逆為職誌，孫氏並應允予以經費資助。七月，張勳複辟事起，程璧光等除通電討逆外，並派應瑞艦護送孫中山等南下廣州護法。迨複辟事平，國務總理段祺瑞拒絕重新召開國會，程璧光偕第一艦隊司令林葆懌於七月二十一日發表海軍護法宣言，以擁護約法、恢複國會、懲辦禍首三事自矢，同時率海圻、永豐、飛鷹、同安、豫章、福安、舞鳳等艦自上海南下廣州。北京政府聞訊後，曾多方阻撓，但終無法挽回。九月，護法軍政府在廣州成立，至此中國出現了南北兩個對立的政府，海軍在此情勢下，正式宣告分裂。
三、軍係混戰中的海軍
民國六年七月，駐滬海軍南下護法後，北京政府的海軍實力大受影響，人心亦十分浮動。北京政府立即對海軍部進行改組，劉冠雄重任海軍總長，第二艦隊司令饒懷文升任海軍總司令，海籌艦艦長林頌莊署理第一艦隊司令，海容艦艦長杜錫署理第二艦隊司令，局麵暫時穩定。
民國六年八月，北京政府宣布對德、奧宣戰，參加第一次世界大戰。德、奧兩國在華的10餘艘艦船，均由北京政府海軍部接管，其中兩艘炮艦更名為利捷、利綏，一艘拖船更名為利通，均歸海軍編製。其餘商船則分別更名為華甲、華乙、華丙、華丁、華戊、華己、華庚、華辰、華壬、華癸，於民國九年夏，由海軍部組織租船監督處，經營租船業務。未幾該處因營運不善被撤銷，所餘華甲、華乙、華丙、華癸4艘商船，分別改名為華安、普安、靖安、定安，編為海軍的運輸艦。華安、普安、定安3艦，撥歸第一艦隊管轄，靖安艦撥歸練習艦隊管轄，利通艦則屬第二艦隊建製。