二、戰時海軍建製的調整
自中、日戰端開啟後，因兩國海軍實力寡眾懸殊，根據國民政府軍事委員會訂定對日作戰之最高指導方針，決定海軍在抗戰第一期作戰中之作戰指導原則，除協同陸軍堅守淞滬外，並有拱衛首都，確保南京安全之責任，海軍當局遂決定采取斷然手段，遮斷長江下遊水域，將江陰水道立即予以封鎖阻塞。
江陰為長江下遊之軍事重鎮，地勢險要，水道狹窄，因此海軍部以此處作為阻擋日艦溯江西上的地點。海軍部以沉船達到阻塞的目的，自八月起，先後調用通濟、大同、自強、德勝、威勝、武勝、辰字、宿字、海圻、海容、海籌、海琛等12艘艦艇，征用嘉禾、新銘、同華、遇順、泰順、回安、通利、寧靜、鯤興、新平安、茂利二號、源長、醒獅、母佑、大賚、通和、瑞康、華新、公平、萬宰、泳吉、華富等23艘商輪，及吉安、貞安、福安、漢安、泰安、永清、德安、沙市等八艘碼頭船(躉船)，總計艦艇、商輪共43艘，計63880噸，全部阻塞工程至九月底完成。其後於江陰、上海、閩廈防禦戰中，先後損失艦艇計有平海、寧海、逸仙、建康、楚有、青天、湖鵬、湖鶚、江寧、綏寧、應瑞、永健、撫寧、楚泰、正寧、肅寧等16艘，戰前苦心營建的海軍，在抗日戰爭的初期，犧牲慘重，實力大損。
由於海軍在戰爭初期損失泰半，沿海地區又為日軍封鎖，海軍難以發揮重大作用。民國二十七年一月，國民政府為因應戰時需要，改組行政院，精簡編製，裁撤海軍部，成立海軍總司令部。二月一日，海軍總司令部正式成立，直屬於軍事委員會，掌理海軍軍務。海軍總司令部置總司令，承軍事委員會委員長之命綜理海軍軍務及指揮作戰並監督所屬各機關，由前海軍部部長陳紹寬出任;參謀長一人，承總司令之命輔佐軍務，由前海軍部常務次長陳訓泳擔任。司令部一切人事編製，以適合作戰為主，將海軍部原設各司縮編為參謀、軍衡、艦械、軍需4處，及秘書4員、副官3員。參謀處置軍務、文書2科，軍衡處置銓敘、恤賞2科，艦械處置輪電、兵器2科，軍需處置會計、儲備2科。警衛營改為特務連，與軍樂隊、無線電台，均附屬參謀處。三十年一月，參謀處增設訓練科，艦械處增設雷務科，總司令部共轄4部10科。
原海軍部所轄機構，自抗戰軍興先後裁撤者，有海道測量局、海岸巡防處、引水傳習所、海軍編譯處、海軍航空處、海軍上海醫院、監造室、廈門要港司令部、廈門造船所、海軍陸戰隊補充營、海軍陸戰隊軍官研究班、海軍南京藥彈庫、海軍楊思港藥彈庫、海軍南京躉船，以及海軍南京、上海、湖口、武昌及廈門各煤棧，至於海軍軍械處則改為海軍修械所。所轄部隊除裁撤海軍練習艦隊司令部外，其他第一艦隊、第二艦隊、海軍陸戰第一、第二兩獨立旅、以及練營、水魚雷營、特務隊、炮隊、布雷隊、視發雷隊等，亦均經迭次編並縮減。