此後，日本陸海軍、外務省、大藏省、農商務省、公司銀行、對華團體均陸續派人來華留學。陸海軍方麵，1873年11月，陸軍少尉向鬱和中尉美代清元為軍事視察及學習漢語留學北京，1877年山口五郎太留學廈門，19世紀80年代鈴木恭堅、河野主一郎、柴五郎相繼以海軍留學生名義留學福州。規模較大的則為1879年參謀本部一次派遣14人留學北京。和首批留學生一樣，他們有的一麵學習漢語口語時文，一麵在使領館武官以及駐在將校的轄製下，從事情報收集等間諜活動。有的甚至隻是以留學生的名義為掩護，純粹進行諜報工作。如河野主一郎在華僅一年時間，奉軍令部之命，到寧波、廈門、香港、廣東、上海、芝罘、天津、北京、大沽、山海關、牛莊、旅順等要地調查軍隊炮台等設施及風俗民情，將見聞詳細記錄後報告軍令部，即完成使命。山口五郎太還化名蘇亮明，著中國服裝，到處刺探軍情，積極參與所謂福州組的攪亂中國策，並鼓動開辦東洋學館，培育“經營”中國的人才。所以人們提起日本留華學生，往往聯想到間諜的形象。
不過，1879年參謀本部所派14名學生，卻不是軍人身份，而是從東京外國語學校漢語專業中選拔出來的“清國語學生”。此事與時任參謀本部管西局長的桂太郎關係極大。桂很早就建議向中國派遣武官，加強軍事情報的收集，以備不時之需。以後又撰寫了《鄰邦兵備論》，起草並提出對清作戰策。1878年參謀本部設立，桂出任管西局長後，立即著手實施，他召回此前所派將校，同時向北京、天津、上海、漢口、廣州、廈門、牛莊派遣13名軍官，專門調查地理政情，供將來對華作戰時決策用兵的依據。此舉使情報活動更加專業化，增強了效率。而派遣文職的漢語學生，則是鑒於中日兩國交涉摩擦增多，大規模武裝衝突勢必爆發，須為軍隊培訓大批漢語人才準備師資。這批人回國後，即在各地鎮台及士官學校教授漢語，雖係文職，目的仍然在於軍事行動。
中日兩國互設使領館後，外交事務增多，培養語言人才之事十分迫切。本來外務省屬下的漢語學所，有官費生10名，後劃歸文部省，並入東京外國語學校。1883年8月，外務省公信局長淺田德則接受中田敬義應向中國派遣語學專門留學生的建議，製訂《清國留學生規則》。中田敬義原為漢語學所學生，鑒於漢語語法發音因地而異，在校期間即要求到中國留學，未能實現，時任外務省秘書官。由他和淺田德則、田邊太一、鄭永寧等4人擔任考試委員，經考選和推薦，第1期派出瀨川淺之進、西源四郎、田邊雄三郎、小田切萬壽之助、吳大五郎、鈴木行雄等6人，第2期派出豐島舍鬆、大河平隆則、山崎桂、橫田三郎等人，以後每年考試一次（個別年份因故中止），陸續派遣。
在此之前，外務省已有利用原來各藩所派留學生的舉措，如1874年由水戶藩藩公派往北京學習語言文學的河西肅四、小鬆崎吉郎，經過兩年的學習，即任公使館二等見習書記生，後又擔任留學生監督。此後還屢有將私費留學生等轉為外務省留學生的個案。而且外務省本身也曾不定期地零星派遣過留學生，如1880年所派吳永壽。隻是從1883年起更加製度化。與軍事留學生不同，他們一般在使領館內學習，同時見習初級外交官事務。期限多為2—3年，個別人長達8年；學成即在現地或歸國擔任外交官。為了學習廣東話，還曾派人到香港皇仁書院留學，先後在此就讀者有安廣伴一郎、杉村浚、高須太助、大河平則隆、山崎桂、豐島舍鬆、田邊雄三郎、小田切萬壽之助等。該書院因而被稱為“日本外交舞台人物輩出的淵藪”。
由大藏省派出者僅有井上陳政（後複姓楢原）1人，他任職於印刷局製版部，因1877年赴日的清朝駐日公使何如璋，副使張斯桂，參讚黃遵憲、楊守敬等人學問頗精，多與日本漢學家往還唱和，次年，大藏省命井上陳政到清公使館專門研習漢學。1882年，何如璋任滿歸國，井上陳政又由大藏省派遣隨其來華繼續學習，先後在北京、福州從何如璋學習製度掌故，在杭州從俞樾學習詩文。俞樾《曲園自述詩》記其事道：“甲申歲，日本東京大藏省留學生井上陳政字子德，奉其國命，遊學中華，願受業於餘門下，辭之不可，遂留之。其人頗好學，能為古文。”在華期間，井上陳政還遊曆了直隸、山東、陝西、山西、河南、湖北、江蘇、浙江、福建、廣東、江西、安徽等省，曆時6年，歸國後寫成《禹域通纂》上下冊，分政體、財政、內治、外交、刑法、學製、兵備、通商、水路、運輸、物產、風俗等12部，共2033頁，另有附錄353頁，為清朝當政各員傳略，1888年由大藏省出版。來華前印刷局長得能通昌囑咐井上陳政道：“日清聯交，勢在必行，然而非熟知彼邦風土事情，通觀始末，則聯交安可得？所謂事在人為，人由事顯。汝此行善體餘意，切勿虛勞。”井上陳政可謂不負所望。可惜在中日關係日趨惡化的大背景之下，熟知通觀也無益於邦交，後在日本駐華公使館任職的井上陳政本人還死於義和團籠城之戰。
農商務省留學生又稱為練習生，1899年所派有安永東之助。同年三井公司也決定實施派遣留華學生計劃。當時該公司在上海設有分店，經營業務主要通過買辦中介，利潤損失過大，因而想培養熟悉當地特殊業務行情和能說漢語的人員，以便逐步廢除買辦製。首期招生為高木陸郎、內田茂太郎、橫山直行等人，翌年再招收森恪、綾野磯太郎、兒玉貞雄、上仲尚明、江藤豐三等，聘請首批陸軍語言留學生出身的禦幡雅文專門教授北京話和上海話，由此開啟上海市場直接貿易的先機。此前一年，橫濱正金銀行將新入社的3名法學士大隅行一、藤平純一和小貫慶治分別派往上海、廣東和北京留學，一麵學習漢語，一麵調查金融商業狀況，以便興辦或推廣業務。