1968年6月1日，羅瑞卿向中央寫了報告，要求做截肢手術。報告中說：“左腿動了幾次手術，傷口仍然不好，經常流膿水，又跌斷了左腿的骨頭，請求再治一治，傷口如治不好，則把左腿截掉……”在此之前，1967年11月20日到1968年2月11日，他曾經在三一醫院住院治療過腿傷。周恩來曾看過他骨折的X光片，並在辦公室裏拿給他的保健醫生卞誌強看過。但是鑒於當時“文革”的複雜形勢，周恩來沒有叫卞誌強參與羅瑞卿的醫療工作和手術問題。羅瑞卿要求做截肢手術的報告上送之後，專案組派人到三一看了病房，他們仍然將羅瑞卿安排到外科14病房。
直到1969年初，同意羅瑞卿做截肢手術的報告才轉給了三一醫院。醫院開始為他做手術前檢查和術前討論。參加手術的醫生都到羅瑞卿的病房看了他的傷腿。
1969年1月25日下午，羅瑞卿的截肢手術在三一醫院外科手術室進行。
由副院長曹根慧主持手術，骨科副主任黨廣博和主治醫生王一德擔任手術醫生。
周恩來對羅瑞卿手術的指示是：“保證治療的效果和安全。”為了在發生意外情況時組織搶救，醫院指定了外科主任陸惟善到手術室進行指導。
由於羅瑞卿和郝治平當時被關押在兩地，子女們也不知下落，醫院無法按慣例征求家屬對手術的意見，就憑著中央對羅瑞卿的手術報告為依據了。
羅瑞卿平躺在手術台上，頭對著門，腳對著窗戶，雖然他患有心髒病和肺氣腫，但手術進行順利，術後的傷口恢複也很好。
一個月後，醫院準備在3月2日為羅瑞卿做切除股骨頭的手術，參加手術的還是原班人馬。但在2月28日，武漢軍區司令員曾思玉突發心髒病，邱會作打電話給三一醫院領導，要他們立即帶醫生去參加搶救。這樣，在3月1日清晨，副院長曹根慧和心腎科副主任黃大顯乘飛機前往武漢。主持羅瑞卿手術的任務就交給了三一南樓主任李普。
3月2日，醫院按原計劃為羅瑞卿進行了第二次手術，順利地為他摘除了已經壞死的骨頭。手術後，又經過半年的治療，羅瑞卿於6月6日出院。出院前，他一再向經治醫生表示感謝。
羅瑞卿在自傳中說的情況與前麵所引的那本書所記述的不同。他在自傳中寫道：
此時我腳上的傷口不僅原有的未好，在它的附近又長了幾個膿包，很快又成為新的傷口。原來已經封閉的老傷口又重新穿破流膿了。4月初的一天晚上，通知我去住院，說組織上要治好我的腿。第二天，醫生在病房內為我做了一次手術，說是先肅清外圍，然後治療主要傷口。手術後醫生說，我的腳跟骨裏頭是通的，好像一條小隧道。紗布可以從這一邊通到另一邊。說要用藥使裏麵長好充實起來，也許傷口可以愈合，再後又到手術室動了一次手術把剩下的跟骨全拿掉，經過一段上藥治療，傷口仍不見好。醫生說截肢倒很簡單，可現不考慮此點。
約在4月底又通知我寫政治自傳。我寫了。自傳寫好後，就不斷將我從醫院拿出去鬥，也不斷有審訊。直到9月，將我從醫院拿出去一連鬥了幾天。晚上住的地方蚊子奇多，又不給掛蚊帳，睡不了覺，實在是疲憊不堪。
一天晚上通知我回醫院，我以為這下可以回去休息兩天。誰知回到醫院第二天就發高燒，重感冒。晚上起來小便時頭暈腳軟，重重地跌了一跤。看守人員將我拉起來，我覺得腿很痛。第二天醫生來搬了兩下腿，說沒有關係。我說有些痛，醫生說，跌痛了熱敷幾天就會好，骨頭沒有壞。再一天，我的熱退了。醫生下午還來試了一次表，證明已經沒有發燒，於是看守人員就來通知我出院。我想原說將我腿治好，現在我的腳並沒有治好，而且重感冒剛治好，腿還在痛。我在醫院名義上住了五個月，但有近二分之一至少三分之一還多的時間住在院外。有一次開刀後不到一個星期，線都未拆，就拿我出去鬥。當時我要求至少要拆了線。看守高聲說，醫生講可以，你說那些幹啥？
我又說，這太殘酷。看守自然更不滿意，又大聲吼叫了一通。