周恩來讓汪東興等一下，等他接見完外賓後，同他一起乘車去見毛主席。他們來到中南海“遊泳池”，周恩來向毛澤東報告說，他們在拚命燒材料。
毛澤東點點頭：“是啊，那是在毀滅證據嘛。這些人在活動，是要頑抗到底了！”
周恩來對毛澤東說：“我馬上辦，今天晚上辦不成，明天早上一定辦成。”
從毛澤東那裏出來，周恩來對汪東興說：“你不能離開中南海，要嚴加保衛毛主席的安全。我們有事時可以找張耀祠、楊德中，必要時再找你。”
周恩來分別命令北京軍區司令部李德生坐鎮空軍指揮所，北京衛戍區司令部吳忠負責首都緊急戰備。因為兩位將軍之間沒有勾通，還造成了誤會。
9月13日淩晨5時左右，衛戍區京郊指揮所向吳忠報告，說懷柔縣境內發現一架迫降的直升飛機，機上5人，3人已死亡，另外兩人被抓獲，一名叫李偉信，另一名叫陳士印，是個副駕駛員，請示如何處置。吳忠立即指示他們：“對機降地域實施戒嚴，保護好現場，沒有中央指示，任何人不得接近。同時注意清點機上物資，不要放過任何一個疑點。”
可是僅過了一個小時，京郊指揮所又打電話來說，直升機附近出現了一支空軍分隊，說是奉北京軍區司令員李德生的命令，要進入戒嚴區。
吳忠一愣，因為按正常情況衛戍區司令是要兼北京軍區副司令的，軍區可以構成對衛戍區的指揮權，但現在是非常時期，周總理在下達任務時，沒有提到李司令員已派出部隊；況且李司令怎麼直接指揮起空軍來了，事情就出在空軍上，怎麼好讓空軍部隊進入出事現場呢？他越想越覺得有危險，不能不警惕。於是先斬後奏，他給部隊下命令，在查明情況之前，扣留所有人員，解除他們的武裝。
但是要有禮貌地接待空軍同誌，告訴他們，我們已奉中央指示處理此事，請他們不要插手。
命令下達之後，他馬上給周總理打電話。
周恩來一聽吳忠說的情況，竟放開喉嚨笑了起來，說：“吳忠同誌我沒有告訴你，李德生同誌是我派到空軍去坐鎮的。如果真的是李德生同誌派的人，請你們好好招待。但在搞清情況之前，暫時不要發還武器。這件事情你處理得很好，就是要保持高度的警惕性。我重申一遍，飛機迫降地域的警戒任務，由衛戍區全權負責。”
吳忠的所有擔心一掃而光。
到了下午5時許，現場清理幹淨。來的空軍部隊的情況也查實清楚，的確是李德生派來的，因為情況緊急，沒有來得及報告中央，因而造成了誤會。
根據周恩來的指示，吳忠連夜審訊了李偉信。據他交代：這架直升機起飛後，先是向張家口方向飛行。機上坐著林彪死黨周宇馳、於新野、李偉信。駕駛員陳修文發覺他們行動詭秘，有叛逃的跡象，就想往回飛。但周宇馳是懂飛行的，掏出手槍逼迫陳修文繼續北飛。就在這時，奉周恩來命令起飛的8架殲—六戰鬥機臨空攔截，並開炮示警，陳修文借口躲避炮火，趁機搞壞了羅盤，重新飛回北京郊區，迫降在懷柔境內。
飛機迫降後，周宇馳發現情況不對，開槍將陳修文打死。周、於、李及另一駕駛員陳士印見大勢已去，決計自殺。周宇馳他們提出了兩種方式，一種是互殺，一種是自殺。結果都選擇了後者。四人把槍對著自己的腦袋。隨著周喊“一、二、三”，三聲槍響，地上倒下了兩具屍體，怕死的李偉信對著天空開了一槍，陳士印根本就沒有開槍。
打掃現場的部隊還找到一些零星物品，特別是一些信件碎片，都一點一點拚起來。其中有一封林彪給黃永勝的親筆信，“勝”字隻剩半邊“生”，缺“月”字旁。吳忠知道此事重大，指示某團團長張前進務必找到。張團長帶一個班到現場又找了兩個多小時，終於在小雨後泥濘的地上找到了這片比小指蓋還小的碎紙。此前，周恩來在人民大會堂曾將這封信給黃永勝看，希望他能悔悟。黃永勝和吳法憲都裝糊塗，說沒聽說空軍有叫“黃永生”的人。後來找到“月”字旁，周恩來再次給黃永勝看，黃即癱坐在沙發上。（參閱劉懋功：《夢回吹角連營》，中共黨史出版社；曲愛國：《百戰將星——吳忠》，解放軍文藝出版社）9月13日深夜，得到林彪出逃消息的許世友立即將軍區副司令員肖永銀叫到自己家裏——中山陵8號，原為孫中山之子孫科的私宅。這裏的客廳特別大，住一個排的士兵也不會顯得擁擠；樓上的臥室也特別大，足有七八十平方米。但房裏空空的，牆皮都開始剝落。許世友站在臥室門口等候肖永銀，一見麵就神秘地說：“剛才中央辦公廳打來電話，說中央跑了個大飛機。向哪個方向跑了不清楚。中央命令我們嚴密監視，如果落在我們這裏再不準起飛。我們所有的飛機不準上天，所有的艦船不得出航。不準跑掉一架飛機，不準跑掉一隻船。”
肖永銀立即趕到值班室，向下屬單位發出命令，要求所有飛機、艦船一律停航。
林彪出逃墜機身亡之後的第三天，許世友被毛澤東、周恩來秘密召進北京。
毛澤東叮囑他不要乘飛機而是坐火車。半夜2點，他又秘密回到南京。十幾分鍾後，守在作戰部的肖永銀再次被召進許世友的家。