第二階段，20世紀80~90年代，防洪體係建設從以大規模的防洪工程建設向加強管理的階段轉變。由於70~80年代，我國氣候總體上處於一個偏旱的時期，加之80年代實施改革開放政策之後，百廢待舉，防洪工程建設速度緩慢下來，開始強調防洪體係從大規模建設逐步向加強管理轉變。但當時的管理還隻是停留在狹義的工程管理上。80年代後期，隨著《中華人民共和國水法》《中華人民共和國河道管理條例》等一係列法規政策的出台，防洪工作逐步走上依法治水的階段。
第三階段，1998年大洪水後至今，進入以可持續發展的思想指導江河防洪減災體係建設階段。隨著社會經濟的高速發展，全社會對江河的防洪保安、水資源合理開發與綜合利用、水環境與生態係統的保護提出了更高要求，我國防洪減災工作從以控製河勢、穩定流路、防洪工程措施為主的模式逐步向以流域可持續發展為宗旨，合理調節人與自然的關係，減輕洪水災害與保護生態環境並舉的綜合防洪減災體係轉變，要從無序、無節製地與水爭地轉變為有序、可持續地與洪水諧調共處。2003年起，水利部與國家防總進一步提出中國的防汛抗旱工作要“堅持防汛抗旱並舉，實現由控製洪水向洪水管理轉變，由單一抗旱向全麵抗旱轉變，為我國經濟社會全麵、協調、可持續發展提供保障”，並明確指出今後一個時期防汛抗旱工作的目標是“實現工程標準化、管理規範化、洪水資源化、技術現代化和保障社會化”。水利部提出到21世紀中葉，要“建立較為完善的防洪安全保障體係”。
我國洪水災害的防治特點
我國是世界上遭受洪澇災害最為頻繁的國家之一。據曆史資料的不完全統計，從公元前206年到公元1949年，我國共發生大水災1092次，平均每兩年就有一次大水災。因此，我們的祖先留下這樣的古訓：“治國必先治水！”新中國成立後，黨和政府都高度重視治水工作，動員億萬群眾積極進行江河治理和防洪建設，取得了巨大成就，改變了舊中國那種洪水肆虐、民不聊生的局麵。但是，還應清醒地看到，在我國經濟發展中，水患作為中華民族的心腹之患仍未解除，防洪仍是極其重要的問題，它已成為將自然環境、技術科學和社會經濟緊密聯係在一起的龐大複雜的係統工程。
洪災的防治現狀
（1）截至2006年年底，我國已建成各類水庫85874座。其中，大型水庫479座，中型水庫3002座，小型水庫82393座。總庫容5974億立方米，這對各級河道的洪水都起到了不同程度的控製和調節作用。在抗禦1998年長江洪水的鬥爭中，湖南、湖北、江西、四川、重慶5省市的700多座大中型水庫參與攔洪削峰，攔蓄洪量達300多億立方米，為奪取抗洪鬥爭的全麵勝利發揮了重要作用。許多水庫采取了超常調蓄措施。例如，丹江口水庫蓄洪超過汛限水位5.65米；隔河岩水庫7度蓄水超過正常高水位，甚至逼近了水庫校核水位。這些措施對防洪作用明顯。據資料統計，1996~2005年，全國水庫累計攔蓄洪水2800億立方米，減免農田受災麵積2588萬公頃，減免受災人口4.6億人次，減免直接經濟損失9000億元。
這些控製性水庫工程，不僅本身起到顯著調節洪水的作用，而且對所在河流整個防洪係統調度運用的可靠性和靈活性起到了保障作用，為防汛搶險創造了有利條件。
（2）目前，全國已建成江河堤防27.75萬千米，保護人口5.13億，保護耕地4400萬公頃和100多座大中城市。這些堤防是我國精華地帶防洪安全的屏障，是全國防洪係統的重要組成部分。堤防一般隻能解決常遇洪水，對於較大稀遇洪水，還必須和水庫或分蓄洪區聯合運用。
（3）我國在長江、黃河、淮河、海河四大流域共辟有97個分蓄洪區，總麵積3萬多平方千米，分蓄洪能力達1000多億立方米。1998年長江大水後，黨中央、國務院做出了平垸行洪、退田還湖、移民建鎮的重大決策。實施平垸行洪、退田還湖，可解除常遇洪水下洲灘民垸上居民的洪患危害，減輕防汛壓力和政府救災負擔，並可增加江湖行蓄洪能力。通過實施四期的移民建鎮工程，共平退了1461個圩垸，可退還江湖麵積約4152平方千米，增加蓄洪容積164.5億立方米。它們作為犧牲局部保全大局的主要措施，在整個防洪係統中占有重要地位。
（4）全國大力推行水土保持。水土保持是指在各水係的上中遊地區，在山頭封山育林，在陡坡退耕還林，在山坡修建梯田，在溝底修建塘壩從山上到山下，層層有攔蓄工程，把天然降水、地表徑流最大限度地攔蓄起來，既可以發展灌溉又可以減輕下遊洪水的壓力。截至2005年底，全國累計水土流失治理保存麵積達到92萬平方千米比“九五”期末淨增9萬平方千米。水利部先後在29個省、198個縣開展了水土保持生態修複試點工程；全國有20個省、136個地（市）、697個縣出台了封山禁牧政策。現有水土保持措施每年可減少土壤侵蝕15億噸，增產糧食180億千克，五年間全國有1200多萬人通過水土保持解決了溫飽，生態自我修複已成為水土保持工作的核心理念。