不同的時代都有人圍繞著忽必烈大軍東征日本失敗這個問題從不同角度開展研究。請百度搜索151+看書網特別是對受此係列事件影響最為深遠的日本來說，更是有很多人致力於這一段曆史的研究，並取得了非常豐碩的成果。但這些成果的出現，反而使得這個問題更加撲朔迷離。
上個世紀五十年代，在日本福岡氣象台工作的一個名叫荒川秀俊的氣象學家也來湊熱鬧，從氣象學的專業角度提出，文永之役發生在公曆的十一月——而在這樣的晚秋初冬時節，北九州是不可能出現大風暴的，人們之所以說元軍是敗於大風暴，那是因為人們把元軍的兩次入侵搞混了，因為第二次東征日本的元軍是敗於風暴，就誤以為文永之役也是敗於風暴，然後更是以訛傳訛，最後竟然成了舉世公認的觀點。他得出這樣的結論的根據就是多年以來北九州地區的氣象學統計資料。
之後又有學者對荒川秀俊發表觀點之後的台風情況進行了統計——在1946年到1994年這近半個世紀的時間裏，一共有157次台風登陸日本列島。其中，在月份上與文永之役中元軍的敗退月份比較接近的僅有兩次，一次是1988年十月十七日發生在九州南部的鹿兒島縣枕崎市，一次是1990年十一月三十日發生於本州和歌山縣白濱町。這些氣象統計資料進一步證明了荒川秀俊觀點的“正確性”。如果如此之低的概率都讓元軍不幸地遇到了，那可真是日本人撞了大運。
但問題並沒有得到解決，更多的重量級專家學者站出來反對荒川秀俊的說法，提出了自己的主張，結果形成了百家爭鳴的局麵。
讀賣新聞社出版的《日本的曆史》和中村榮孝的《日鮮關係史研究》都認為，元軍敗退雖然不是因為台風，但也確實與風有關，而且進一步提出這能把東征艦隊吹得七零八落的怪風正是日本海上冬季常見的來自東亞大陸的旋風。
龍肅批評荒川秀俊以最近幾十年的氣象統計情況來倒推六百年前的氣象情況，是明顯的刻舟求劍，外行人的做派。
國學院大學教授八代國治在《關於蒙古襲來的研究》中極力強調要重視與事件同時代產生的曆史資料，對《堪仲記》大加褒獎，他的徒子徒孫們也以此反對荒川的理論。
築紫豐根據編纂於江戶幕府時期元祿年間（1688-1704）的《西大敕諡興正菩薩行實年譜》的相關記載，在他的論文《文永之役的神風與敵國降伏的宸瀚相關》中提出，十月二十一日從博多灣消失的元軍其實是主動撤退的，但不幸的是在航海途中於十一月五日在對馬海峽遭遇了猛烈的台風。持類似觀點的還有九州大學教授川添昭二和真鍋大覺。
真鍋大覺在綜合研究了屋久島上杉樹的年輪、有明海的地層，以及1900年到1950年的台風記錄等之後認為，新曆八月中旬，標準型台風由屋久島向九州北部推進的最大風速為55。6米每秒。文永之役中元軍艦隊所遭遇的不是台風，而隻能算是大風，因為其博多灣內風速隻有18米每秒，博多灣外的風速則達到了大約30多米每秒。大風剛吹起來的時候，東征艦隊借風開始撤退，誰料駛出博多灣以後陡然遭遇大風，猝不及防，遭受了損失。
研究還在繼續，爭論仍將繼續。
新的技術手段層出不窮，新的研究視角也不斷湧現，但爭論絲毫也沒有要停止的跡象。也許，文永之役東征軍是否遭遇台風會成為一個永恒的曆史之謎。
盡管目前尚無定論，但在前麵的章節我仍舊是按照幾百年來大家普遍認同的說法來講述故事。畢竟我們的故事得講圓滿不是？寫個東征大軍撤退的情節也搞他十幾個不同版本出來，那不是太狗血了？估計到時候哪怕講故事的我沒有吐，聽故事的你都要吐了。
雖然說曆史已經發生，沒有假如，也不能假設，但接下來，我們不妨故意大膽假設一下，如果沒有遭遇那場傳說中的風暴，這次東征的結局又將如何？
當然，要想說清楚這個問題就不能僅僅停留於戰術層麵，而應該上升到戰略層麵，即忽必烈發動這一次東征的主要寓意何在。
在前麵的章節裏我們已經探討過忽必烈詔諭日本的目的，那麼忽必烈發動這次軍事行動的目的顯然與詔諭日本的目的相一致，或者說，這次的行動雖然看似與和平詔諭日本的初衷相去甚遠，甚至南轅北轍，背道而馳，實際上卻是直接為和平詔諭日本的目的服務的。