自科層組織誕生以來，對於其功能和作用就一直有爭論。持批判意見的人認為，既要指望人們隻做到服從命令，同時又希望他們承擔應承擔的一定責任是非常困難的。他們認為，由於受到組織中各部門之間的目標衝突和管理者個人的局限等方麵的原因，造成組織更多是表現為一個競爭性和多種相互衝突利益的聯合體，因此科層製並不是理性的組織類型。法國著名社會學家米歇爾·克羅茲耶在實證調查分析的基礎上指出，科層製組織中的每個管理者都麵臨著集權和放權的兩難困境：在集權的情況下，管理者由於無法掌握大量的第一手信息而無法做出最優決策；反之，在授權的情況下，由於難以保證被管理者會把組織目標最大化作為決策的標準，同樣也難以做出最優決策。其結果必然是：要麼管理者失去對下屬的控製權力，隻能夠對其進行監督；要麼下級因受製於規則而失去與對上一級管理者談判的權力。這也就是我們經常談論的：決策的人並不直接了解他真正應該要解決的問題，知道應該如何解決問題的人又沒有決策的權力。因此科層製是一種低效率的組織形式。美國哈佛大學經濟學家哈維·萊本斯坦認為，科層製組織會導致組織的非X效率。所謂非X效率，是指組織因錯過利用現有資源的機會而造成的某種類型的低效率。造成這一現象的原因是由於完全或部分地缺乏力所能及地和有效地利用各種經濟機會的能力。他把企業組織內部的人力資源要素稱為影響企業經營的X要因和X效率(X-Efficiency)，與其他的物質要素相比，具有較大的不確定性。他指出，組織員工的工作努力水平(X要因)由其勤勞意願決定，由於各種因素的製約，員工不一定能夠發揮出最大限度的努力，其發揮作用的最大努力與現實的差距就是非X效率。科層製組織中員工在組織認同感、信任、工作動機、協調、信息和目標等方麵的分化以及由此形成的不同的利益團體和關係網，是非X效率產生的主要原因。非X效率可能來自企業組織內各種慣例的束縛、作業團隊內同事的牽製、科層製組織結構對信息的扭曲和反應遲緩等多個方麵，從而使企業組織無法達到理論上的效率。美國著名組織行為理論家沃倫·G·本尼斯反對科層製組織的態度可以說達到了頂峰。他指出，科層製組織是在穩定和可預見的環境中發展起來的，而現在的環境變化常常無法預期。環境的變化給科層製組織帶來的問題是不可逾越和無法避免的，這預示著它的末日來臨了。他認為，科層製組織根本不能適應專業人員力量的增長、參與式管理的發展和快速的組織變遷，並預測：“在未來的25至50年間，我們將加入為科層製組織送葬的行列。”
盡管如此，仍然有不少人表示支持科層製組織結構。美國社會學家羅伯特·K·默頓雖然認為科層製組織存在著組織內部各部門的自我保護行為，表現為組織整體可能出現低效率，但科層製組織結構一般有助於管理效率的提升。他指出：科層製組織強調紀律就是效率，社會結構的效率最終依賴的，是帶著合適的態度和情感並受到鼓舞的團體參與者……這些情感常常比技術要求更令人緊張。因為模式化的職責對科層人員來說就是情感壓力，而這樣的壓力是有安全線的；而且將導致情感從組織的目標轉移到組織所要求的細節。規則原本是手段，現在卻變成了終極目標。在此情況下，紀律(或規則)不被看成是針對具體目的的手段，而是變成了科層製人員的直接價值觀。美國社會學家麥爾文·科恩也發現，科層製原則嚴格組織的員工，比未形成科層製度組織的員工頭腦靈活，思想開明，自覺性強。科恩發現，這種科層製原則嚴格的組織對員工教育背景要求較高，同時也提供了更多的工作保障、較高的工資以及複雜的工作。這說明，工作條件與人們的心理活動是相互影響的。對員工個人來說，在科層製組織中工作，並不一定都是令人窒息的，而往往意味著富有挑戰性的工作和晉升的機會。
綜上所述，盡管學者和專家們對科層製組織結構有各種各樣的觀點，但在實踐中，科層製組織結構得到廣泛應用卻是一個不爭的事實。我們認為，組織結構的設計不僅要考慮結構本身的效率和合理性，還要考慮組織的複雜性以及組織成員的綜合素質。也就是說，任何一種組織結構的效率不僅取決於結構本身，還取決於組織成員的狀況。因此，組織結構設計必須考慮結構與“人”的和諧搭配。
1.3.321世紀的組織形態
為了提高組織的靈活性和反應程度，從上個世紀開始，出現了許多新的工作形式，包括矩陣結構、工作團隊形式和網絡組織等。鑒於矩陣結構和工作團隊形式已經非常流行，這裏隻對網絡組織形式做較為深入的討論。