其特點與以技能為基礎的薪酬製度一樣，也是按照員工擁有並經過鑒定的能力支付工資，而不考慮他們從事的具體工作。因為建立在能力基礎上的薪酬製度也同樣認為，具備了這些能力，能夠支持組織目標，以及使工作流程更加容易與人員的配備水平相匹配。
按照員工的能力支付薪酬，一種常見的方法是個人發展階段法。即把人的能力發展分為四個階段：第一是學習階段，這個階段的主要任務是學習掌握工作的基礎知識，在此基礎上向高一層次的知識積累發展；第二是應用階段，即將工作中積累的經驗和獲得的知識應用於實踐；第三是指導階段，即將自身的工作經驗向員工傳授；第四是領導階段，以領導者和管理者的身份進行戰略和策略的決策，以能力和經驗促進組織的發展。調查表明，在一家公司中，大約有75%的員工處於前兩個發展階段，25%處於後兩個階段。而且各個階段要求的能力具有明顯的區別，比如，第一和第二階段注重技術和操作能力，第三階段注重經營和人際關係能力，而第四階段則要求有很高的理論和決策能力。建立在這種方法基礎上的薪酬決策的步驟主要是：首先，根據組織戰略的要求，提出所需要的能力體係；其次，對所需要的能力進行劃分和鑒定，比如可以將這些能力按照重要性程度劃分為基礎能力、核心能力和決策能力；最後，在此基礎上，按照能力的重要性程度賦予不同的權重，將已確定的薪酬總額在這些經過鑒定的能力範圍中進行分配。
總的來講，以能力為基礎的工資製度與以技能為基礎的工資製度大致相同，如都要先根據組織需要對能力進行定義和評價，也要劃分能力的等級，但這兩種方法存在兩個較大的差異：一是標準的可測量性；二是能力需求的判斷難度。這兩種差異都使能力的鑒定和建立在能力基礎上的薪酬支付製度在實施上非常困難。首先，技能本身是比較具體的和可以測量的，而能力則比較抽象和難以測量。一般來講，個人的能力主要存在於五個領域，即所謂的“冰山模式”：技能（專業知識的反映）、知識（信息的積累）、自我意識（態度、價值觀、自我形象）、性格（處理問題的方法）、動機（驅動行為的想法）。在這五個領域中，隻有技能和知識是可以觀察到和進行鑒定的，而自我意識、性格和動機則很難識別和進行準確的判斷。由於難以判斷和把握，也就難以鑒定這些能力並根據這種能力支付薪酬。其次，就能力需求的判斷難度看，在大多數情況下，我們都很難準確判斷某項工作究竟需要何種能力。特別是對於那些技術性很強的職位來說，對能力的判斷往往不準確。比如，對一個監理公司的工程師來講，具備一定的有關建築、公路或橋梁的專業能力是很重要的，但認真分析一下會發現，監理工程師們的主要工作除了依據合同對產品的質量、工期等進行監督外，有大量的時間是在與投資方和承包商就產品的質量、工期，甚至付款等事項進行協調，也就是說，他們還充當投資方和承包商之間溝通的角色。因此，一個優秀的監理工程師，還需要具備很強的人際溝通能力，有很好的人緣。這些能力和人緣對於監理公司的績效無疑具有重要意義。如果缺乏對這些能力的鑒別，工程師們的績效導向就會出現誤差，從而最終影響組織的績效。同樣，如果一家計算機軟件公司一味強調計算機軟件人員的邏輯、數學以及編程方麵的技能，而忽略以市場和顧客需求為導向、以自身的技術優勢幫助客戶提高價值的能力，顯然它所提供的軟件產品和服務也一定是有問題的。此外，與能力有關的薪酬還不能夠代替傳統的薪酬方法，因為按能力支付工資，仍然需要進行職位評價。這些也都說明了以能力為基礎的薪酬製度的不成熟性。
本章案例討論：亞馬遜書店的薪酬激勵
亞馬遜書店是世界上最大的網上書店，公司成立於1994年，其業務包括銷售書籍、出售CD、在線音樂商店、兼賣錄音帶和錄像帶等。公司的銷售額1995年為51萬美元，1996年和1997年分別達到1600萬美元和近1.5億美元，1998年第一季度的銷售收入達到了8740萬美元，比1997年同期增長446%。公司的客戶也從1997年的34萬人劇增到1998年的220萬人。