由憎恨變種人的威廉·史崔克上校暗地裏發動的刺殺總統事件是第二部劇情開始的標誌。這件事在盧克的‘變種人崛起計劃’進行到一半的時候開始了。
因為某些原因，電影版的《X戰警》並沒有交待故事的具體時間，不僅第一部是這樣。第二部也一樣沒有具體說明，第二部和第一部的時間跨度按盧克的估計至少有半年到一年。因為連火人約翰的扮演者都從一個青蔥的二逼少年長成了一個帥氣的小夥，即使是在擁有傳說中的二次發育的歐美人種裏，這樣的變化至少也要半年甚至一年——我就不說是換演員了。
至於另外的證據，第一部的劇情中，金剛狼和羅刹女遭遇劍齒虎的襲擊，卻被老謀深算的光頭教授安排暴風女和鐳射眼順利截胡，戰鬥的地點雖然在加拿大和美國的邊境，但是很明顯的，那時候還在下雪。至於第二部的劇情，**部分也發生在漫天風雪的時候，萬磁王還在洪水來臨之前把脫離大部隊——雖說隻有兩個人，還是留守人員——一個人呆在雪地裏的火人約翰帶走，導致這個本來就智商不太高情商更是低於正常水平的二貨反骨仔在第三部成為反派一方。
本來按照盧克的估計，第二部的劇情至少也要到10月份之後加拿大開始下雪才進入正軌。而且這一次沒有萬磁王的被抓，估計作為大BOOS的威廉·史崔克估計沒有情報來源去仔細了解藏在學校的大規模殺傷性武器——腦波強化儀，劇情走向估計會有變化。
盧克的變種人崛起計劃也是按照一年左右的時間去安排的，等到變種人一方擁有了可以自保的武力支持，有光頭教授查爾斯和萬磁王艾瑞克兩個四級變種人壓陣。集齊了包括金剛狼在內的老牌戰警們以及沒有被幹掉的劍齒虎和蛤蟆，甚至還有包括自己在內的新一代的戰警們，這份戰鬥力至少可以改寫劇情走向把變種人的未來掌握在自己一方手中。
到了那個時候，威廉·史崔克即使擁有百合子這樣的高端戰力和軍隊的支持，甚至他那個還有被改造的和光頭教授一樣隻能坐輪椅的兒子——變種人143號，估計也隻能在己方的高手群體的壓製下飲恨敗北。而作為第三部的最終BOOS的黑鳳凰也沒有被大水衝走的機會，即使之後覺醒了，有腦波強化儀這樣可以進行種族大屠殺的超級作弊器存在，也不是沒有一戰之力。
雖然《X戰警》繼承了美漫特有的吊炸天的設定風格，按說鳳凰之力的級別甚至要和滅霸、星球吞噬者之流近似，但是承襲了同樣吊炸天設定的還有冰人鮑比這樣號稱可以製造宇宙最低溫的逆天角色，以及據說可以引起太陽風暴的暴風女，還有準備充分了可以逆轉地球磁極的萬磁王。有這三位存在，即使黑鳳凰真的要滅世，估計也不是這麼簡單的事情。操作好了甚至可以把黑鳳凰也拉到變種人一方，到那時，盧克的變種人崛起計劃才真的進入正軌。
不過，顯然盧克的存在還是嚴重幹擾了劇情的正常發展，因為萬磁王沒有被抓，導致劇情也跟著改變了，讓威廉·史崔克提前發動了他的計劃。隻是不知道這次他會利用什麼作為最後的殺手鐧，畢竟可以瞬殺所有變種人的武器除了堪稱作弊器的腦波強化儀之外，還真的沒有什麼其他選擇了。
因為突發的‘白宮刺殺事件’，光頭教授召回了幾乎所有的X戰警，除了已經前往加拿大尋找自己丟失的記憶的金剛狼外，就連盧克他們這些新生代的戰警們也全部結束了實習生涯。而同時的到消息的萬磁王也做出動作，緊急召回了得力助手魔形女，安排她繼續以凱利參議員的身份潛入政府內部配合已經被光頭教授策反的一些人給變種人們爭取更多的時間順便提供情報。正在主持變種人兄弟會招募事宜的蛤蟆和劍齒虎也停止了暗地裏的招募，抽身回到學校聽候指派。
所有人到齊之後，對這次突發事件的處理會議在學校地下的會議室展開了。盧克作為‘變種人崛起計劃’的策劃者和重要參與者，在光頭教授介紹完了當前的嚴峻形勢之後，就把會議的主導權交給了他，培養他的意思不言而喻，萬磁王這個暫時沉迷科學研究的大拿也沒有反對，反倒樂見其成。
“情況很嚴峻，這次的刺殺事件把我們和普通人的對立再次加深，估計變種人注冊法案會很快落實。不過這不是我們麵臨的主要問題，現在的當務之急是找出刺殺者，以及他背後的勢力。如果放任這樣敵我不明的勢力繼續活動，我們的計劃會受到很多阻礙。