西南紛擾不定，關外也發生了變化，先是黑龍江，然後是吉林。黑龍江的督軍兼省長畢桂芳，原是旗人，後來改入直隸籍，是個外交人員出身，曾擔任清國駐俄公使館隨員。
畢桂芳兩大特色，一是怕太太，唯太座之命是從；一是萬事不打理，綽號“畢不管”。他雖然萬事不管，可是他有官運，官運亨通，一步一步爬到了黑龍江省長地位。袁世凱去世時，黑龍江將軍朱慶瀾被軍務幫辦逐走，段祺瑞便以省長畢桂芳兼署督軍。
６年６月，督軍團紛紛獨立時，黑龍江軍務督辦許蘭洲也宣布獨立，他不是對中央，而是對畢督軍。畢桂芳向他進行商談，願以省長相讓而留任督軍。許的意思也想要督軍，以討價還價，結果許願任省長兼師長，但又聽說畢調兵自衛，馬上翻臉，限畢２４小時內離省。段內閣對畢、許之爭本無所謂，亦無心袒畢，但他不歡喜犯上作亂，所以電召許入京一談。許回電說：“黑龍江有兩個宗社黨徒，是畢桂芳和巴英額，職須留此撲滅匪類”。
畢桂芳發表寒電下野，推許代理，段祺瑞並不接受畢的推舉，６年７月２６日，發表鮑貴卿為黑龍江督軍，命許仍回幫辦原任。許趕走了畢桂芳，自己卻登不上督軍寶座。
鮑貴卿是安徽人，和段祺瑞同鄉，又是奉天督軍張作霖的親家，從此黑龍江便成為“奉天王國”的屬地了。
１０月１８日，北京政府調任吉林督軍孟恩遠為誠威將軍，調察哈爾都統田中玉為吉林督軍，以張敬堯繼田中玉為察哈爾都統。孟恩遠字曙村，天津人，小站練兵入伍，１９０４年任吉林巡防軍管帶，民國２年逐走吉林都督陳昭常，取得吉林省軍政大權。督軍團鬧事時，他因年齡最長而被推為領銜人，大家尊呼他為孟大哥。他也和畢不管差不多，會寫一個“虎”字，督署的事，內事交給女婿陸承武，外事交給外甥高士儐，高是督署參謀長。孟大哥的調動，是和張作霖有關的，據說張作霖檢舉孟在複辟時期曾接受吉林巡撫偽職。事實上張作霖這時已是關外王了，自不願意吉林有這位老大哥在臥榻之傍。
孟恩遠早聽到一些風聲，曾派秘書戴藝簣到北京馮國璋處打聽虛實，馮說沒有這回事，勸孟不要聽謠言。可是不久謠言成了事實，孟接到命令後大為光火，便打電報質問內閣調動的理由，限三日內答複，否則吉林便宣布自主。
段祺瑞正全力對付南方，所以希望東三省不要出麻煩，他打算提升張作霖為東三省巡閱使，由他處理吉林督軍，升任第２９師師長吳俊升為黑龍江督軍。
東北戰爭一觸即發祺瑞向湖南用兵時，馮、段之間的分裂表麵化了。馮國璋不同於黎元洪的是他在北洋軍係中有地位，有兵權，還有長江三督為後盾。
馮國璋的第一道本錢是江蘇督軍李純，馮國璋做了總統後，曾表示尊重責任內閣製，對於段用人行政和決策的決定都不幹涉，段祺瑞對馮國璋在態度上也比對黎元洪時好得多。可是他們是兩個實力派，馮國璋頗有心機，段祺瑞則剛愎自用，馮國璋當然不願意做一個和黎元洪一樣的受氣總統，段祺瑞則決不肯放棄半點權力，因此兩人的爭執，一樣尖銳化。
爭執的第一遭，是軍權，這也是曆來總統、總理間的爭執焦點。馮就任不久，就想恢複“大元帥陸海軍統率辦事處”，段當然不肯同意。段在國務院設立了“參陸辦公處”，以取代袁世凱時代的“統率辦事處”。
馮要過問全國大事，不願做有名無實、像個泥塑的大總統，段在這一方麵總算讓了步，自６年１０月８日起，每天派一位官員向總統報告政情。
可是，總統、總理之爭，不是表麵的，或是一件事情上讓一點步就可以和緩，於是權力之爭使這兩位北洋巨頭，裂痕愈來愈大......
北京方麵鉤心鬥角，廣州方麵也亂了起來！
在廣州軍政府成立後，孫中山曾令鄧耀為廣東招撫局長。１２月４日，孫中山飭令鄧耀停止招撫，所有該局派出人員悉數撤回。為擴充軍政府軍隊，孫中山還派出專員到粵省各縣征募民軍。
１１月１２日前，就已派出３０餘名專員到各處招兵。規定帶槍士兵來投奔的每月軍餉１５元，未帶槍來投奔的每月軍餉１０元，此時已花招兵費５０００元。