儲運部門在驗收商品時，如發現實收商品與供貨單位專用發票（發貨聯）上所列數量不符時，必須會同運輸單位進行核對，做好鑒定證明，以便查明原因後進行處理，並在“收貨單”上注明實收數量，填製“商品購進短缺溢餘報告單”一式數聯。其中一聯連同鑒定證明送業務部門，由其負責處理；另一聯送交財會部門，審核後作為記賬的依據。
購進商品發生短缺的核算：
購進商品發生短缺時，在查明原因前，應通過“待處理財產損溢”賬戶進行核算。查明原因後，如果是供貨單位少發商品，經聯係後，可由其補發商品或作進貨退出處理；如果是運輸途中的自然損耗，則應作為“營業費用”賬戶列支；如果是責任事故，應由運輸單位或責任人承擔經濟責任的，則作為“其他應收款”處理；如由本企業承擔損失的，報經批準後，在“管理費用”賬戶列支。
例：上海煙糖公司向哈爾濱煙糖批發公司購進綿白糖8000千克，每千克3，50元，計貨款28000元，增值稅額4760元，運費600元，采用托收承付結算方式。
（1）10月15日接到銀行轉來的托收憑證及附來專用發票（發票聯）、運費憑證，經審核無誤後，予以承付，作分錄如下：
借：物資采購--哈爾濱煙糖批發公司28000。
應交稅費--應交增值稅（進項稅額）4820。
營業費用--運雜費540。
貸：銀行存款33360。
（2）商品到達後，儲運部門驗收時，實收7956千克，發現短缺44千克，計貨款154元，填製“商品購進短缺溢餘報告單”。
財會部門根據儲運部門轉來的“收貨單”及“商品購進短缺溢餘報告單”，複核無誤後，結轉已入庫的商品采購成本，並對短缺商品進行核算，作分錄如下：
借：庫存商品--食糖類27846。
待處理財產損溢--待處理流動資產損溢154。
貸：物資采購--哈爾濱煙糖批發公司28000。
（3）經聯係後，查明短缺的綿白糖中，有40千克是對方少發商品，已開來退貨的紅字專用發票，應退貨款140元，增值稅額23，80元；另外4千克為正常損耗。作分錄如下：
借：應收賬款--哈爾濱煙糖批發公司140。
應交稅費--應交增值稅（進項稅額）23，80。
營業費用14，00。
貸：待處理財產損溢--待處理流動資產損溢177，80。
購進商品發生溢餘的核算：
購進商品發生溢餘，在查明原因前，應通過“待處理財產損溢”賬戶進行核算。查明原因後，如果是運輸途中的自然升溢，應衝減“營業費用”賬戶，如果是供貨單位多發商品，可與對方聯係，由其補來專用發票後，作為商品購進處理。
例：上海煙糖公司向廣州煙糖公司購進白砂糖12000千克，每千克3元，計貨款36000元，增值稅額6120元，運費800元，采用托收承付結算方式。
（4）接到銀行轉來的托收憑證及附來專用發票（發票聯）和運費憑證，經審核無誤後，予以承付，作分錄如下：
借：物資采購--廣州煙糖公司36000。
應交稅費--應交增值稅（進項稅額）6200。
營業費用--運雜費720。
貸：銀行存款42920。
（5）商品到達後，驗收時實收12110千克，溢餘110千克，計貨款330元，財會部門根據儲運部門轉來的“收貨單”及“商品購進短缺溢餘報告單”，經複核無誤後，結轉入庫商品采購成本，並對溢餘商品進行核算，作分錄如下：
借：庫存商品--食糖類36330。
貸：物資采購--廣州煙糖公司36000。
待處理財產損溢--待處理流動資產損溢330。
（6）經聯係後查明溢餘的白砂糖中，有100千克是對方多發商品，已補來專用發票，開列貨款300元，增值稅額51元，現作為商品購進，彙付廣州煙糖公司價稅合計351元，其餘10千克係自然升溢，作分錄如下：
借：待處理財產損溢--待處理流動資產損溢330。
應交稅費--應交增值稅（進項稅額）51。
貸：銀行存款351。
營業費用--商品損耗30。
5，購進商品發生拒付貨款和拒收商品的核算。
批發企業從異地購進商品，對於銀行轉來供貨單位的托收憑證及其所附的專用發票（發票聯）、運費憑證等，必須認真地與合同進行核對，如發現與購銷合同不符、重複托收以及貨款或運費多計等情況，應在銀行規定的承付期內填製“拒絕承付理由書”，拒付貨款。對於與購銷合同不符或重複托收的，應拒付全部托收款；對於部分與購銷合同不符的，應拒付不符部分的托收款；對於貨款或運費多計的，則應拒付多計的數額。企業在提出拒付款項時，應實事求是，不能因供貨單位的部分差錯而拒付全部貨款，更不能借故無理拒付貨款，從而損害供貨單位的利益。
對於供貨單位發來的商品及隨貨同行的專用發票（發貨聯），同樣要與購銷合同進行核對，並要認真檢驗商品的品種、規格、數量和質量，如有不符，可以拒收商品。在拒收商品時，應由業務部門填製“拒收商品通知單”，盡快通知供貨單位，並需填製“代管商品收貨單”一式數聯，其中兩聯送交儲運部門。儲運部門驗收後，加蓋“收訖”戳記，將其數量做賬外記錄，並將拒收商品妥善保管，與庫存商品分別存放，不能動用。一聯由儲運部門轉交財會部門，據以記入“代管商品物資”賬戶的借方。