在國家轉型期和新農村建設時期，農村組織，尤其是傳統基層組織與其他組織間的關係，因為是對一種生產關係如何影響生產力的研究，越來越成為學界和社會普遍關注的問題。
1.1研究的背景和意義黨的十六大提出了全麵建設小康社會的發展目標，並把社會更加和諧作為重要建設的目標之一；黨的十六屆四中全會在科學發展觀的指導下，明確提出了構建社會主義和諧社會的宏偉藍圖；2005年2月和6月，胡錦濤總書記先後兩次在中央黨校舉辦的“省部級主要領導幹部提高構建社會主義和諧社會能力”專題研討班上，全麵闡述了構建社會主義和諧社會的時代背景、重大意義、科學內涵、基本特征、重要原則和主要任務等，並提出把和諧社會作為今後發展的主要目標。麵對中國目前發展麵臨的主要問題，如農業、農村、農民問題等，2005年底國家又提出了以“生產發展、生活寬裕、鄉風文明、村容整潔、管理民主”為目標的新農村建設，並把它作為和諧社會建設的一項重要內容，寫入2006年初的中央一號文件中。可見，新農村建設已成為國家關注的熱點問題中的熱點。
全國上下之所以如此重視新農村建設，主要就是因為目前農村麵臨著眾多非解決不可的問題，如農民的養老問題、醫療問題、農民的權益得不到保障問題等。毫無疑問，這些問題的解決離不開農村的各級各類組織。事實上，中國的農村組織也不少，如村委會、黨支部、專業經濟合作組織以及宗族等。那麼，為什麼這些問題反複成為社會的焦點，問題的解決一直麵臨困境？我們認為，這主要是因為農村組織之間形式上雖有明確分工，但在現實中各組織的運行目標和行為規範不很明確，無法完全行使各自的職權，從而導致在這些組織運作的過程中產生各種衝突，降低了組織效能。也就是說，農村組織在運作過程中的矛盾與衝突，是當今建設新農村以及構建和諧社會的一大障礙。
1.1.1研究的實踐價值本研究在國家的新農村建設時期、在國家的和諧社會構建時期，有著很大的現實意義和實踐價值。
1.研究農村組織結構同時具有解釋和建構的理論與現實意義。正如學者李遠行（2004）所說：農村組織研究同時具有理論和實踐的意義，即解釋與建構。我們認為，對農村組織及其關係的研究，不僅有助於我們對農村現狀的了解，更重要的是看到問題背後的原因，從而為構建新的鄉村治理結構提供可以參考的模式。
首先，對農村組織的研究，可以解釋目前農村權力與權威的狀態。農村問題更多的是農民與國家的問題，農民的經濟問題也都是和政治有關的。農村現在麵臨著權力與權威的真空。認識農村基層的組織形態，分析村落社會權威結構與國家政權組織權威結構的關係，研究促進農村發展或阻礙農村落後地區發展的權力、文化和意識形態等因素，是農村組織研究的重要目的與內容。
其次，對農村組織間衝突與協調關係的研究，可以為建構新的組織模式提供參考。在“十一五”規劃中，關於“三農”問題的政策貫穿了三條主線，其中最重要的一條就是結構的變遷。這個結構既包括產業結構，也包括組織結構。組織結構的變遷就是農村組織間關係的動態平衡。目前，中國農村基層組織的發展態勢是:正式組織呈現衰落趨勢，非正式組織漸趨興起，非法組織若隱若現（童廬、吳從環，1998）。可見，對農村組織結構的研究的確已經迫在眉睫了。通過對農村組織運作過程中衝突與矛盾的分析，構建一種協調而有序的農村組織形態，是新農村建設時期不可缺少的課題之一，也是構建和諧社會的基礎。
2.對農村組織的宏觀研究，可以拓展看問題的視野，為更好地解決農村的矛盾與問題提供良好的視角。目前，研究者們已經意識到需要從更廣闊的視野來研究農村問題。正如學者曹錦清所言：“三農”問題研究進展到目前這一階段，的確應該就一些重大的方法論問題進行討論，或者說，應該把“三農”問題列入一個更大的範圍中加以思考（曹錦清，2004）。學者秦暉也認為，沒有什麼“三農”問題，隻有農民問題，農民問題也不是種田人的問題，農民問題實際上是在農村之外的問題（秦暉，2005）。
本研究就是從更宏觀的視角看農村組織問題，包括兩個方麵：一是從縱橫兩個方向對農村組織的研究，正是要在固定的切入點之下，試圖對中國農村問題有個宏觀的審視。所謂的縱向是指從中央、地方政府到鄉鎮的大背景看問題；橫向是指農村組織的關係。二是運用政治學、社會學與經濟學的方法與視角，多維地審視鄉村組織未來的治理格局。
3.改革鄉村治理模式，已經成為促進鄉村發展與新農村建設的前提條件。溫家寶指出，從2006年起在全國農村徹底取消了農業稅，這件事具有重大而深遠的意義。取消農業稅，給億萬農民帶來了看得見的物質利益，極大地調動了農民的積極性，推動了農村經濟的快速發展和農村社會的和諧進步。他說，我國近30年的農村改革取得了巨大成功。農村改革的第一步，以家庭承包經營為核心，建立農村基本經濟製度和市場機製，保障農民生產經營自主權。第二步，以農村稅費改革為核心，統籌城鄉發展，調整國民收入分配關係。第三步，以促進農村上層建築變革為核心，實行農村綜合改革，解決農村上層建築與經濟基礎不相適應的一些深層次問題。這幾步改革始終貫穿一條紅線，就是保障農民的物質利益，維護農民的民主權利，解放和發展生產力（《中國青年報》，2006年9月4日）。
的確，中國現代農村最大的變化，莫過於組織結構的變化。農村組織的變革，主要源於對外界的反應，尤其是在對外界壓力的反抗中發生的。組織的結構性變動是中國農村社會發生巨大變革的根本原因。鄉村治理模式改革的實質，就是調整農村組織間的關係，使其適合生產力的發展狀況。我國鄉鎮的財政來源長期以來依賴於農村，即使是在農業稅取消後，由於體製和製度不健全，國家還不能為鄉鎮提供大力的財政支持，他們就有可能再次把手伸向農村。因此，鄉村治理將是一個長期的係統工程。
總之，新形勢下的中國農村組織之間衝突與協調的關係現狀，不僅製約著“三農”問題的有效解決，而且關係到中國社會的改革、穩定與可持續發展，影響著新農村建設與和諧社會的構建。而且，從20世紀80年代以來，我國學者對於農村經濟問題的研究，特別是對19世紀末期到20世紀初的研究有相當大的進展，但在眾多研究中，對於農村組織變化的研究極少。為此，本研究以科學發展觀為指導，著眼於農村組織間的衝突與關係的協調問題，把農村組織間關係的協調和中央、地方政府與鄉鎮的製度改革作為一個整體進行係統研究，探索農村各類組織間的和諧關係，對新農村建設與和諧社會的構建具有重要的實踐價值和科學意義。
而且，2005年10月18日，黨的十六屆五中全會審議並通過了《中共中央關於製定國民經濟和社會發展第十一個五年規劃的建議》，“建設社會主義新農村”被寫在了第三個部分。其中，對農村組織的闡釋中講道：“增強村級集體經濟組織的服務功能。鼓勵和引導農民發展各類專業合作經濟組織,提高農業的組織化程度。加強農村黨組織和基層政權建設,健全村黨組織領導的充滿活力的村民自治機製。”可見，在未來的新農村建設與發展中，國家把農村基層組織服務化以及農業的組織化等組織建設放在重要位置。
的確，在國家提出和諧社會構建與新農村建設的今天，農村組織，尤其是傳統基層組織與其他組織的協調發展作為社會的基礎，越來越成為學界以及社會普遍關注的問題。因為，農民自身權利的表達離不開村民自治委員會，農民正當權益的維護需要維權組織，國家維護農村社會穩定的貢獻也離不開村黨支部，農村經濟的發展又需要有專業經濟合作組織的成立等，這些都是現代鄉村治理結構的基礎。
1.1.2研究的學術價值本研究成果對於農村政治學、社會學、發展經濟學和製度經濟學的發展具有重要的學術價值。
1.對中國農村組織間衝突與協調關係的研究，能夠豐富農村政治學和社會學的相關理論。
目前中國農村組織的複雜狀況，是中國的獨特現象，更屬於傳統農村政治學研究的空白。現代農村政治學對農村組織的研究則主要采用純政治學的方法。該研究在管理學與社會學衝突理論的支撐下，研究農村組織間存在的問題，探討問題的性質、形成的原因以及改革的方向，進一步梳理、整合、協調農村組織體係，最終用新製度經濟學的理論為衝突的解決以及相關製度的確立提供可以參考的模式，這是傳統與現代農村政治學沒有涉及的。因此，該研究將豐富農村政治學研究的理論與方法。
2.在中央、地方以及鄉鎮的大政治背景下，對農村組織的衝突與協調關係的研究，能夠豐富發展經濟學和製度經濟學的理論。新農村建設是“十一五”期間的國家重要發展戰略。中國農村發展的特殊性在於人為設置的製度障礙。這與計劃經濟體製下政府在經濟社會發展中的強力幹預有關。僅從學術的視角看，中國是發展經濟學和製度經濟學的最大實驗場。這些人為的製度障礙，在計劃經濟體製時期對中國工業化和城市化的正負效應是什麼？在社會主義市場經濟條件下如何以強有力的政府幹預來消除這些製度障礙？怎樣實現轉型期農村組織間關係的調整和協調？等等。這些問題的答案，均是發展經濟學和製度經濟學已經或將要關注的焦點。
1.2研究的目的和方法1.2.1研究目的在個案研究和製度分析的基礎上，本研究擬達到的目標有三個：
一是揭示出農村組織良性運轉的現實機製，既能滿足新農村發展中國家對農村的組織需求，又能保障農民的權益，同時也有利於農業、農村的可持續發展，進而為改革基層政治製度提供理論指導與實證支撐。