當李秀成提兵進攻杭州時，清政府就急令曾國藩緩攻安徽，東下救常州、蘇州。由於李秀成進兵迅速，曾國藩未及東援，太平軍已攻破江南大營，又連克常州和蘇州等地。在清政府看來，常、蘇等處的丟失，遠比攻占安慶重要，故而強令曾國藩東進。而曾國藩咬住安慶不動搖，清政府見曾國藩不應命，隻得於五月間授他以兵部尚書、署兩江總督之職。清政府以為給了他封疆大權，他就一定會率兵東進了。結果，曾氏仍未應命，在上奏鹹豐的拜折中，仍強調攻占安慶的重要性，認為平定江南，必先“踞上遊之勢，建瓴而下，乃能成功”。他說，向榮、和春等人之所以失敗，非敗自軍，而敗在勢。他們原想自下就近圍攻天京，結果戰守錯亂，屢進屢挫，既攻不下天京，又反丟了常、蘇之地。
曾國藩重申以前的軍事方略，堅持自上而下，先外而內，穩紮穩打，步步進逼，最終可以攻克天京，殲滅太平軍。若棄安徽東進，必重蹈向榮、和春之覆轍。
但為了略盡臣子和兩江總督之責，曾國藩答應派出部分兵力東下，但戰略重心仍放在安徽。清政府批準了他的戰略計劃，兩個月後就實授他兩江總督、欽差大臣之職。
據史書記載，曾國藩被任命為兩江總督，是清廷內部鬥爭的結果。太平天國興起後，清政府的統治風雨飄搖，八旗、綠營皆腐朽不能用，旗人對大規模的起義早已失卻了應付的力量。以肅順為首的滿員對此尤為清楚，當時他任軍機大臣、協辦大學士、戶部尚書，深得鹹豐信任。他極力反對當朝沿襲過去不信任漢官的習俗，認為要拯救大清王朝，不用漢員已不可救藥，乃向鹹豐極力推薦曾國藩、胡林翼、左宗棠等人，依靠他們鎮壓起義。
據說，當江南大營被攻破後，兩江總督何桂清臨敵逃走，鹹豐急得寢食俱廢，與肅順商量選人取代何桂清做兩江總督。肅順先提出選用漢員充任，鹹豐提出讓胡林翼擔任，肅順進言：“胡林翼在湖北措注盡善，未可挪動。”鹹豐說，可讓曾國藩任湖北巡撫，頂替胡林翼，將胡林翼調去兩江。肅順說：“6年前曾經讓曾國藩做湖北巡撫，幾天後又撤銷了任命；如今再次任命，顯得皇上恩德不重，不如直接以曾國藩為江督，曾、胡二人感情甚洽，二人合作，東南的事一定可以做好。”鹹豐帝采納了這個建議，曾國藩遂得到了他盼望多年的封疆之職。
肅順的建議不僅見諸史書、筆記，據傳，肅順還曾寫信給胡林翼，做胡的工作，讓他不要為未做兩江總督而介意，要與曾國藩團結合作，共圖大業。胡林翼又將此信轉給曾國藩看，曾氏自然對肅順非常感激。但曾認為肅順不該在上諭未達時給胡林翼寫信，這不僅違反朝廷定製，泄露了皇朝的絕密之事，也是肅順在拉山頭。本來漢人做地方大員就犯清朝之忌，皇族中一定會有不少權臣反對，而肅順敢於任用漢人自是明智之舉，卻拉攏漢官做依附，這實在非國家之福。所以，他明知肅順在暗送秋波，但假裝不見而未與他有私下的往來。
令曾國藩心裏更加怨憤的是：6年前皇帝就曾令他署湖北巡撫，以後這個職務換了幾任，最終給了他的朋友，實則做過他部下的胡林翼。他率領湘軍又衝殺了6年，成了東南的中流砥柱，在四顧無人之時，皇帝仍不願放權給他，寧願把兩江總督授給胡林翼。皇帝太不信任、太不放心他曾國藩了！對他未免過於寡恩了！然而，兩江總督，這個地方大員中地位顯著的職位畢竟授給他了，這意味著他今後要擔當起鎮壓太平軍的全部職責，是長江兩岸、東南數省軍隊的最高統帥。
二、皇帝的命令，也有不遵從的辦法
皇帝和掌握實權的大臣之間的博弈，也不總是皇帝占據主導地位的。別以為皇帝的話，臣子就一定要聽，當皇帝的命令對自己很不利，同時又有拒絕的方法時，皇帝的話也不用去聽。要不然，怎麼會有名言“將在外，君命有所不受”呢？
皇帝一直都對曾國藩不是很信任，最後好不容易才給了曾國藩實職和軍權，雖然曾國藩一直都忠心耿耿，像一條狗一樣聽皇帝和朝廷的話，但是，曾國藩也不止一次地拒絕過皇帝和朝廷的旨意。下麵的這一次，曾國藩就拒絕得很巧妙。
話說在湘軍和太平軍之間的戰爭正進行得如火如荼時，在一次戰役中，湘軍大將李元度丟失了徽州城，令曾國藩的祁門大營將陷入太平軍的兵鋒之下。正當曾國藩陷入危機之時，忽然又接到皇帝的諭令，說英、法聯軍進逼北京，嚴飭曾國藩派兵馳援京畿。這對曾國藩來說，簡直是雪上加霜！