源義仲占領平安京時，身在鐮倉的源賴朝看出源義仲絕非執掌天下之人，他一麵密切關注源義仲的行動；一麵派人與後白河法皇接觸，表達自己願效忠朝廷，助法皇討伐平氏及源義仲的意圖。後白河法皇的心逐漸偏向了賴朝，不僅恢複了賴朝原本的官位，又下達宣旨，將東海道、東山道諸國的實際支配權授予了賴朝。
壽永三年（1184年），賴朝派出義經及另一個弟弟源範賴進軍京城，討伐義仲。義經與範賴未曾辜負兄長的期望，在宇治川大敗義仲。義仲北逃，最終在近江國陣亡，一代梟雄活躍一時，到底殞命。
此後，源氏的唯一敵人隻剩下盤踞西國的平氏。同年，義經與範賴率領的鐮倉軍經過一之穀之戰大敗平家軍，平氏一門將領多有陣亡。此後，清盛公死後繼承平氏家業的次子平宗盛率眾退走長門彥島據守，義經與範賴也在對岸布陣對峙，雙方都集結戰船，做好了海戰的準備。
壽永四年（1185年），平源雙方在壇之浦展開最後的對決。平氏利用海潮之利先是占據了上風，義經心生妙計，命弓箭手狙殺平氏戰船的水手及舵手，平氏戰船頓時如陷入泥沼，無以轉圜。源氏趁機靠近登船，展開白刃肉搏，戰事瞬時逆轉。
最終，平氏敗亡，平氏子孫紛紛投海身亡，平宗盛及子平清宗、妹平德子雖然企圖跳海自盡，但都為源氏士兵所救。7歲的安德天皇懼怕啼哭，天皇祖母抱著小天皇說，“波濤之下也有帝都”，最終將代表天皇神權的三神器縛在小天皇身上，縱身投海而亡。
至此，長達六年的源平合戰，終於在染血如殷的波濤中畫上了句號。但是，兔死狗烹的悲劇，竟在此時拉開了沉重的帷幕。
“放了那個叫做靜的姑娘吧！她不過是義經的一個小妾，義經躲去哪裏怎麼會告訴她呢？”內室，政子跪坐在賴朝身前，濃眉間有憐憫之色，“而且，而且她已經有了身孕……”
賴朝的眉頭跳動，他用三根指頭捏著手中的酒盅，左右轉動看了半晌，仰頭一口喝下。
“生下來若是女孩便罷，若是男孩……”他的目光轉向屋內刀架上置著的那柄髭切寶刀。
“你何必要趕盡殺絕！”政子起了急，“義經是你的弟弟，曾經也立下了那麼多戰功，如果沒有他，你今天能好好地坐在這裏？你……”
她的話忽然截住，定睛看去，賴朝將那隻薄胎白瓷酒盅在手中攥握，猛一發力，白瓷酒盅上瞬間綻出蛛網一般的裂紋，碎裂的聲響微不可聞，但再一鬆手，那些碎片便琳琅而落。
“你不懂。”他從嗓子深處送出這三個沉重的字，“義經這小子幼時是在平家六波羅的府邸長大的，他母親認賊作夫，他也跟著認賊作父……”“他母親一個女人家，無依無靠的，又帶著三個孩子……女人的艱難你是不能體會的！”“就算是那樣，可他畢竟是在狼窩裏長大的豹子，雖說是投奔了我，心裏怎麼想卻也難說，我有意試他一試，可他，到底讓人失望……”原本戮力同心的兄弟，為什麼會變成煮豆燃豆箕的悲劇，政子並不能明白。或許，男人不肯與兄弟分享天下，就如女人不肯與姐妹分享同一個男人一樣吧！
義經和範賴在一之穀之戰大敗平家軍後，賴朝將範賴召回鐮倉加封行賞，卻有意讓戰功赫赫的義經在京城留守。後白河法皇卻在此時授檢非違使、左衛門尉兩官職給義經。明眼人都看得出，當初後白河法皇有意籠絡源賴朝對抗平氏，如今見賴朝崛起，又陰謀拉攏義經，挑起兄弟不睦以削弱賴朝實力。義經年少氣盛，未曾報知兄長便接受了朝廷的官職，此事讓賴朝大為不滿，兄弟之間便有了間隙。