曾國藩嚴令各地查圩的人以“通賊”的罪名多抓人，多殺人。
盡管曾國藩絞盡腦汁，製定出來這樣一條自以為十全十美的戰略方針，但他所率領的湘軍、淮軍在戰場上還是節節失利，根本無法阻擋撚軍神出鬼沒的攻勢。1866年9月，賴文光與張宗禹部在河南中牟會師，將曾國藩苦心經營近一年的千裏河防摧毀，曾國藩剿撚宣告失敗。
曾國藩剿撚不利讓他的政敵們有了可乘之機，他們以此為借口，對曾國藩大加攻擊。清政府見他連戰無功，也連連降旨對他嚴加斥責。曾國藩憂憤成疾，上疏請求辭職。清政府也怕他在剿撚過程中再一次強大起來。於是改派李鴻章為欽差大臣，節製湘軍和淮軍，接替曾國藩的職位負責剿撚，曾國藩仍然留任兩江總督。
曾國藩這次剿撚的失敗，完全是人為因素造成的。首先是參加剿撚的湘軍，其精神狀態已遠非昔日可比，他們攻克天京時就已銳氣全消，紀律鬆弛，日漸腐敗。當聽到要隨曾國藩北上剿撚時，他們一來耐不住北方的天氣寒冷，二來也沒有什麼進取心，不想再受行軍打仗之苦了。所以紛紛請假，竟然沒有一個人自願到北方去打仗。由此可見，如此一支疲懶之師，怎麼能對付得了縱橫飄忽，英勇善戰的撚軍呢。
其次，曾國藩這次領兵剿撚所率軍隊是由湘軍和淮軍兩部分組成。湘軍固然腐敗，淮軍也不受曾國藩的調遣。他們實際上受李鴻章的支配，對於曾國藩的命令，淮軍諸將當麵應承，背後卻寫信給李鴻章要求改變前命，挑肥揀瘦，推三阻四。李鴻章把部隊交給曾國藩，雖然二人有師生之誼，但仍不放心。他的部將每次向他求情，他都寫信給曾國藩進行幹預。這樣，曾國藩後來不得不把要向淮軍將官下達的命令，預先寫信通知李鴻章，然後再由李鴻章下達。這樣一來，命令從下達到執行的時間大大加長，往往貽誤戰機。
事實也證明了曾國藩的戰略方針並沒有錯。撚軍不是在曾國藩手裏剿滅的，但是李鴻章和左宗棠所用的戰略，實際上還是曾國藩的重點防禦，另以遊擊之師追剿的辦法。防河的地點雖然不同，但做法與曾國藩的幾乎一模一樣。
自1851年太平天國開始起義，至1868年撚軍被剿平，天下大亂整整十八年。幾乎所有的省份都遭受戰亂：廣西、湖南、湖北、安徽、江蘇、浙江、福建、廣東、貴州、四川、河南、山東、陝西、山西、直隸，這還僅僅是清軍與太平天國及撚軍交戰的主要戰區，不包括其他小規模戰事波及的地方。人民遭受的苦痛是文字語言所難以形容的。現在，動亂終於基本結束，清統治者自己也說這是“同治中興”。
按照以往的曆史，戰亂之後，和平來臨，該是讓人民修養生息、恢複經濟的時候了。但是，曾國藩、李鴻章、左宗棠等這些“中興名臣”，又遇到了更大的難題，那就是攜帶著洋槍洋炮東來的西方列強的步步進逼。這不僅是曾國藩等人和大清王朝麵臨的難題，也是幾千年以來中國從來沒有過的難題。何去何從，這是一個問題……
洋務運動之父
以學習西方，“求強”“求富”為標榜的洋務運動，自19世紀60年代搞到90年代，進行了內容繁多的活動。諸如創辦軍事工業、興辦軍事學校、編練新式軍隊、開辦民用工業、開辦新式學堂、派遣駐外使節和留學生等等。這場運動的倡導者是總理衙門大臣、議政王奕訴；而所搞活動最多，成績最突出的地方要員要數李鴻章和張之洞。但是，要說最早搞起來的，卻是湘軍統帥曾國藩。他辦起了洋務運動的第一個工廠——安慶內軍械所；製造了第一隻小輪船“黃鵠號”。李鴻章、左宗棠雖也搞得較早，但畢竟在他之後，而且是作為學生和晚輩秉承師長曾國藩之意而搞的。故此，一提“洋務派”，人們便自然按“曾、左、李、張”的順序曆數。是以有人才稱曾國藩為“洋務之父”或“近代化之父”的。
洋務運動由軍事方麵開始，當時迫切要求用新式武器鎮壓太平天國與撚軍等農民起義。鹹豐十一年（1861年）初，曾國藩上奏清廷，建議在長江下遊設立一個造船廠，造船供應湘軍水師，以攻取天京和蘇、常，並擴大水軍編製。奕、文祥等人研究了這個奏折，認為辦船廠費時費力，不如直接向歐美購買火輪船，可曾國藩卻認為：購買外國的輪船、火炮，隻是救濟而已，還不如遍尋能工巧匠，製造我們自己的船隻。將來，不但可以追剿逆匪，還可以抵禦外敵入侵。曾國藩對購買外洋船炮的認識顯然與眾不同。他將著眼點放在學習製造上，“師夷製夷”，不能為夷所製，這正是曾國藩初搞洋務的基本思想。